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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7aon | ||||||
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タイトル | Crystal structure of CI2 double mutant L49I,I57V | ||||||
![]() | Subtilisin-chymotrypsin inhibitor-2A | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / Protease inhibitor | ||||||
機能・相同性 | Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I / Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I superfamily / Potato inhibitor I family / Potato inhibitor I family signature. / serine-type endopeptidase inhibitor activity / response to wounding / Subtilisin-chymotrypsin inhibitor-2A![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Olsen, J.G. / Teilum, K. / Hamborg, L. / Roche, J.V. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Synergistic stabilization of a double mutant in chymotrypsin inhibitor 2 from a library screen in E. coli. 著者: Hamborg, L. / Granata, D. / Olsen, J.G. / Roche, J.V. / Pedersen, L.E. / Nielsen, A.T. / Lindorff-Larsen, K. / Teilum, K. #1: ![]() タイトル: Synergistic stabilization of a double mutant in CI2 from an in-cell library screen 著者: Hamborg, L. / Granata, D. / Olsen, J.G. / Roche, J.V. / Pedersen, L.E. / Nielsen, A.T. / Lindorff-Larsen, K. / Teilum, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 45 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 30.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 261 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 261.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 12||||||||
単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7299.596 Da / 分子数: 1 / 変異: L49I, I57V / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CI-2 double mutant L49I, I57V / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: Beautiful thick hexagonal plates |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 40 % (NH4)2SO4, 50 mM Tris-HCl, pH 8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月14日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.262→59.229 Å / Num. obs: 15866 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 36.03 % / CC1/2: 0.9995 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 22.585 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7AOK 解像度: 1.3→52.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 2.12 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 85.56 Å2 / Biso mean: 24.235 Å2 / Biso min: 11.19 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.3→52.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.3→1.334 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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