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- PDB-7any: Structure of the Laspartomycin C Friulimicin-like mutant in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7any
タイトルStructure of the Laspartomycin C Friulimicin-like mutant in complex with Geranyl phosphate
要素Laspartomycin C Friulimicin-like mutant
キーワードANTIBIOTIC / Calcium-dependent antibiotic / Bacterial cell wall biosynthesis inhibitor / Lipopeptide antibiotic
機能・相同性: / Geranyl phosphate
機能・相同性情報
生物種Streptomyces viridochromogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.135 Å
データ登録者Zeronian, M.R. / Pearce, N.M. / Lutz, M. / Wood, T.M. / Martin, N.I. / Janssen, B.J.C.
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2022
タイトル: Mechanistic insights into the C55-P targeting lipopeptide antibiotics revealed by structure-activity studies and high-resolution crystal structures
著者: Wood, T.M. / Zeronian, M.R. / Buijs, N. / Bertheussen, K. / Abedian, H.K. / Johnson, A.V. / Pearce, N.M. / Lutz, M. / Kemmink, J. / Seirsma, T. / Hamoen, L.W. / Janssen, B.J.C. / Martin, N.I.
履歴
登録2020年10月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Laspartomycin C Friulimicin-like mutant
B: Laspartomycin C Friulimicin-like mutant
C: Laspartomycin C Friulimicin-like mutant
D: Laspartomycin C Friulimicin-like mutant
E: Laspartomycin C Friulimicin-like mutant
F: Laspartomycin C Friulimicin-like mutant
G: Laspartomycin C Friulimicin-like mutant
H: Laspartomycin C Friulimicin-like mutant
I: Laspartomycin C Friulimicin-like mutant
J: Laspartomycin C Friulimicin-like mutant
K: Laspartomycin C Friulimicin-like mutant
L: Laspartomycin C Friulimicin-like mutant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,88484
ポリマ－15,53312
非ポリマー5,35172
水3,117173
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16640 Å2
ΔGint-566 kcal/mol
Surface area9630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.132, 68.321, 40.132
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 120.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質・ペプチド
Laspartomycin C Friulimicin-like mutant


分子量: 1294.433 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptomyces viridochromogenes (バクテリア)

-
非ポリマー , 6種, 245分子

#2: 化合物...
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-RDZ / Geranyl phosphate / [(2E)-3,7-dimethylocta-2,6-dienyl] dihydrogen phosphate / [(2~{E})-3,7-dimethylocta-2,6-dienyl] dihydrogen phosphate / りん酸3,7-ジメチル-2,6-オクタジエニル


分子量: 234.229 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H19O4P
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細Laspartomycin C mutant, Friulimicin-like
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.3 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M cadmium chloride, 40% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97951 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.523
11-H, -K, H+L20.127
11L, K, -H-L30.235
11-H-L, K, H40.026
11-H-L, -K, L50.033
11-L, -K, -H60.056
反射解像度: 1.135→34.755 Å / Num. obs: 36022 / % possible obs: 85.3 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 1.135→1.271 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.373 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 1799 / CC1/2: 0.852 / Rpim(I) all: 0.3 / Rrim(I) all: 0.481 / % possible all: 31.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimlessデータスケーリング
STARANISOデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5O0Z

5o0z


解像度: 1.135→34.755 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 0.771 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.011 / ESU R Free: 0.012 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1921 1938 5.4 %RANDOM
Rwork0.1596 ---
obs0.1613 34083 52.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 61.84 Å2 / Biso mean: 14.387 Å2 / Biso min: 4.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.23 Å2-0 Å2-0.65 Å2
2--4.79 Å20 Å2
3----3.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.135→34.755 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1080 0 239 173 1492
Biso mean--18.37 21.38 -
残基数----145
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0141272
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1861.7671692
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg64.2475.83372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg24.72421.42984
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.9711560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2108
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.02912
LS精密化 シェル解像度: 1.135→1.165 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 7 -
Rwork0.306 153 -
obs--3.18 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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