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- PDB-7anv: Mutational and structural analysis of an ancestral D-type dye dec... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7anv
タイトルMutational and structural analysis of an ancestral D-type dye decolorizing peroxidase
要素ancestral D-type dye decolorizing peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dye decolorizing peroxidase / D-type DyP
機能・相同性PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE
機能・相同性情報
生物種Geotrichum candidum (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Rozeboom, H.J. / Fraaije, M.W.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2021
タイトル: Mutational and structural analysis of an ancestral fungal dye-decolorizing peroxidase.
著者: Zitare, U.A. / Habib, M.H. / Rozeboom, H. / Mascotti, M.L. / Todorovic, S. / Fraaije, M.W.
履歴
登録2020年10月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年6月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ancestral D-type dye decolorizing peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,73611
ポリマ－53,3231
非ポリマー1,41310
水7,170398
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2760 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area19260 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)59.085, 69.107, 114.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 ancestral D-type dye decolorizing peroxidase


分子量: 53323.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Geotrichum candidum (酵母)

-
非ポリマー , 5種, 408分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 2 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→59.15 Å / Num. obs: 55396 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 10.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 18.2 / Num. measured all: 570286 / Scaling rejects: 1012
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.759 / Num. unique obs: 2057 / CC1/2: 0.682 / Rpim(I) all: 0.422 / Rrim(I) all: 0.874 / % possible all: 75.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0266精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FSK

6fsk


解像度: 1.65→59.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 3.669 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1961 2715 4.9 %RANDOM
Rwork0.1608 ---
obs0.1625 52613 96.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 96.62 Å2 / Biso mean: 27.675 Å2 / Biso min: 14.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.31 Å2-0 Å20 Å2
2---0.89 Å2-0 Å2
3----0.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→59.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3616 0 86 398 4100
Biso mean--33.16 34.3 -
残基数----467
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0133821
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173536
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6861.6725205
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4311.5988176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1085469
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.85823.35206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.17315600
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8121522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2480
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.024428
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02867
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 152 -
Rwork0.267 2991 -
all-3143 -
obs--75.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.745-0.1112-0.27820.34810.29071.64270.0012-0.0790.00390.02950.00030.0271-0.0005-0.082-0.00160.0806-0.0164-0.01140.07230.01240.0068-2.321-2.458-8.275
23.9588-1.41690.59519.76480.984712.30670.2517-0.0738-0.48430.69220.30630.58332.08650.3249-0.55790.62260.0836-0.08960.16830.08650.14329.45-23.595-9.191
30.3718-0.018-0.30930.14750.01221.12870.0485-0.0850.0148-0.0019-0.0055-0.0158-0.03680.1247-0.0430.0755-0.0146-0.01410.0457-0.00040.007310.533-1.596-19
41.25890.3668-0.34181.23450.81351.27450.04890.10130.1112-0.1538-0.04160.0934-0.1058-0.0852-0.00730.13650.0093-0.00580.06990.01420.03098.789-2.383-38.549
50.5522-0.0551-0.36270.22320.04770.9086-0.0316-0.0694-0.03930.00130.0159-0.01190.13050.08110.01570.10070.0052-0.01530.04720.00990.014611.14-11.117-22.831
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A24 - 142
2X-RAY DIFFRACTION2A143 - 162
3X-RAY DIFFRACTION3A163 - 332
4X-RAY DIFFRACTION4A333 - 383
5X-RAY DIFFRACTION5A384 - 511

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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