PDB-7anu: Crystal structure of Pyrococcus abyssi Pbp11

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7anu

タイトル

Crystal structure of Pyrococcus abyssi Pbp11

要素

Pbp11 protein

キーワード

PROTEIN BINDING / OB-fold / proteasome adaptor / tRNA binding

機能・相同性

Uncharacterised conserved protein UCP019072 / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / IMIDAZOLE / NICKEL (II) ION / THIOCYANATE ION / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Pyrococcus abyssi (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Hogrel, G. / Girard, E. / Franzetti, B.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2022
タイトル: Characterization of a small tRNA-binding protein that interacts with the archaeal proteasome complex.
著者: Hogrel, G. / Marino-Puertas, L. / Laurent, S. / Ibrahim, Z. / Coves, J. / Girard, E. / Gabel, F. / Fenel, D. / Daugeron, M.C. / Clouet-d'Orval, B. / Basta, T. / Flament, D. / Franzetti, B.

履歴

登録	2020年10月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年6月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年7月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7anu.cif.gz	133.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
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PDBx/mmJSON形式	7anu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7anu_validation.pdf.gz	457 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7anu_full_validation.pdf.gz	457.3 KB	表示
XML形式データ	7anu_validation.xml.gz	10.2 KB	表示
CIF形式データ	7anu_validation.cif.gz	13.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/7anu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/7anu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1xe1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1g9o-d 2n3d-d 6c00-d 2rey-d 2gji-d 2c3v-2 6m4c-d 1wx9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Pbp11 protein

B: Pbp11 protein

ヘテロ分子

21.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pbp11 protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, SAXS
10.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Pbp11 protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
10.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.581, 54.156, 62.551
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.058, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121
Space group name Hall	C2y(x,y,-x+z)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Pbp11 protein 分子量: 10366.458 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The crystal structure corresponds to the truncated form of the protein (Delta-Nter 1-20). Presence of the TAG with linker at position 103 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌) 株: GE5 / Orsay / 遺伝子: PAB1698 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UZY3

#1: タンパク質

Pbp11 protein

分子量: 10366.458 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The crystal structure corresponds to the truncated form of the protein (Delta-Nter 1-20). Presence of the TAG with linker at position 103
由来: (組換発現)

Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay / 遺伝子: PAB1698 / プラスミド: pET30a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UZY3

-
非ポリマー , 5種, 112分子

#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#5: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.33 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 200 mM potassium thioycyanate, 25% PEG 3350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→42.42 Å / Num. obs: 21583 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 21.98 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.076 / R_pim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 1.64→1.73 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.792 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 3058 / CC_1/2: 0.848 / R_pim(I) all: 0.404 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1XE1

1xe1

解像度: 1.64→42.42 Å / SU ML: 0.2471 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.7162
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2222	1075	5 %
R_work	0.1935	20444	-
obs	0.1949	21519	98.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→42.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1344	0	54	102	1500

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0116	1417
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2157	1873
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0825	221
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0076	226
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.8703	542

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.64-1.72	0.4251	127	0.3455	2441	X-RAY DIFFRACTION	95.64
1.72-1.81	0.3193	134	0.2613	2554	X-RAY DIFFRACTION	99.08
1.81-1.92	0.2596	134	0.2192	2551	X-RAY DIFFRACTION	99.15
1.92-2.07	0.2548	137	0.2009	2578	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.07-2.28	0.2134	134	0.1831	2547	X-RAY DIFFRACTION	99.37
2.28-2.61	0.2179	136	0.1892	2573	X-RAY DIFFRACTION	99.56
2.61-3.29	0.2109	136	0.199	2587	X-RAY DIFFRACTION	99.42
3.29-42.42	0.1932	137	0.1698	2613	X-RAY DIFFRACTION	98.6

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.28552667006	-3.8027166813	-1.07556764616	5.98260560379	3.04679655708	2.23914749038	0.12715259336	0.391475825765	-0.542107933913	-0.0471780243969	-0.430354146648	0.652459809861	0.0153228925783	-0.127103310936	0.385611936509	0.223607814111	-0.0108175156661	0.00548628055974	0.169059999793	0.0539326166353	0.165047312621	9.92984129037	14.6673298789	12.8895578859
2	4.2579480755	-5.06038798458	-1.82613964477	6.02874350356	1.84104733766	5.67303565828	0.0842154756403	0.251715400671	-0.168427096745	-0.27362501711	-0.179755618995	0.295369808243	-0.126539591643	-0.049688330234	0.193943263134	0.206775866407	0.00406077593133	-0.0269270255687	0.218741261476	-0.014919428497	0.184344088826	11.4046478083	10.9911978215	13.5381746372
3	3.21449888861	1.71975611726	0.402158357745	5.52264692239	4.94475272639	4.90024785296	0.0233982135718	-0.209677848241	-1.05246937772	0.565544362015	0.0741604424712	-0.570277533253	0.408415581337	0.243083168409	-7.73921276355E-5	0.233568123012	0.0018520237597	-0.025214114197	0.236603872126	0.00315692820971	0.227570896223	20.7536554231	6.77860674306	19.4365967918
4	7.26282668845	-0.160758890248	0.565230766506	6.36876721232	-3.2227370719	6.21248541315	0.391159270654	1.07245002887	0.899717160854	-0.923621369068	-0.603167446622	-0.481405977119	0.482514318886	0.914148852815	0.10615014907	0.330823667985	0.0742610521259	0.0331522870039	0.4053179007	0.131731369452	0.413059563382	23.0013305891	17.0152653106	9.37211540453
5	9.61621653121	6.50326328817	-5.29511372724	8.98669880963	-3.02278380666	3.74266986833	-0.00912470700202	-0.121186195092	0.782590071273	0.22278683132	0.0261625936592	0.372999585546	0.00808654975524	0.0374951388339	-0.204650793588	0.215871018636	0.0443737718509	-0.00983125753075	0.250437156166	-0.0349547907146	0.301225708426	17.0692219616	15.2541925617	18.906649094
6	5.03314970821	-3.66657653426	-2.51822634174	7.68243972867	3.5640854955	9.09405025009	-0.159022803635	-0.0477229212261	-0.536268267723	0.315447963956	0.0601053709684	0.86218750485	-0.0557541826871	-0.554939599177	0.129068303918	0.215612248323	0.0306212887009	0.0853545808713	0.228286715048	0.0773253285371	0.314120069403	10.5991470302	4.34722885464	21.1587780915
7	5.8222480275	5.39659920473	-0.158137674703	5.45675769477	0.942560825695	8.78526606894	0.23975436022	-0.830954972979	0.098375793202	0.753506146098	-0.275136048946	0.599220555782	0.00139538963443	-0.170584417069	0.123339655125	0.199497376368	0.0388632543267	0.00363342551545	0.243932123191	0.000263135675528	0.295537847609	11.4993647404	12.3352001845	17.5723670662
8	9.49610642881	4.75778581877	2.10150591245	8.41443509654	5.58627777512	8.98213823485	-0.00735507919485	0.426955786733	0.751317235201	-0.354023682791	-0.00605611576505	-0.0949306763023	-0.480940747448	0.26916926458	0.0211234949488	0.280430910349	0.0564298099148	-0.00212715167836	0.251162859208	0.067886624117	0.402480364806	14.5678735948	19.3329364928	10.4567300937
9	2.21493315359	-1.16254349196	2.2896039482	6.18331272642	-1.78560602715	2.54917240798	0.282565951066	0.910256363583	-0.139536680014	-0.484731087485	-0.133812015761	-0.478035361732	0.135396708381	1.00693870993	-0.0687822558221	0.25338352674	0.0168481849977	0.0265912766537	0.374962800832	0.0336736686896	0.154945851234	21.2782944403	11.1706921563	9.42600842952
10	4.48396756397	-2.1845580957	5.59808206527	5.68176025686	-2.31225421531	7.0256768361	0.447011256907	-1.29775155609	-0.63357338072	1.12397818783	-0.245012252971	-0.455384238175	0.6921270935	-0.455840563238	-0.411807421646	0.394648289543	-0.0928755395067	-0.0740938650007	0.482115378266	0.111571142704	0.422542648256	30.8405873759	7.41780320401	25.3867983308
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14	3.51643440928	2.84392466577	2.2958030432	5.19510376085	1.39180665922	4.60457756608	-0.10696408107	-0.155075490037	0.283029223647	0.344521731498	-0.0013675894305	0.319251958736	-0.14262857045	0.320638958573	0.262871897164	0.180317201765	-0.0196442901673	0.0179335119894	0.213250704039	-0.0152604613558	0.178064556063	-15.4574012457	19.0582111662	17.583997902
15	2.61076242578	-1.77258350373	-0.563315897592	9.99098013949	8.15137672034	9.84064442524	-0.0521797216689	0.208764102262	0.797417733116	-0.377066985897	-0.200468921776	-0.201230336477	-0.423308064688	0.000552867783915	0.203058241876	0.193734921496	0.00136702244413	0.00558860590427	0.284127280618	0.0530490970552	0.278803313714	-5.93253275223	23.0919277674	11.8924686746
16	1.92046037147	1.20275933131	-1.48720755442	2.29878190382	0.579613516947	2.63150784316	0.0563108683917	-0.701247766424	-0.758748992401	0.581112810788	0.0166060694705	-0.395620913832	0.0467693793132	0.672755099985	0.0196983727402	0.256932427117	0.0338713892484	-0.0224761373432	0.309031039328	0.132758710984	0.377660323811	-4.12562007936	13.0355820803	22.1600400572
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18	7.64677049619	4.57411914933	3.9816610363	8.33614832437	5.4137614544	7.43113878727	-0.183051830293	0.582247250211	0.184546372216	-0.471054778866	0.00836638698171	0.902600141679	0.118773604445	0.05964329811	0.112355423451	0.282167863358	-0.00229918096245	-0.0882408805667	0.300003362239	0.0246343148342	0.286389786528	-15.9166926541	25.3852068571	9.40139213251
19	2.46224789847	1.28901581174	-0.565490566218	4.16793933102	2.75182889694	6.6628914212	0.106678163552	0.364168927354	-0.157922647073	-0.736852678168	-0.277177949509	0.870770430875	-0.118812277107	-0.214033107103	-0.0266547251872	0.193513768089	-0.000594591273058	0.0195058917271	0.223489906093	0.0103781786915	0.200317707467	-15.2435773365	17.6140231848	13.6385647417
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21	9.83321295183	2.92010314779	-8.0614696834	4.30668353723	-1.74903422593	9.07523032672	0.0398660855305	-0.230367381195	-0.127603331127	-0.169621076968	-0.138754954106	-0.108178211002	-0.326661025053	0.312968621955	0.15136875327	0.214618427975	-0.00613353085248	-0.0654412021881	0.263834046576	0.00185753580374	0.338189240449	-2.06546863747	20.4771172644	14.97413337

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 21 through 34 )	A	A	21 - 34	1 - 14
2	2	chain 'A' and (resid 35 through 44 )	A	A	35 - 44	15 - 24
3	3	chain 'A' and (resid 45 through 51 )	A	A	45 - 51	25 - 31
4	4	chain 'A' and (resid 52 through 57 )	A	A	52 - 57	32 - 40
5	5	chain 'A' and (resid 58 through 66 )	A	A	58 - 66	41 - 49
6	6	chain 'A' and (resid 67 through 79 )	A	A	67 - 79	50 - 62
7	7	chain 'A' and (resid 80 through 85 )	A	A	80 - 85	63 - 68
8	8	chain 'A' and (resid 86 through 95 )	A	A	86 - 95	69 - 78
9	9	chain 'A' and (resid 96 through 100 )	A	A	96 - 100	79 - 83
10	10	chain 'A' and (resid 101 through 107 )	A	A	101 - 107	84 - 90
11	11	chain 'A' and (resid 108 through 108 )	A	B	108	1
12	12	chain 'B' and (resid 21 through 26 )	B	I	21 - 26	1 - 6
13	13	chain 'B' and (resid 27 through 34 )	B	I	27 - 34	7 - 14
14	14	chain 'B' and (resid 35 through 44 )	B	I	35 - 44	15 - 24
15	15	chain 'B' and (resid 45 through 51 )	B	I	45 - 51	25 - 31
16	16	chain 'B' and (resid 52 through 57 )	B	I	52 - 57	32 - 37
17	17	chain 'B' and (resid 58 through 66 )	B	I	58 - 66	38 - 46
18	18	chain 'B' and (resid 67 through 79 )	B	I	67 - 79	47 - 59
19	19	chain 'B' and (resid 80 through 85 )	B	I	80 - 85	60 - 65
20	20	chain 'B' and (resid 86 through 95 )	B	I	86 - 95	66 - 75
21	21	chain 'B' and (resid 96 through 106 )	B	I	96 - 106	76 - 86

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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