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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7anh | ||||||
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タイトル | DdhaC | ||||||
要素 | GDP-L-fucose synthase | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / reducatase / sugar nucleotide / sdr fold / enzyme | ||||||
機能・相同性 | GDP-L-fucose synthase / GDP-L-fucose synthase activity / GDP-L-fucose synthase/GDP-L-colitose synthase / 'de novo' GDP-L-fucose biosynthetic process / NADP+ binding / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding domain superfamily / GDP-L-fucose synthase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Campylobacter jejuni (カンピロバクター) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å | ||||||
データ登録者 | Naismith, J.H. / Woodward, L. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: DdhaC 著者: Naismith, J.H. / Woodward, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7anh.cif.gz | 83.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7anh.ent.gz | 63 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7anh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7anh_validation.pdf.gz | 421.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7anh_full_validation.pdf.gz | 423.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7anh_validation.xml.gz | 14.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7anh_validation.cif.gz | 20 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/7anh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/7anh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1bsvS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40521.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) 遺伝子: AY595_07840, B9Q63_05455, BB943_08725, D0W34_08630, D5I02_08530, DK813_08295, DQX79_06120, DW530_02880, F1P94_08750, FQZ47_07910, FRQ83_08390, FW031_08555, GAX04_08405, GRS20_08805, GSH24_ ...遺伝子: AY595_07840, B9Q63_05455, BB943_08725, D0W34_08630, D5I02_08530, DK813_08295, DQX79_06120, DW530_02880, F1P94_08750, FQZ47_07910, FRQ83_08390, FW031_08555, GAX04_08405, GRS20_08805, GSH24_04185, GY415_001379, GZD82_001462 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5T1PRU5 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.25 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 54 % (w/v) PEG 400, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.08 M ammonium citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.08→99 Å / Num. obs: 25782 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.5 % / CC1/2: 0.9 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.08→2.14 Å / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 1861 / CC1/2: 0.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1BSV 解像度: 2.08→93.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 4.546 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 91.53 Å2 / Biso mean: 26.362 Å2 / Biso min: 8.2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.08→93.2 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.08→2.133 Å / Rfactor Rfree error: 0
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