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- PDB-7amh: SmBRD3(2), Second Bromodomain of Bromodomain 3 from Schistosoma m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7amh
タイトルSmBRD3(2), Second Bromodomain of Bromodomain 3 from Schistosoma mansoni in complex with DM-A-33, an iBET726 analogue
要素Putative bromodomain-containing protein 3, brd3
キーワードPROTEIN BINDING / bromo domain / methyllysine binding / epigenetic reader domain / inhibitor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / chromatin remodeling / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / nucleus
類似検索 - 分子機能
Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. ...Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-RN5 / Putative bromodomain-containing protein 3, brd3
類似検索 - 構成要素
生物種Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.863 Å
データ登録者McArdle, D. / Schiedel, M. / McDonough, M.A. / Conway, S.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S507015/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: SBM3_2, Second Bromodomain of Bromodomain 3 from Schistosoma mansoni in complex with DM1, an iBET726 analogue
著者: McArdle, D.J.B. / Schiedel, M. / McDonough, M.A. / Conway, S.J.
履歴
登録2020年10月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative bromodomain-containing protein 3, brd3
B: Putative bromodomain-containing protein 3, brd3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9734
ポリマ－30,0602
非ポリマー9132
水3,729207
1
A: Putative bromodomain-containing protein 3, brd3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4862
ポリマ－15,0301
非ポリマー4571
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative bromodomain-containing protein 3, brd3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4862
ポリマ－15,0301
非ポリマー4571
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.201, 84.111, 126.736
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-387-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Putative bromodomain-containing protein 3, brd3


分子量: 15029.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5K4EQL3
#2: 化合物 ChemComp-RN5 / 4-{(2S, 4R)-1-acetyl-4-[(1-benzothiophen-6-yl)amino]-2-methyl-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-6-yl}benzoic acid / 4-[(2~{S},4~{R})-4-(1-benzothiophen-6-ylamino)-1-ethanoyl-2-methyl-3,4-dihydro-2~{H}-quinolin-6-yl]benzoic acid


分子量: 456.556 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H24N2O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.5 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium dihydrogen Phosphate monohydrate, 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9119 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9119 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.863→63.368 Å / Num. obs: 42925 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.7 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.227 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.237 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 1.863→1.895 Å / Rmerge(I) obs: 4.369 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 2292 / CC1/2: 0.47 / Rpim(I) all: 1.506 / Rrim(I) all: 4.632

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.14精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7AMC

7amc


解像度: 1.863→63.368 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2505 2157 5.03 %
Rwork0.2174 40768 -
obs0.2191 42925 95.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 111.08 Å2 / Biso mean: 40.8409 Å2 / Biso min: 17.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.863→63.368 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1821 0 112 210 2143
Biso mean--37.98 40.04 -
残基数----226
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.863-1.90630.4317920.3752174761
1.9063-1.9540.38811150.3514231382
1.954-2.00690.33631140.3399260889
2.0069-2.06590.3571200.3202285899
2.0659-2.13260.30971650.29012792100
2.1326-2.20880.27941560.26152835100
2.2088-2.29730.30331610.2485281299
2.2973-2.40180.25541630.23152858100
2.4018-2.52850.22681580.21832839100
2.5285-2.68690.23281420.20542864100
2.6869-2.89430.25961570.20872857100
2.8943-3.18560.23591670.19982818100
3.1856-3.64650.23051230.18812872100
3.6465-4.5940.22861650.16552850100
4.594-63.3680.22051590.21092845100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.3506-1.1316-3.48238.7532.88934.35260.0262-0.26520.73690.23160.54-1.2617-0.0161.8117-0.47390.306-0.1342-0.010.6099-0.03790.486443.307473.998438.404
28.0487-3.13010.56867.3654.18223.19990.0187-0.93521.26760.51410.0984-0.8668-0.25990.6744-0.03990.4763-0.2401-0.01610.5758-0.09940.48734.092780.484350.6346
33.14481.0145-3.15554.2985-2.35398.7108-0.0476-0.1088-0.21110.10930.0475-0.11960.21170.2442-0.03410.15050.03290.00330.1879-0.0150.18922.424165.340748.5836
47.8601-1.3751-4.6411.69440.50035.28080.02510.2331-0.0979-0.1474-0.0494-0.1794-0.20370.40150.03010.2407-0.0457-0.01940.2878-0.03090.180231.506368.827138.7866
57.54432.0615-6.01582.6212-1.89478.4450.28640.33440.3912-0.2616-0.1007-0.2345-0.8745-0.1496-0.28070.4976-0.0390.01140.18160.03950.292428.382379.986639.225
67.43771.8473.02887.836-0.35162.34570.08180.6594-0.8499-0.7724-0.13060.63220.46020.060.07790.3975-0.0319-0.02350.3119-0.08020.339331.786846.117645.1033
76.78920.83291.72377.6334.48542.90370.02960.0274-0.2067-0.54690.624-0.73160.57090.6855-0.55310.3843-0.00360.00950.3035-0.01580.372745.563347.378954.3218
82.51180.78792.28212.17982.89248.88790.1572-0.0508-0.11270.1583-0.2540.20590.4441-0.73980.11050.1858-0.0775-0.00850.36850.00060.24832.846151.067365.4528
94.21231.27634.09840.98741.61128.35990.0856-0.22720.02-0.008-0.23430.2908-0.0172-0.92780.22720.21040.0567-0.02160.4178-0.02630.261629.122255.664155.1331
109.24531.86614.73155.00210.94453.56140.20440.2756-0.0472-0.2019-0.2380.095-0.13620.14250.06650.25530.04220.03820.2770.00450.238838.212357.622451.0755
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 15 through 31 )A15 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 32 through 40 )A32 - 40
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 41 through 66 )A41 - 66
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 67 through 100 )A67 - 100
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 101 through 127 )A101 - 127
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 16 through 31 )B16 - 31
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 32 through 40 )B32 - 40
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 41 through 75 )B41 - 75
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 76 through 100 )B76 - 100
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 101 through 128 )B101 - 128

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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