PDB-7amc: SmBRD3(2), Bromodomain 2 of the Bromodomain 3 protein from Schist...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7amc

タイトル

SmBRD3(2), Bromodomain 2 of the Bromodomain 3 protein from Schistosoma mansoni in complex with iBET726

要素

Putative bromodomain-containing protein 3, brd3

キーワード

PROTEIN BINDING / bromo domain / methyllysine binding / epigenetic reader domain / inhibitor / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

: / chromatin remodeling / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.22 Å

データ登録者

Schiedel, M. / McDonough, M.A. / Conway, S.J.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: SBM3, Bromodomain 3 from Schistosoma mansoni in complex with iBET726
著者: Schiedel, M. / McArdle, D.J.B. / McDonough, M.A. / Conway, S.J.

履歴

登録	2020年10月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7amc.cif.gz	124.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7amc.ent.gz	97.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7amc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/7amc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/7amc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3jvlS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5lmj-3 7nq1-d 7oer-d 2oo1-4 5dw1-1 7l9j-d 7nqj-d 4qeu-d 5xof-3 5v1u-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative bromodomain-containing protein 3, brd3

B: Putative bromodomain-containing protein 3, brd3

ヘテロ分子

31.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative bromodomain-containing protein 3, brd3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, monomer
15.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative bromodomain-containing protein 3, brd3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.801, 83.250, 126.605
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-449- HOH

#1: タンパク質	Putative bromodomain-containing protein 3, brd3 分子量: 15029.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5K4EQL3
#2: 化合物	ChemComp-73B / 4-[(2S,4R)-1-acetyl-4-[(4-chlorophenyl)amino]-2-methyl-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-6-yl]benzoic acid / I-BET-726 分子量: 434.915 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₂₃ClN₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.5 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Sodium dihydrogen Phosphate monohydrate, 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I24 / 波長: 0.97862 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97862 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.22→43.99 Å / Num. obs: 157260 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.4 % / CC_1/2: 0.986 / R_merge(I) obs: 0.193 / R_pim(I) all: 0.056 / R_rim(I) all: 0.201 / Net I/σ(I): 6.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.22-1.25	10.6	2.051	63122	5962	0.614	0.66	2.158	1.1	100
5.46-43.99	12.1	0.175	12369	1021	0.981	0.052	0.182	12.8	99.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.3	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.14	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
DIALS	1.12.5	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3JVL

3jvl

解像度: 1.22→43.982 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.52 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.176	8015	5.1 %
R_work	0.1585	149245	-
obs	0.1594	157260	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 96.74 Å² / B_iso mean: 26.1407 Å² / B_iso min: 12.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.22→43.982 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1849	0	82	341	2272
B_iso mean	-	-	29.23	35.14	-
残基数	-	-	-	-	230

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.22-1.2337	0.3419	282	0.3452	4864	98
1.2337-1.2482	0.3144	257	0.3272	4929	100
1.2482-1.2634	0.3285	256	0.3132	5017	100
1.2634-1.2794	0.294	276	0.3052	4897	100
1.2794-1.2962	0.2946	271	0.2896	5059	100
1.2962-1.314	0.271	232	0.2783	4941	100
1.314-1.3328	0.2529	214	0.2661	5083	100
1.3328-1.3526	0.2528	302	0.2565	4906	100
1.3526-1.3738	0.2745	285	0.246	4980	100
1.3738-1.3963	0.2509	291	0.236	4964	100
1.3963-1.4204	0.226	242	0.2352	4923	100
1.4204-1.4462	0.2325	259	0.2226	5080	100
1.4462-1.474	0.225	268	0.2072	4929	100
1.474-1.5041	0.2281	262	0.2005	4946	100
1.5041-1.5368	0.2024	255	0.183	5042	100
1.5368-1.5726	0.2003	287	0.1735	4985	100
1.5726-1.6119	0.2049	247	0.1714	4924	100
1.6119-1.6555	0.1772	271	0.1599	5029	100
1.6555-1.7042	0.1831	274	0.1593	4987	100
1.7042-1.7592	0.1802	268	0.1568	4971	100
1.7592-1.8221	0.1832	280	0.1572	4958	100
1.8221-1.8951	0.1727	271	0.153	5006	100
1.8951-1.9813	0.1878	270	0.147	4964	100
1.9813-2.0858	0.1573	305	0.1413	4921	100
2.0858-2.2164	0.1386	320	0.1333	4949	100
2.2164-2.3876	0.1453	273	0.1355	4975	100
2.3876-2.6278	0.1573	202	0.1279	5022	100
2.6278-3.008	0.137	262	0.1349	5013	100
3.008-3.7894	0.1692	265	0.1326	5006	100
3.7894-43.982	0.1597	268	0.1524	4975	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5223	-2.2531	-3.5769	6.8316	3.1289	3.9981	0.0206	-0.0545	0.2102	-0.0683	0.1484	-0.6693	-0.3671	0.8373	-0.2131	0.1793	-0.0787	0.0168	0.2979	0.0032	0.2484	43.1673	72.956	38.2576
2	7.7499	2.4565	1.3028	6.9639	1.6173	4.811	0.0979	-0.6638	0.8633	0.3487	-0.1839	-0.0079	-0.6612	0.2804	0.0419	0.2611	-0.0668	-0.008	0.2028	-0.0751	0.2263	31.8047	78.129	50.5102
3	4.8948	4.7267	-5.2363	4.7407	-4.8003	5.9139	0.1305	-0.4141	-0.3949	0.3197	-0.2469	-0.2891	0.037	0.3863	0.1787	0.1502	0.0139	-0.0087	0.1922	0.0084	0.1697	27.3948	64.9194	52.0396
4	5.5945	0.2776	-2.8614	0.6463	-0.1023	3.6501	-0.0782	-0.0085	-0.119	-0.012	-0.0023	-0.0178	0.0678	0.0496	0.0764	0.15	0.002	0.0035	0.0758	-0.0008	0.1457	25.9632	63.3694	45.8955
5	3.9502	-2.9529	1.518	3.9489	0.0668	3.4454	0.0947	0.2003	-0.1258	-0.7126	-0.3081	-0.3321	0.7654	0.5402	0.3984	0.2215	-0.0014	0.0421	0.2701	-0.0006	0.1931	39.6207	62.6984	34.5462
6	3.4796	0.0133	-1.7096	0.6204	-0.1808	3.1187	0.1062	0.1745	0.2801	-0.0327	-0.03	-0.0147	-0.4061	-0.0138	-0.0833	0.1874	-0.008	-0	0.1026	0.0123	0.1374	26.2296	74.9711	39.3949
7	3.5985	4.1796	-2.8405	4.8806	-3.6013	7.163	-0.0898	0.6507	-0.3038	-1.1962	0.1201	-2.256	0.0021	0.8497	-0.2236	0.4333	-0.1413	0.2025	0.5502	-0.0116	0.5385	43.6897	73.8736	26.9407
8	3.2757	0.5786	-0.7547	4.8228	-0.1187	5.7038	0.0916	0.0872	-0.4546	-0.3928	-0.0982	0.4274	0.4269	-0.3043	0.0167	0.197	-0.0014	-0.0396	0.0911	-0.0304	0.2126	31.3406	44.7797	45.0366
9	7.3918	-1.5763	1.7112	9.1747	2.9506	8.6947	0.0815	0.0513	-0.1392	-0.0649	0.1903	-0.537	0.3165	0.5793	-0.2249	0.1229	0.0086	-0.0172	0.1313	-0.0007	0.1916	44.6543	47.1467	56.0482
10	3.1473	-0.1062	-3.1204	2.2278	1.7105	4.2399	0.0472	-0.2696	-0.312	0.3667	-0.128	-0.0452	0.8617	-0.3023	0.073	0.2198	-0.0603	-0.0348	0.2624	0.0493	0.2106	35.641	46.5631	66.3762
11	1.9621	0.8678	3.1382	1.3975	1.2284	5.2751	0.0165	-0.1327	0.1088	0.1118	-0.1475	0.1679	0.0258	-0.9914	0.1056	0.1398	-0.0116	0.0186	0.3329	-0.0058	0.1604	31.8923	54.5793	70.8913
12	2.1852	0.7116	2.797	1.2739	1.1826	5.1312	0.0207	-0.2394	-0.0871	-0.0743	-0.0689	0.1251	-0.0102	-0.6045	0.0782	0.0932	0.0012	-0.0017	0.2028	-0.0037	0.1501	28.8743	52.0216	55.2806
13	4.1434	2.2569	4.6704	1.7025	2.715	5.2167	-0.0796	0.1141	-0.0521	-0.0861	0.0805	-0.1036	-0.362	0.2411	0.0054	0.1916	0.0033	0.0034	0.1503	0.0119	0.1753	40.5821	57.9262	53.5917
14	3.9124	-0.3601	3.7316	6.3498	-1.1624	3.8409	0.1168	0.4731	-0.2277	-0.5497	-0.0263	0.6809	0.1084	-0.5941	-0.082	0.3112	0.0185	-0.0955	0.2864	-0.0428	0.2702	23.6678	51.6755	38.5678

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 15 through 31 )	A	15 - 31
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 43 )	A	32 - 43
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 44 through 48 )	A	44 - 48
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 49 through 75 )	A	49 - 75
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 76 through 81 )	A	76 - 81
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 82 through 123 )	A	82 - 123
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 124 through 129 )	A	124 - 129
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 15 through 31 )	B	15 - 31
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 32 through 43 )	B	32 - 43
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 44 through 48 )	B	44 - 48
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 49 through 66 )	B	49 - 66
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 67 through 100 )	B	67 - 100
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 101 through 123 )	B	101 - 123
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 124 through 129 )	B	124 - 129

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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