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- PDB-7alv: Crystal Structure of NLRP3 NACHT domain in complex with a potent ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7alv
タイトルCrystal Structure of NLRP3 NACHT domain in complex with a potent inhibitor
要素NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3
キーワードIMMUNE SYSTEM / inflammasome
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of biotic stimulus / molecular sensor activity / phosphatidylinositol phosphate binding / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / NLRP3 inflammasome complex assembly / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / interphase microtubule organizing center / positive regulation of type 2 immune response / NLRP3 inflammasome complex / cysteine-type endopeptidase activator activity ...detection of biotic stimulus / molecular sensor activity / phosphatidylinositol phosphate binding / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / NLRP3 inflammasome complex assembly / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / interphase microtubule organizing center / positive regulation of type 2 immune response / NLRP3 inflammasome complex / cysteine-type endopeptidase activator activity / peptidoglycan binding / osmosensory signaling pathway / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of interleukin-1 beta production / pyroptotic inflammatory response / positive regulation of interleukin-4 production / microtubule organizing center / negative regulation of acute inflammatory response / The NLRP3 inflammasome / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / signaling adaptor activity / protein maturation / positive regulation of interleukin-1 beta production / molecular condensate scaffold activity / defense response / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / Cytoprotection by HMOX1 / ADP binding / protein homooligomerization / cellular response to virus / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / negative regulation of inflammatory response / Metalloprotease DUBs / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / cellular response to lipopolysaccharide / regulation of inflammatory response / protein-macromolecule adaptor activity / DNA-binding transcription factor binding / molecular adaptor activity / sequence-specific DNA binding / inflammatory response / Golgi membrane / innate immune response / apoptotic process / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / endoplasmic reticulum / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NACHT-associated domain / Fish-specific NACHT associated domain / Fish-specific NACHT associated domain / : / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / DAPIN domain / NACHT nucleoside triphosphatase ...NACHT-associated domain / Fish-specific NACHT associated domain / Fish-specific NACHT associated domain / : / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / DAPIN domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / DAPIN domain profile. / NACHT-NTPase domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / Death-like domain superfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-RM5 / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.835 Å
データ登録者Dekker, C. / Hinniger, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Crystal Structure of NLRP3 NACHT Domain With an Inhibitor Defines Mechanism of Inflammasome Inhibition.
著者: Dekker, C. / Mattes, H. / Wright, M. / Boettcher, A. / Hinniger, A. / Hughes, N. / Kapps-Fouthier, S. / Eder, J. / Erbel, P. / Stiefl, N. / Mackay, A. / Farady, C.J.
履歴
登録2020年10月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月3日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年11月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0263
ポリマ－64,1561
非ポリマー8702
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area740 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area20670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.180, 96.180, 262.540
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3 / Angiotensin/vasopressin receptor AII/AVP-like / Caterpiller protein 1.1 / CLR1.1 / Cold-induced ...Angiotensin/vasopressin receptor AII/AVP-like / Caterpiller protein 1.1 / CLR1.1 / Cold-induced autoinflammatory syndrome 1 protein / Cryopyrin / PYRIN-containing APAF1-like protein 1


分子量: 64156.305 Da / 分子数: 1 / 断片: NACHT domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NLRP3, C1orf7, CIAS1, NALP3, PYPAF1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q96P20
#2: 化合物 ChemComp-RM5 / 1-[4-chloranyl-2,6-di(propan-2-yl)phenyl]-3-[4-(2-oxidanylpropan-2-yl)furan-2-yl]sulfonyl-urea


分子量: 442.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H27ClN2O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Hepes pH 7.5, 1.4M SodiumCitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.83→79.394 Å / Num. obs: 12189 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.7 % / Biso Wilson estimate: 88.23 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.255 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.289 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル

Num. unique obs: 609 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.835-3.147181.70.7060.552.36613.1
9.329-79.39415.452.40.9990.010.03899.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7 (20-MAY-2020)精密化
STARANISOデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdbid 5irn, 4kxf

5irn

4kxf


解像度: 2.835→79.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.853 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.474
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2647 633 5.19 %RANDOM
Rwork0.2128 ---
obs0.2154 12189 68.2 %-
原子変位パラメータBiso max: 209.02 Å2 / Biso mean: 83.37 Å2 / Biso min: 26.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.4564 Å20 Å20 Å2
2--1.4564 Å20 Å2
3----2.9129 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.43 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.835→79.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3718 0 56 8 3782
Biso mean--55.05 42.99 -
残基数----472
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1315SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes650HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3864HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion503SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2997SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3864HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5232HARMONIC21
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.74
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.01
LS精密化 シェル解像度: 2.835→3.09 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3899 18 4.57 %
Rwork0.2651 376 -
obs--9.81 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.3407 Å / Origin y: 34.7814 Å / Origin z: 133.901 Å
111213212223313233
T-0.2151 Å2-0.0799 Å20.0806 Å2--0.1823 Å2-0.0272 Å2---0.2008 Å2
L3.6413 °2-1.1572 °2-2.1833 °2-1.9311 °22.3965 °2--5.8919 °2
S-0.2009 Å °-0.0349 Å °-0.3912 Å °0.174 Å °-0.0394 Å °0.0488 Å °0.6819 Å °0.0951 Å °0.2403 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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