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- PDB-7alt: Structure of Drosophila Serrate C2-DSL-EGF1-EGF2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7alt
タイトルStructure of Drosophila Serrate C2-DSL-EGF1-EGF2
要素Protein serrate
キーワードSIGNALING PROTEIN / Serrate Notch Ligand C2 / DSL and EGF domains
機能・相同性
機能・相同性情報


larval salivary gland morphogenesis / eye-antennal disc development / crystal cell differentiation / negative regulation of lamellocyte differentiation / cuticle pattern formation / lateral inhibition / second mitotic wave involved in compound eye morphogenesis / imaginal disc-derived wing margin morphogenesis / imaginal disc-derived leg segmentation / imaginal disc-derived leg morphogenesis ...larval salivary gland morphogenesis / eye-antennal disc development / crystal cell differentiation / negative regulation of lamellocyte differentiation / cuticle pattern formation / lateral inhibition / second mitotic wave involved in compound eye morphogenesis / imaginal disc-derived wing margin morphogenesis / imaginal disc-derived leg segmentation / imaginal disc-derived leg morphogenesis / wing disc anterior/posterior pattern formation / larval lymph gland hemopoiesis / compound eye development / imaginal disc-derived wing morphogenesis / glycosphingolipid binding / sensory organ development / germ-line stem cell population maintenance / apical cortex / Notch binding / axolemma / glial cell proliferation / salivary gland morphogenesis / Notch signaling pathway / membrane => GO:0016020 / receptor ligand activity / apical plasma membrane / calcium ion binding / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Jagged/Serrate protein / Delta/Serrate/lag-2 (DSL) protein / Notch ligand, N-terminal domain / Delta serrate ligand / N terminus of Notch ligand C2-like domain / DSL domain profile. / delta serrate ligand / EGF-like, conserved site / Human growth factor-like EGF / von Willebrand factor (vWF) type C domain ...Jagged/Serrate protein / Delta/Serrate/lag-2 (DSL) protein / Notch ligand, N-terminal domain / Delta serrate ligand / N terminus of Notch ligand C2-like domain / DSL domain profile. / delta serrate ligand / EGF-like, conserved site / Human growth factor-like EGF / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain / Calcium-binding EGF domain / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Suckling, R. / Johnson, S. / Lea, S.M.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/L001187/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR-R009317/1 英国
Wellcome Trust100298 英国
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2021
タイトル: The conserved C2 phospholipid-binding domain in Delta contributes to robust Notch signalling.
著者: Martins, T. / Meng, Y. / Korona, B. / Suckling, R. / Johnson, S. / Handford, P.A. / Lea, S.M. / Bray, S.J.
履歴
登録2020年10月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein serrate
B: Protein serrate
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1687
ポリマ－59,2212
非ポリマー9475
水2,126118
1
A: Protein serrate
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0753
ポリマ－29,6111
非ポリマー4642
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein serrate
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0934
ポリマ－29,6111
非ポリマー4823
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.329, 49.402, 93.123
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.249, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 80 through 191 or resid 196 through 348 or resid 1 through 2))
d_2ens_1chain "B"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ALATYRA1 - 112
d_12ens_1PROLEUA117 - 269
d_13ens_1NAGNAGB
d_14ens_1NAGNAGC
d_21ens_1ALALEUD1 - 265
d_22ens_1NAGNAGE
d_23ens_1NAGNAGF

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.999906210829, -0.000599648350543, 0.0136824693301), (-0.000858325876441, 0.999820864457, -0.0189077304919), (-0.0136686803242, -0.0189177011691, -0.999727606781) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999906210829, -0.000599648350543, 0.0136824693301), (-0.000858325876441, 0.999820864457, -0.0189077304919), (-0.0136686803242, -0.0189177011691, -0.999727606781)
ベクター: 54.2122919255, 2.45690748875, 44.021735424)

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要素

#1: タンパク質 Protein serrate / Protein beaded


分子量: 29610.537 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Ser, Bd, CG6127
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P18168
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.01 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M imidazole malate pH 7, 25% PEG4K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→45.61 Å / Num. obs: 38729 / % possible obs: 98.89 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 31.49 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.03→2.103 Å / Num. unique obs: 3814 / CC1/2: 0.769

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3965精密化
PHENIXdev_3965精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MW7

5mw7


解像度: 2.03→45.61 Å / SU ML: 0.2152 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.3516
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2579 1996 5.15 %
Rwork0.22 36733 -
obs0.222 38729 98.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→45.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4079 0 58 118 4255
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00524229
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81115738
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0774634
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054742
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.9097601
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 2.92239358248 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.03-2.080.34081330.32952588X-RAY DIFFRACTION98.34
2.08-2.140.32461420.28172619X-RAY DIFFRACTION99.39
2.14-2.20.28491450.27182611X-RAY DIFFRACTION99.57
2.2-2.270.28661320.2782597X-RAY DIFFRACTION98.13
2.27-2.350.26491690.24352593X-RAY DIFFRACTION99.86
2.35-2.450.27151290.24292649X-RAY DIFFRACTION99.39
2.45-2.560.27781350.23892609X-RAY DIFFRACTION99.35
2.56-2.690.28791540.24152621X-RAY DIFFRACTION99.18
2.69-2.860.2781390.24242617X-RAY DIFFRACTION99.35
2.86-3.080.3021340.23192665X-RAY DIFFRACTION99.08
3.08-3.390.27571340.22312597X-RAY DIFFRACTION98.45
3.39-3.880.23631690.1992612X-RAY DIFFRACTION98.13
3.88-4.890.19211180.16482648X-RAY DIFFRACTION98.02
4.89-45.610.24521630.20642707X-RAY DIFFRACTION98.52

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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