PDB-7all: A single sulfatase is required for metabolism of colonic mucin O-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7all

タイトル

A single sulfatase is required for metabolism of colonic mucin O-glycans and intestinal colonization by a symbiotic human gut bacterium (BT4683-S1_4)

要素

Arylsulfatase

キーワード

HYDROLASE / Carbohydrate sulfatase / Mucin / Microbiome / Bacteroides

機能・相同性

arylsulfatase activity / Sulfatases signature 2. / Sulfatase, conserved site / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / N-acetyl-alpha-lactosamine / IODIDE ION / Arylsulfatase

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.63 Å

データ登録者

Sofia de Jesus Vaz Luis, A. / Martens, E.C. / Basle, A. / Cartmell, A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: A single sulfatase is required to access colonic mucin by a gut bacterium.
著者: Luis, A.S. / Jin, C. / Pereira, G.V. / Glowacki, R.W.P. / Gugel, S.R. / Singh, S. / Byrne, D.P. / Pudlo, N.A. / London, J.A. / Basle, A. / Reihill, M. / Oscarson, S. / Eyers, P.A. / Czjzek, M. ...

履歴

登録	2020年10月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月3日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7all.cif.gz	129.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7all.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7all.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/7all ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/7all	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7an1C 7anaC 7anbC 7oqdC 1hdhS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4q5n-d 3cux-d 4alf-1 4ek7-1 4f4f-2 1hdh-1 3ptq-2 6s21-3 4cxk-1 4amf-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Arylsulfatase

ヘテロ分子

60.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.136, 87.799, 101.833
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Arylsulfatase

分子量: 59468.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア)
株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_4683 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q89YP8

#2: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 糖鎖要素 / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: N-acetyl-alpha-lactosamine

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-4DGlcpNAca1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#4: 化合物

ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド

分子量: 126.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: I

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.65 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20 % PEG 3350, 0.2 M sodium iodide and BTP pH 8.5 25mg/ml

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.63→66.585 Å / Num. obs: 62376 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 7.8
反射シェル	解像度: 1.63→1.66 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3024 / CC_1/2: 0.795

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1HDH

1hdh

解像度: 1.63→66.585 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / WR_factor R_free: 0.196 / WR_factor R_work: 0.17 / SU B: 2.437 / SU ML: 0.078 / Average fsc free: 0.8918 / Average fsc work: 0.8974 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.09 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2003	3095	4.962 %
R_work	0.174	59281	-
all	0.175	-	-
obs	-	62376	99.896 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.124 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.456 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.189 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.645 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.63→66.585 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3991	0	31	309	4331

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	4198
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3859
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.53	1.658	5703
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.389	1.582	8959
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.977	5	513
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.3	22.605	215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.339	15	714
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.507	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	543
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	4759
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	965
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	889
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.178	0.2	3652
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	2032
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	1883
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	248
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.251	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.163	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.202	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.518	2.133	2031
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.504	2.132	2030
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.142	3.196	2551
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.146	3.196	2552
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.555	2.424	2167
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.554	2.426	2168
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.921	3.525	3152
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.92	3.527	3153
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.733	25.507	4864
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.665	25.33	4819

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.63-1.672	0.291	227	0.284	4331	X-RAY DIFFRACTION	99.8467
1.672-1.718	0.283	207	0.258	4210	X-RAY DIFFRACTION	100
1.718-1.768	0.25	217	0.245	4097	X-RAY DIFFRACTION	100
1.768-1.822	0.229	205	0.222	3989	X-RAY DIFFRACTION	100
1.822-1.882	0.244	210	0.202	3877	X-RAY DIFFRACTION	100
1.882-1.948	0.223	198	0.176	3748	X-RAY DIFFRACTION	100
1.948-2.022	0.204	176	0.161	3631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.022-2.104	0.224	196	0.171	3481	X-RAY DIFFRACTION	100
2.104-2.198	0.207	176	0.156	3385	X-RAY DIFFRACTION	100
2.198-2.305	0.181	170	0.157	3206	X-RAY DIFFRACTION	100
2.305-2.429	0.178	161	0.152	3053	X-RAY DIFFRACTION	100
2.429-2.577	0.206	154	0.161	2886	X-RAY DIFFRACTION	100
2.577-2.754	0.182	135	0.15	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
2.754-2.975	0.184	131	0.162	2548	X-RAY DIFFRACTION	100
2.975-3.259	0.187	124	0.176	2361	X-RAY DIFFRACTION	100
3.259-3.643	0.206	105	0.174	2160	X-RAY DIFFRACTION	100
3.643-4.205	0.171	101	0.151	1904	X-RAY DIFFRACTION	100
4.205-5.148	0.15	97	0.144	1622	X-RAY DIFFRACTION	100
5.148-7.272	0.209	62	0.196	1304	X-RAY DIFFRACTION	100
7.272-66.585	0.258	43	0.204	723	X-RAY DIFFRACTION	95.5112

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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