PDB-7al8: Structure of ATSI with bovine trypsin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7al8

タイトル

Structure of ATSI with bovine trypsin

要素

Cationic trypsin
Trypsin/subtilisin inhibitor

キーワード

HYDROLASE / ATSI / trypsin / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase inhibitor activity / response to wounding / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amaranthus caudatus (センニンコク)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Reverter, D. / Covaleda, G.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of ATSI with bovine trypsin
著者: Reverter, D. / Covaleda, G.

履歴

登録	2020年10月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7al8.cif.gz	844.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7al8.ent.gz	702.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7al8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7al8_validation.pdf.gz	535.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7al8_full_validation.pdf.gz	556 KB	表示
XML形式データ	7al8_validation.xml.gz	76.6 KB	表示
CIF形式データ	7al8_validation.cif.gz	101.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/7al8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/7al8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1aq7S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4000 3pla-d 2jc3-d 6q2o-d 0026 10498 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (3) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (2)

登録構造単位

U: Cationic trypsin

X: Trypsin/subtilisin inhibitor

B: Cationic trypsin

C: Trypsin/subtilisin inhibitor

E: Cationic trypsin

F: Trypsin/subtilisin inhibitor

H: Cationic trypsin

I: Trypsin/subtilisin inhibitor

K: Cationic trypsin

L: Trypsin/subtilisin inhibitor

N: Cationic trypsin

O: Trypsin/subtilisin inhibitor

Q: Cationic trypsin

R: Trypsin/subtilisin inhibitor

T: Cationic trypsin

V: Trypsin/subtilisin inhibitor

ヘテロ分子

252 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.289, 92.588, 108.545
Angle α, β, γ (deg.)	90.040, 89.860, 90.030
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Cationic trypsin / Beta-trypsin 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: タンパク質	Trypsin/subtilisin inhibitor / ATSI 分子量: 7901.974 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Amaranthus caudatus (センニンコク) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80211
#3: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.63 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2M AmSO4, 0.1 M HEPES 7.5; 2% PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.84→46.84 Å / Num. obs: 50831 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 45 Å² / R_merge(I) obs: 0.111 / R_pim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 4.4
反射シェル	解像度: 2.84→2.99 Å / R_merge(I) obs: 0.47 / Num. unique obs: 6984 / R_pim(I) all: 0.42

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
SCALA		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1AQ7

1aq7

解像度: 2.85→46.84 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 40.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3305	2563	5.08 %
R_work	0.2744	47892	-
obs	0.2772	50455	96.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 98.98 Å² / B_iso mean: 46.173 Å² / B_iso min: 23.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.85→46.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17352	0	129	0	17481
B_iso mean	-	-	70.05	-	-
残基数	-	-	-	-	2320

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.85-2.9	0.4715	133	0.3882	2568	2701	94
2.9-2.96	0.404	155	0.3343	2598	2753	96
2.96-3.03	0.4284	120	0.3333	2700	2820	96
3.03-3.1	0.3829	151	0.3291	2632	2783	96
3.1-3.18	0.4466	155	0.3306	2637	2792	97
3.18-3.26	0.4063	148	0.3179	2637	2785	97
3.26-3.36	0.4146	134	0.3147	2680	2814	97
3.36-3.47	0.3547	116	0.2923	2736	2852	97
3.47-3.59	0.37	157	0.2969	2701	2858	98
3.59-3.73	0.3213	132	0.269	2656	2788	97
3.73-3.9	0.3148	143	0.2553	2659	2802	97
3.9-4.11	0.2837	156	0.2463	2662	2818	97
4.11-4.37	0.2795	147	0.2316	2716	2863	98
4.37-4.7	0.2873	138	0.2502	2650	2788	97
4.7-5.18	0.3343	139	0.2351	2677	2816	97
5.18-5.92	0.31	148	0.255	2672	2820	97
5.93-7.46	0.2798	131	0.2507	2660	2791	97
7.46-46.84	0.2698	160	0.2629	2651	2811	97

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -5.333 Å / Origin y: 3.816 Å / Origin z: 8.7089 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2581 Å²	0.0071 Å²	-0.0169 Å²	-	0.3109 Å²	0.0507 Å²	-	-	0.2975 Å²
L	0.3313 °²	0.0079 °²	-0.0996 °²	-	0.0435 °²	0.0397 °²	-	-	0.2966 °²
S	-0.0143 Å °	0.1001 Å °	-0.0368 Å °	0.0044 Å °	0.029 Å °	-0.0298 Å °	0.0208 Å °	-0.0606 Å °	-0.0155 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	U	24 - 246
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	U	301
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	X	2 - 68
4	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	X	101 - 102
5	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	B	24 - 246
6	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	B	301
7	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	C	2 - 68
8	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	C	101 - 102
9	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	E	24 - 246
10	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	E	301 - 302
11	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	F	2 - 68
12	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	F	101 - 102
13	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	H	24 - 246
14	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	H	301 - 302
15	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	I	2 - 68
16	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	I	101 - 102
17	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	K	24 - 246
18	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	K	301
19	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	L	2 - 68
20	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	L	101 - 102
21	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	N	24 - 246
22	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	N	301 - 302
23	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	O	2 - 68
24	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	O	101
25	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	Q	24 - 246
26	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	Q	301 - 304
27	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	R	2 - 68
28	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	R	101
29	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	T	24 - 246
30	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	T	301 - 302
31	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	V	2 - 68
32	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	V	101 - 102

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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