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- PDB-7al4: Ancestral Flavin-containing monooxygenase (FMO) 1 (mammalian) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7al4
タイトルAncestral Flavin-containing monooxygenase (FMO) 1 (mammalian)
要素Ancestral Flavin-containing monooxygenase 1 (mammalian)
キーワードFLAVOPROTEIN / FMO Paired Rossman fold Xenobiotic detoxification
機能・相同性FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種Felis catus (イエネコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Nicoll, C.R. / Mattevi, A.
資金援助European Union, 2件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission722390European Union
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission847675European Union
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Ancestral reconstruction of mammalian FMO1 enables structural determination, revealing unique features that explain its catalytic properties.
著者: Bailleul, G. / Nicoll, C.R. / Mascotti, M.L. / Mattevi, A. / Fraaije, M.W.
履歴
登録2020年10月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Ancestral Flavin-containing monooxygenase 1 (mammalian)
C: Ancestral Flavin-containing monooxygenase 1 (mammalian)
B: Ancestral Flavin-containing monooxygenase 1 (mammalian)
A: Ancestral Flavin-containing monooxygenase 1 (mammalian)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,80723
ポリマ－239,3374
非ポリマー9,47019
水72140
1
D: Ancestral Flavin-containing monooxygenase 1 (mammalian)
A: Ancestral Flavin-containing monooxygenase 1 (mammalian)
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: Gel filtration could not conclude whether the protein was dimerized due to the presence of detergent in solution that masks the actual protein oligomerization state. In other words, it ...根拠: Gel filtration could not conclude whether the protein was dimerized due to the presence of detergent in solution that masks the actual protein oligomerization state. In other words, it increases the overall size of the oligomeric state.
  • 125 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,02414
ポリマ－119,6682
非ポリマー5,35512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Ancestral Flavin-containing monooxygenase 1 (mammalian)
B: Ancestral Flavin-containing monooxygenase 1 (mammalian)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,7839
ポリマ－119,6682
非ポリマー4,1157
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)115.919, 92.453, 156.688
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.12, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11D
21C
31B
41A

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111D3 - 540
2111C3 - 540
3111B3 - 540
4111A3 - 540

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.315001, -0.410436, 0.855755), (-0.503307, -0.836672, -0.216017), (0.804647, -0.362661, -0.470128)-52.6248, -77.32368, 28.21989
3given(0.59129, -0.748568, -0.300037), (0.789951, 0.462719, 0.402329), (-0.162338, -0.474908, 0.864933)-22.30702, 73.61282, -81.81219
4given(0.223445, 0.422587, 0.878347), (0.393704, -0.863479, 0.315278), (0.891667, 0.275361, -0.359315)-5.4223, 20.72189, -1.67432

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 10分子 DCBA

#1: タンパク質
Ancestral Flavin-containing monooxygenase 1 (mammalian)


分子量: 59834.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Felis catus (イエネコ) / 遺伝子: FMO1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: EC: 1.14.13.8
#4: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 5種, 53分子

#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.8 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES (pH 7.5), PEG 4000 (10% v/v) and glycerol (20% v/v)
PH範囲: 7.2-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.998 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→49.1 Å / Num. obs: 39983 / % possible obs: 60.2 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.245 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 3→3.041 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 7.993 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 567 / CC1/2: 0.028 / % possible all: 14.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6SE3

6se3


解像度: 3→49.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.883 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.856 / SU B: 22.644 / SU ML: 0.403 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.624 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2638 817 2 %RANDOM
Rwork0.22841 ---
obs0.22913 39119 60.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 81.326 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.17 Å20 Å20.78 Å2
2---0.32 Å20 Å2
3----0.97 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3→49.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16410 0 629 40 17079
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.01317498
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.01716179
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3591.68123832
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1181.60137650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.19352073
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.92122.405790
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.174152818
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2691584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0510.22336
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0218880
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023620
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.668.6528325
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.668.6528324
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.7312.96310387
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.7312.96410388
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.068.8459173
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.0598.8459174
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.02613.18313446
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.6599.72319614
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.6599.72419615
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 7835 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight thermal / Weight position: 0.5

Auth asym-IDRms dev position (Å)
D29.85
C52.04
B11.79
A23.08
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 11 -
Rwork0.386 685 -
obs--14.14 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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