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- PDB-7al1: Cell division protein SepF from Methanobrevibacter smithii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7al1
タイトルCell division protein SepF from Methanobrevibacter smithii
要素Cell division protein SepF
キーワードCELL CYCLE / FtsZ-binding protein Membrane-binding protein
機能・相同性Cell division protein SepF/SepF-related / SepF-like superfamily / Cell division protein SepF / cell septum assembly / Cell division protein SepF
機能・相同性情報
生物種Methanobrevibacter smithii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Sogues, A. / wehenkel, A.M. / Alzari, P.M.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-18-CE11-0017 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: SepF is the FtsZ anchor in archaea, with features of an ancestral cell division system.
著者: Pende, N. / Sogues, A. / Megrian, D. / Sartori-Rupp, A. / England, P. / Palabikyan, H. / Rittmann, S.K.R. / Grana, M. / Wehenkel, A.M. / Alzari, P.M. / Gribaldo, S.
履歴
登録2020年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division protein SepF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9742
ポリマ－10,8511
非ポリマー1221
水1,02757
1
A: Cell division protein SepF
ヘテロ分子

A: Cell division protein SepF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9474
ポリマ－21,7032
非ポリマー2442
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area2300 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area9310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.053, 53.053, 53.912
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-305-

HOH

21A-348-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Cell division protein SepF


分子量: 10851.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanobrevibacter smithii (strain ATCC 35061 / DSM 861 / OCM 144 / PS) (古細菌)
株: ATCC 35061 / DSM 861 / OCM 144 / PS / 遺伝子: Msm_0406 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A5UK83
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.06 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M TRIS, pH 8.5, 30% PEG 10K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9875 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9875 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→45.95 Å / Num. obs: 17704 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.6 % / Biso Wilson estimate: 20.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 27.1
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / Rmerge(I) obs: 1.029 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 846

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb code 3ZIE

3zie


解像度: 1.4→34.97 Å / SU ML: 0.1155 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.0207
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2163 884 5 %
Rwork0.1825 16789 -
obs0.1842 17673 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→34.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数662 0 8 57 727
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092702
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0567952
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0839115
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065120
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9164103
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.490.25491440.22082746X-RAY DIFFRACTION99.9
1.49-1.60.2371450.2082759X-RAY DIFFRACTION100
1.6-1.760.26641460.19672773X-RAY DIFFRACTION100
1.76-2.020.23851460.17682774X-RAY DIFFRACTION99.97
2.02-2.540.16631490.17862830X-RAY DIFFRACTION99.97
2.54-34.970.22331540.1792907X-RAY DIFFRACTION99.54
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -4.29269921737 Å / Origin y: -22.3702062537 Å / Origin z: 8.34574490984 Å
111213212223313233
T0.161744024712 Å2-0.018976800801 Å20.0115410230988 Å2-0.182588589369 Å20.00890331244746 Å2--0.192529524707 Å2
L0.482168890831 °2-0.0892177469441 °20.46508982797 °2-1.3292086124 °2-0.381700313415 °2--1.1293976508 °2
S0.0465287058532 Å °-0.0931985426233 Å °0.00297075997274 Å °0.0160879674488 Å °-0.0580051748327 Å °-0.258204156421 Å °0.0312984829032 Å °-0.0266242905909 Å °-0.00119555859279 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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