PDB-7aks: Human ADP-ribosylserine hydrolase ARH3 mutant E41A in complex wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7aks

タイトル

Human ADP-ribosylserine hydrolase ARH3 mutant E41A in complex with H2B-S7-mar peptide

要素

ADP-ribose glycohydrolase ARH3
modified peptide

キーワード

HYDROLASE / ADP-RIBOSYLATION / ADP-RIBOSE / ADPRHL2 / ADP-RIBOSYLHYDROLASE LIKE 2 / SER-ADPR / SERINE-ADPR / ADP-RIBOSYL-L-SERINE

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to superoxide / peptidyl-serine ADP-deribosylation / ADP-ribosylserine hydrolase activity / O-acetyl-ADP-ribose deacetylase activity / poly(ADP-ribose) glycohydrolase activity / poly(ADP-ribose) glycohydrolase / negative regulation of necroptotic process / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / site of DNA damage ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Ariza, A.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Mechanistic insights into the three steps of poly(ADP-ribosylation) reversal.
著者: Rack, J.G.M. / Liu, Q. / Zorzini, V. / Voorneveld, J. / Ariza, A. / Honarmand Ebrahimi, K. / Reber, J.M. / Krassnig, S.C. / Ahel, D. / van der Marel, G.A. / Mangerich, A. / McCullagh, J.S.O. ...

履歴

登録	2020年10月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年10月6日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / diffrn_source / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7aks.cif.gz	529.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7aks.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7aks.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7aks_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7aks_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	7aks_validation.xml.gz	58.6 KB	表示
CIF形式データ	7aks_validation.cif.gz	83.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/7aks ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/7aks	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7akrC 7aqmC 7arwC 6d36S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7arw-1 6d3a-4 5ocr-4 3l0z-1 4brs-2 6d36-4 6d3a-2 7akr-2 5ocr-2 7aks-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: ADP-ribose glycohydrolase ARH3

BaB: modified peptide

CCC: ADP-ribose glycohydrolase ARH3

DaD: modified peptide

EEE: ADP-ribose glycohydrolase ARH3

FaF: modified peptide

GGG: ADP-ribose glycohydrolase ARH3

HaH: modified peptide

ヘテロ分子

161 kDa, 8 ポリマー
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1

AAA: ADP-ribose glycohydrolase ARH3

BaB: modified peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
40 kDa, 2 ポリマー
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2

CCC: ADP-ribose glycohydrolase ARH3

DaD: modified peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.4 kDa, 2 ポリマー
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3

EEE: ADP-ribose glycohydrolase ARH3

FaF: modified peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.3 kDa, 2 ポリマー
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4

GGG: ADP-ribose glycohydrolase ARH3

HaH: modified peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	123.360, 158.638, 74.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	CCC
3	2	AAA
4	2	EEE
5	3	AAA
6	3	GGG
7	4	CCC
8	4	EEE
9	5	CCC
10	5	GGG
11	6	EEE
12	6	GGG

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Auth seq-ID: 18 - 361 / Label seq-ID: 4 - 347

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	1	AAA	A
2	2	1	CCC	C
3	3	2	AAA	A
4	4	2	EEE	E
5	5	3	AAA	A
6	6	3	GGG	G
7	7	4	CCC	C
8	8	4	EEE	E
9	9	5	CCC	C
10	10	5	GGG	G
11	11	6	EEE	E
12	12	6	GGG	G

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 AAACCCEEEGGGBaBDaDFaFHaH

#1: タンパク質	ADP-ribose glycohydrolase ARH3 / ADP-ribosylhydrolase 3 / O-acetyl-ADP-ribose deacetylase ARH3 / Poly(ADP-ribose) glycohydrolase ...ADP-ribosylhydrolase 3 / O-acetyl-ADP-ribose deacetylase ARH3 / Poly(ADP-ribose) glycohydrolase ARH3 / [Protein ADP-ribosylarginine] hydrolase-like protein 2 / [Protein ADP-ribosylserine] hydrolase 分子量: 37796.262 Da / 分子数: 4 / 変異: E41A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADPRS, ADPRHL2, ARH3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9NX46, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用, poly(ADP-ribose) glycohydrolase, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N- ...参照: UniProt: Q9NX46, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用, poly(ADP-ribose) glycohydrolase, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
#2: タンパク質・ペプチド	modified peptide 分子量: 1096.299 Da / 分子数: 4 / 変異: E41A / 由来タイプ: 合成詳細: chemically sinthesised peptide with ADP-ribosylated serine 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) 参照: 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用, poly(ADP-ribose) glycohydrolase, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N- ...参照: 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用, poly(ADP-ribose) glycohydrolase, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素

#1: タンパク質

ADP-ribose glycohydrolase ARH3 / ADP-ribosylhydrolase 3 / O-acetyl-ADP-ribose deacetylase ARH3 / Poly(ADP-ribose) glycohydrolase ...

分子量: 37796.262 Da / 分子数: 4 / 変異: E41A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADPRS, ADPRHL2, ARH3 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NX46, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用, poly(ADP-ribose) glycohydrolase, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N- ...

#2: タンパク質・ペプチド

modified peptide

分子量: 1096.299 Da / 分子数: 4 / 変異: E41A / 由来タイプ: 合成
詳細: chemically sinthesised peptide with ADP-ribosylated serine
由来: (合成)

Homo sapiens (ヒト)
参照: 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用, poly(ADP-ribose) glycohydrolase, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N- ...

-
非ポリマー , 5種, 818分子

#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	... ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 化合物	ChemComp-AR6 / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL [HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE / Adenosine-5-Diphosphoribose 分子量: 559.316 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₅O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 758 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.91 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: sodium citrate (pH 6.1), 18% (w/v) PEG4000 and 400 mM ammonium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96863 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.86→158.62 Å / Num. obs: 124986 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 21.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.167 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.171 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 1.86→1.9 Å / 冗長度: 11.5 % / R_merge(I) obs: 1.824 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 5897 / CC_1/2: 0.542 / R_pim(I) all: 0.532 / R_rim(I) all: 1.905 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6D36

6d36

解像度: 1.86→97.572 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 7.175 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.115 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1946	6145	4.917 %
R_work	0.1685	118841	-
all	0.17	-	-
obs	-	124986	99.205 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.039 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.194 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.37 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.564 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→97.572 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10274	0	377	758	11409

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	11119
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	10363
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.56	1.647	14971
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.464	1.584	23856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.639	5	1415
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.599	22.154	571
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.323	15	1804
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.571	15	75
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	1416
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	12684
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2514
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	2581
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.18	0.2	9288
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	5435
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	4603
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	644
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.102	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.268	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.227	0.2	94
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.109	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.687	2.377	5526
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.683	2.376	5525
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.662	3.528	6869
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.662	3.528	6870
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.288	2.725	5593
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.288	2.725	5594
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.692	3.988	8068
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.692	3.988	8069
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.059	28.78	12810
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.054	28.777	12810
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.093	0.05	10625
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.089	0.05	10516
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.067	0.05	10831
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.074	0.05	10893
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.091	0.05	10958
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.094	0.05	10819

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09325	0.05007
1	2	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09325	0.05007
2	3	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08855	0.05007
2	4	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08855	0.05007
3	5	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06706	0.05008
3	6	GGG	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06706	0.05008
4	7	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07379	0.05008
4	8	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07379	0.05008
5	9	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09065	0.05007
5	10	GGG	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09065	0.05007
6	11	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09434	0.05007
6	12	GGG	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09434	0.05007

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.86-1.897	0.335	451	0.317	7974	X-RAY DIFFRACTION	91.1796
1.897-1.949	0.294	463	0.294	8328	X-RAY DIFFRACTION	98.2125
1.949-2.006	0.27	435	0.253	8308	X-RAY DIFFRACTION	99.9657
2.006-2.068	0.26	413	0.232	8068	X-RAY DIFFRACTION	99.9882
2.068-2.135	0.207	421	0.194	7837	X-RAY DIFFRACTION	99.9395
2.135-2.21	0.197	394	0.176	7591	X-RAY DIFFRACTION	99.9249
2.21-2.294	0.199	367	0.16	7314	X-RAY DIFFRACTION	99.974
2.294-2.387	0.19	329	0.148	7103	X-RAY DIFFRACTION	99.9596
2.387-2.494	0.174	332	0.14	6816	X-RAY DIFFRACTION	99.986
2.494-2.615	0.156	328	0.136	6490	X-RAY DIFFRACTION	99.9707
2.615-2.757	0.157	290	0.138	6208	X-RAY DIFFRACTION	99.9846
2.757-2.924	0.17	301	0.14	5844	X-RAY DIFFRACTION	100
2.924-3.125	0.179	299	0.147	5524	X-RAY DIFFRACTION	99.9828
3.125-3.376	0.164	269	0.149	5146	X-RAY DIFFRACTION	100
3.376-3.698	0.186	256	0.157	4754	X-RAY DIFFRACTION	100
3.698-4.134	0.173	217	0.145	4330	X-RAY DIFFRACTION	100
4.134-4.772	0.181	200	0.139	3838	X-RAY DIFFRACTION	100
4.772-5.843	0.2	174	0.179	3269	X-RAY DIFFRACTION	100
5.843-8.253	0.209	129	0.199	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
8.253-97.572	0.19	77	0.187	1515	X-RAY DIFFRACTION	99.8745

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7166	-0.1095	0.2779	0.1746	-0.0553	0.6869	0.0837	-0.0854	-0.0137	-0.0661	0.0191	-0.0245	0.047	-0.0979	-0.1028	0.0691	0.0122	-0.0103	0.0329	0.0021	0.0282	-62.7499	35.8337	9.3005
2	0.3315	-0.3696	-0.854	1.0005	0.2457	3.0655	0.0959	0.0331	0.0435	0.0097	-0.0631	-0.1327	-0.3771	-0.0554	-0.0328	0.0881	0.0284	-0.0275	0.0348	0.0024	0.0404	-57.6066	46.0544	19.4255
3	0.5557	-0.2153	0.0761	0.2589	-0.011	0.1847	-0.009	0.034	-0.0118	0.0536	0.0163	-0.0313	-0.0242	-0.0195	-0.0072	0.0536	0.0141	-0.0145	0.0118	-0.0035	0.0316	-60.3948	48.6645	42.146
4	0.051	-0.0017	-0.196	0.0469	0.2392	1.9152	0.0339	0.0518	-0.0365	0.0609	0.0731	-0.057	0.309	0.0137	-0.107	0.1034	0.0599	-0.0593	0.0934	-0.085	0.114	-61.8594	36.8573	32.4713
5	0.1894	-0.1095	0.0484	0.5494	-0.034	0.3843	0.0355	-0.0084	0.0368	-0.0489	0.0131	-0.0202	0.0537	-0.0035	-0.0485	0.0454	0.0187	-0.0016	0.0203	0.0053	0.026	-26.7204	2.144	8.1425
6	0.0609	0.0392	0.4274	0.1408	0.0342	3.5099	0.0383	-0.0322	0.0156	0.0996	0.0614	0.1143	-0.041	-0.3466	-0.0997	0.0721	0.0348	0.0854	0.0649	0.0393	0.1065	-37.5504	4.4958	18.2071
7	0.2263	0.0218	0.0467	0.6443	-0.1702	0.5114	0.0024	-0.031	0.0084	-0.0309	0.0815	0.0129	0.0483	-0.0613	-0.0839	0.0237	0.0014	-0.005	0.0389	0.0206	0.0258	-39.6447	3.2723	41.2169
8	0.4992	-0.4373	0.1572	0.4468	-0.0009	0.345	0.0412	-0.0427	0.0686	-0.074	0.0538	-0.1141	-0.0622	0.0414	-0.0949	0.0612	-0.0125	0.0237	0.0768	-0.0032	0.0654	-29.4407	5.3996	30.8509

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	18 - 361
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AaA	401
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AbA	402
4	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AcA	403
5	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AdA	404
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8	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AgA	407
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14	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	4 - -10000
15	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BaB	5 - 11
16	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BbB	101
17	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BcB	201 - 208
18	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CCC	18 - 361
19	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CaC	401
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23	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CeC	405
24	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CfC	406
25	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CgC	407
26	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	ChC	408
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29	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CkC	411
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31	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CmC	413
32	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CnC	414
33	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CoC	415
34	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CpC	416
35	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CqC	417
36	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CrC	501 - 709
37	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DDD	4 - -10000
38	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DaD	5 - 11
39	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DbD	101
40	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DcD	201 - 209
41	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	EEE	18 - 362
42	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	EaE	401
43	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	EbE	402
44	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	EcE	403
45	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	EdE	404
46	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	EeE	405
47	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	EfE	406
48	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	EgE	407
49	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	EhE	408
50	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	EiE	409
51	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	EjE	410
52	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	EkE	411
53	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	ElE	412
54	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	EmE	413
55	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	EnE	414
56	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	EoE	415
57	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	EpE	416
58	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	EqE	501 - 697
59	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	FFF	4 - -10000
60	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	FaF	5 - 10
61	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	FbF	101
62	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	FcF	201 - 207
63	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	GGG	18 - 361
64	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	GaG	401
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68	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	GeG	405
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72	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	GiG	409
73	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	GjG	410
74	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	GkG	411
75	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	GlG	412
76	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	GmG	501 - 679
77	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	HHH	4 - -10000
78	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	HaH	5 - 10
79	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	HbH	101
80	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	HcH	201 - 208

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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