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- PDB-7akp: Crystal structure of E. coli RNA helicase HrpA-D305A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7akp
タイトルCrystal structure of E. coli RNA helicase HrpA-D305A
要素ATP-dependent RNA helicase HrpA
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA helicase / NTPase / bacterial helicase / DExH-box
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleic acid binding / RNA helicase activity / RNA helicase / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
RNA helicase HrpA / RNA helicase HrpA, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3418) / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation ...RNA helicase HrpA / RNA helicase HrpA, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3418) / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent RNA helicase HrpA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Grass, L.M. / Wollenhaupt, J. / Barthel, T. / Loll, B. / Wahl, M.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Large-scale ratcheting in a bacterial DEAH/RHA-type RNA helicase that modulates antibiotics susceptibility.
著者: Grass, L.M. / Wollenhaupt, J. / Barthel, T. / Parfentev, I. / Urlaub, H. / Loll, B. / Klauck, E. / Antelmann, H. / Wahl, M.C.
履歴
登録2020年10月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年8月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent RNA helicase HrpA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,7861
ポリマ－89,7861
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area35670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.894, 114.902, 94.614
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.937, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase HrpA / ATP-dependent RNA helicase HrpB / ATP-dependent helicase / ATP-dependent helicase HrpA / Putative ...ATP-dependent RNA helicase HrpB / ATP-dependent helicase / ATP-dependent helicase HrpA / Putative ATP-dependent helicase


分子量: 89785.781 Da / 分子数: 1 / 変異: D305A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: hrpA, hrpB_2, ACU57_01855, AUQ13_00250, BANRA_00811, BANRA_04135, BMA87_16915, BUE81_10335, BvCms2454_02596, BvCmsHHP001_04653, C5N07_19950, C9Z39_02430, CA593_20890, CI694_27345, CIG45_ ...遺伝子: hrpA, hrpB_2, ACU57_01855, AUQ13_00250, BANRA_00811, BANRA_04135, BMA87_16915, BUE81_10335, BvCms2454_02596, BvCmsHHP001_04653, C5N07_19950, C9Z39_02430, CA593_20890, CI694_27345, CIG45_23500, D0X26_25730, D3821_04265, D9G69_18360, D9J52_23225, DBQ99_13815, DJ503_20330, DL326_20175, DT034_20065, E2119_23590, E4K55_22820, E4K60_22175, E4K61_19375, EA213_21160, EC3234A_28c00370, EC3426_02431, EEP23_09730, EI021_18420, EI028_21745, EI041_18575, ELT20_16685, EPT01_12920, EYD11_11805, FV293_21585, GHR40_16525, GKF86_19260, GKF89_18325, GP689_04140, GQM17_20230, NCTC12650_02980, NCTC9062_00712, PGD_01858, RK56_010590, SAMEA3472080_03366, SAMEA3752559_04937, SK85_01607
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A024L2B5, RNA helicase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.95 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 7 % PEG 3350, 0.05 M HEPES, pH 7, 0.1 M potassium chloride, 0.01 M magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→48.81 Å / Num. obs: 25697 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.987 / Net I/σ(I): 7.27
反射 シェル解像度: 2.59→2.75 Å / Num. unique obs: 4048 / CC1/2: 0.333

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ZWX

6zwx


解像度: 2.59→48.81 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 165.93 / 位相誤差: 39.6277
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2392 1292 5.03 %
Rwork0.2109 24404 -
obs0.2195 25696 99.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 70.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→48.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5800 0 0 0 5800
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00345902
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.61497969
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0414893
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00491039
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.23842286
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.59-2.70.32431390.3122653X-RAY DIFFRACTION91.29
2.7-2.820.32431410.29452672X-RAY DIFFRACTION94.32
2.82-2.970.32031420.29232704X-RAY DIFFRACTION94.41
2.97-3.160.2831420.27092700X-RAY DIFFRACTION94.6
3.16-3.40.28841440.25962723X-RAY DIFFRACTION94.71
3.4-3.740.27431420.22912698X-RAY DIFFRACTION94.83
3.74-4.280.2171440.19732744X-RAY DIFFRACTION94.85
4.28-5.40.19761440.16972734X-RAY DIFFRACTION94.86
5.4-48.810.22291470.18582783X-RAY DIFFRACTION94.92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.01388603891010.0124437356990.00403071651370.01941368984990.006534718262310.002988255637040.0001567021763-0.00476989197259-0.005464187836880.00697724914171-0.00249062891237-0.02715330734120.02236979240280.006046686391210.0108875471290.4062399206660.0203778684897-0.05154819809460.122051409978-0.03355658884190.476591075391-5.26064733425-0.19128085054860.2334173183
20.0107573761203-0.005742174771260.005147674034610.00715752487922-0.0006880890627140.003214611367140.00971313025967-0.00111528882230.000157943771814-0.00508974580783-0.005265511839320.004503721250340.03834772422680.005040202330530.01650939466320.4340111269770.0358385036999-0.08428269515060.138280576040.005873768097920.516491753105-9.2992339517412.579890604531.9327739574
30.01427347299090.00014152082189-0.001032049580340.0195045889055-0.005502751721090.0178925201831-0.01203627765620.003429935772480.0310616612437-0.00577947035637-0.000191922894817-0.0125094837049-0.00311130054550.00376684243211-0.03397871265730.3626043248960.0257874313873-0.1313518378190.1343134301060.01120749951650.4974057868985.61077787126-11.795864109513.5175889785
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 7 through 229 )7 - 2291 - 220
22chain 'A' and (resid 230 through 471 )230 - 471221 - 448
33chain 'A' and (resid 472 through 751 )472 - 751449 - 723

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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