+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7akf | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of DYRK2 in complex with compound 50 | ||||||
要素 | Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / PHOSPHOPROTEIN / KINASE SELECTIVITY / SBDD / SMALL MOLECULE INHIBITOR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dual-specificity kinase / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / smoothened signaling pathway / positive regulation of glycogen biosynthetic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / ubiquitin ligase complex / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / regulation of signal transduction by p53 class mediator / manganese ion binding / protein tyrosine kinase activity ...dual-specificity kinase / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / smoothened signaling pathway / positive regulation of glycogen biosynthetic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / ubiquitin ligase complex / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / regulation of signal transduction by p53 class mediator / manganese ion binding / protein tyrosine kinase activity / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / cytoskeleton / ribonucleoprotein complex / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / magnesium ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Dokurno, P. / Surgenor, A.E. / Kotschy, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021 タイトル: Structure-Guided Discovery of Potent and Selective DYRK1A Inhibitors. 著者: Weber, C. / Sipos, M. / Paczal, A. / Balint, B. / Kun, V. / Foloppe, N. / Dokurno, P. / Massey, A.J. / Walmsley, D.L. / Hubbard, R.E. / Murray, J. / Benwell, K. / Edmonds, T. / Demarles, D. / ...著者: Weber, C. / Sipos, M. / Paczal, A. / Balint, B. / Kun, V. / Foloppe, N. / Dokurno, P. / Massey, A.J. / Walmsley, D.L. / Hubbard, R.E. / Murray, J. / Benwell, K. / Edmonds, T. / Demarles, D. / Bruno, A. / Burbridge, M. / Cruzalegui, F. / Kotschy, A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7akf.cif.gz | 99.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7akf.ent.gz | 72.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7akf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7akf_validation.pdf.gz | 680.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7akf_full_validation.pdf.gz | 683.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7akf_validation.xml.gz | 17.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7akf_validation.cif.gz | 24 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/7akf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/7akf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7aj2C 7aj4C 7aj5C 7aj7C 7aj8C 7ajaC 7ajmC 7ajsC 7ajvC 7ajwC 7ajyC 7ak2C 7akaC 7akbC 7akeC 7akhC 7aklC 3k2lS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49600.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYRK2 / 細胞株 (発現宿主): pLysS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92630, dual-specificity kinase |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-RK5 / |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.89 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25% PEG 4000, 0.1M TRIS buffer pH 8.5, 0.1M Li sulphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 16769 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.169 / Net I/σ(I): 11.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1622 / % possible all: 97.5 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
---|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3k2l 解像度: 2.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 13.042 / SU ML: 0.258 / SU R Cruickshank DPI: 0.5586 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.559 / ESU R Free: 0.315 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 139.45 Å2 / Biso mean: 46.712 Å2 / Biso min: 22.32 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.6→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.601→2.739 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
|