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万見
- PDB-7ahl: ALPHA-HEMOLYSIN FROM STAPHYLOCOCCUS AUREUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ahl
タイトルALPHA-HEMOLYSIN FROM STAPHYLOCOCCUS AUREUS
要素ALPHA-HEMOLYSIN
キーワードCYTOLYTIC PROTEIN / HEMOLYSIN / TRANSMEMBRANE PORE
機能・相同性
機能・相同性情報


cytolysis in another organism / The NLRP3 inflammasome / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / toxin activity / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Aerolysin/haemolysin toxin, conserved site / Aerolysin type toxins signature. / Leukocidin/porin MspA / Leukocidin-like / Bi-component toxin, staphylococci / Leukocidin/Hemolysin toxin / Leukocidin/Hemolysin toxin family / Leukocidin/porin MspA superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Song, L. / Hobaugh, M. / Shustak, C. / Cheley, S. / Bayley, H. / Gouaux, J.E.
引用ジャーナル: Science / 年: 1996
タイトル: Structure of staphylococcal alpha-hemolysin, a heptameric transmembrane pore.
著者: Song, L. / Hobaugh, M.R. / Shustak, C. / Cheley, S. / Bayley, H. / Gouaux, J.E.
履歴
登録1996年12月2日処理サイト: BNL
改定 1.01998年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-HEMOLYSIN
B: ALPHA-HEMOLYSIN
C: ALPHA-HEMOLYSIN
D: ALPHA-HEMOLYSIN
E: ALPHA-HEMOLYSIN
F: ALPHA-HEMOLYSIN
G: ALPHA-HEMOLYSIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,0307
ポリマ－233,0307
非ポリマー00
水14,736818
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area41760 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area77110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.920, 136.760, 135.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.811688, -0.551879, 0.191292), (0.553101, 0.620971, -0.555404), (0.187729, 0.556619, 0.80928)19.62856, 8.32588, -19.24739
2given(0.370456, -0.699489, 0.611128), (0.690282, -0.232913, -0.685027), (0.621508, 0.675623, 0.396561)28.3028, 35.04865, -27.23743
3given(0.024331, -0.312771, 0.949517), (0.303417, -0.902685, -0.305119), (0.952547, 0.295524, 0.072937)18.74453, 60.15796, -17.69782
4given(0.025512, 0.312117, 0.949701), (-0.306431, -0.901836, 0.304618), (0.951551, -0.29879, 0.072635)-1.96817, 64.90733, 1.58792
5given(0.369966, 0.694372, 0.61723), (-0.702495, -0.22568, 0.674958), (0.607968, -0.683313, 0.404299)-17.32038, 46.65657, 17.44141
6given(0.803522, 0.561641, 0.197263), (-0.566043, 0.618319, 0.545231), (0.184252, -0.549764, 0.814745)-16.74873, 17.72835, 16.68814

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要素

#1: タンパク質
ALPHA-HEMOLYSIN / ALPHATOXIN


分子量: 33290.000 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: WOOD46 / 参照: UniProt: P09616
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 818 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化pH: 6
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY MIXING EQUAL VOLUMES OF A PROTEIN SOLUTION OF 8 MG/ML PROTEIN, 25 MM BETA-OG, 10 MM TRIS AT PH 8.5 AND A PRECIPITANT SOLUTION OF 2.5 M (NH4)2SO4, 0.25% PEG 5K ...詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY MIXING EQUAL VOLUMES OF A PROTEIN SOLUTION OF 8 MG/ML PROTEIN, 25 MM BETA-OG, 10 MM TRIS AT PH 8.5 AND A PRECIPITANT SOLUTION OF 2.5 M (NH4)2SO4, 0.25% PEG 5K MONOMETHYL ETHER AND 75MM SODIUM CACODYLATE, PH 6.0.
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID一般名Crystal-IDSol-ID
1n-octyl-beta-glucoside11
2ammonium sulfate11
3mPEG500011

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年8月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→15 Å / Num. obs: 206863 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 1.89→2 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.349 / % possible all: 94.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 2924665
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
bioteXデータ削減
bioteXデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.89→8 Å / σ(F): 2
Rfactor%反射Selection details
Rfree0.257 10 %RANDOM
Rwork0.199 --
obs0.199 93.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16389 0 0 818 17207
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.66
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 198341
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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