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- PDB-7ahf: Dimeric structure of the catalytic domain of the human ubiquitin-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ahf
タイトルDimeric structure of the catalytic domain of the human ubiquitin-conjugating enzyme UBE2S L114E varaiant
要素Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S
キーワードTRANSFERASE / E2 / UBE2S / dimer / cell cycle
機能・相同性
機能・相同性情報


protein K27-linked ubiquitination / protein K29-linked ubiquitination / free ubiquitin chain polymerization / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / anaphase-promoting complex / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Phosphorylation of the APC/C ...protein K27-linked ubiquitination / protein K29-linked ubiquitination / free ubiquitin chain polymerization / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / anaphase-promoting complex / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Phosphorylation of the APC/C / anaphase-promoting complex binding / protein K6-linked ubiquitination / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / protein K11-linked ubiquitination / exit from mitosis / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / Transcriptional Regulation by VENTX / protein K63-linked ubiquitination / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Assembly of the pre-replicative complex / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / protein modification process / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / Separation of Sister Chromatids / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / cell division / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like ...: / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Liess, A.K.L. / Feiler, C.G. / Lorenz, S.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)Emmy Noether LO 2003/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural analyses of the ubiquitin-conjugating enzyme UBE2S in different crystal forms
著者: Liess, A.K.L. / Feiler, C.G. / Lorenz, S.
履歴
登録2020年9月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S
A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1507
ポリマ－34,8102
非ポリマー3405
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2980 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area14360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.317, 48.411, 70.127
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.070, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S / E2 ubiquitin-conjugating enzyme S / E2-EPF / Ubiquitin carrier protein S / Ubiquitin-conjugating ...E2 ubiquitin-conjugating enzyme S / E2-EPF / Ubiquitin carrier protein S / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-24 kDa / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-EPF5 / Ubiquitin-protein ligase S


分子量: 17404.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2S, E2EPF, OK/SW-cl.73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16763, E2 ubiquitin-conjugating enzyme
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.33 M magnesium formate dihydrate, 15% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.148→43.322 Å / Num. obs: 15974 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 32.23 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0447 / Rpim(I) all: 0.0447 / Rrim(I) all: 0.06321 / Net I/σ(I): 11.83
反射 シェル解像度: 2.148→2.2828 Å / Rmerge(I) obs: 0.3028 / Mean I/σ(I) obs: 2.47 / Num. unique obs: 1561 / CC1/2: 0.841 / CC star: 0.956 / Rpim(I) all: 0.3028 / Rrim(I) all: 0.4282 / % possible all: 99.49

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1zdn

1zdn


解像度: 2.15→43.32 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 798 5 %
Rwork0.1911 15176 -
obs0.1936 15974 99.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 134.85 Å2 / Biso mean: 50.1927 Å2 / Biso min: 20.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→43.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2336 0 22 79 2437
Biso mean--52.06 47.09 -
残基数----297
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.15-2.280.30261310.23162489262098
2.28-2.460.27941310.215425122643100
2.46-2.710.25391320.205325132645100
2.71-3.10.24971330.196125262659100
3.1-3.90.22531340.170225492683100
3.9-43.320.21761370.1862587272499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.55260.1671-1.48026.4521-3.23532.60790.1547-0.81440.07340.00360.45150.90521.49140.0832-0.4850.68650.06090.06130.5020.08670.7084-9.1668-10.6437-10.4287
23.8212-0.62430.44516.3794-2.38646.6250.01150.1548-0.7497-0.1086-0.0009-0.050.76570.1671-0.10360.28380.00820.06150.2197-0.05880.3093-4.95711.9101-19.6287
33.39020.7927-0.25193.6518-1.31123.9065-0.1146-0.4198-0.11280.34260.14040.2680.0313-0.229-0.03380.2380.03060.06510.23540.00650.218-9.49028.5498-10.4364
47.0744-3.6267-0.87025.6667-0.10037.15050.26430.44390.97170.3084-0.2021-0.3375-1.28350.1845-0.08250.3993-0.0340.05260.27150.09580.3555-4.563823.746-21.3199
57.2824-3.67013.53385.0652-6.6619.0421-0.041-0.22920.6322-0.60310.2702-0.26330.15580.1333-0.20550.39960.01560.01710.2962-0.08460.3352-26.803110.831-41.874
62.9551-0.7381-0.56533.90980.1286.65890.00070.33860.096-0.37040.0102-0.0620.1094-0.03950.01280.163-0.03460.00150.22110.02250.2213-30.688111.2275-24.8874
73.58132.54772.3525.05012.10241.6026-0.5771-0.06860.5597-0.29420.2868-0.831-0.29551.33610.36520.5911-0.06130.09990.6630.13730.8483-19.249721.5375-29.1662
84.5726-0.0544-2.1193.34010.50427.6960.0991-0.09860.4738-0.23090.0821-0.2064-0.62330.0939-0.19960.1975-0.0097-0.02940.1711-0.01760.238-24.18516.7222-15.2268
95.9625.93215.97345.91545.91725.9663-0.0027-0.2446-0.17290.64720.13370.12390.7105-0.07060.07410.32550.02480.02620.3369-0.02410.2813-32.06559.0129-5.962
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 9 through 25 )B9 - 25
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 26 through 65 )B26 - 65
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 66 through 130 )B66 - 130
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 131 through 156 )B131 - 156
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 8 through 25 )A8 - 25
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 26 through 96 )A26 - 96
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 97 through 108 )A97 - 108
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 109 through 140 )A109 - 140
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 141 through 156 )A141 - 156

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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