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- PDB-7ah1: L19 diabody fragment from immunocytokine L19-IL2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ah1
タイトルL19 diabody fragment from immunocytokine L19-IL2
要素Anti-(ED-B) scFV
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunocytokine / protein engineering / cancer therapeutics
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / blood microparticle / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ongaro, T. / Guarino, S.R. / Scietti, L. / Palamini, M. / Wulhfard, S. / Villa, A. / Neri, D. / Forneris, F.
資金援助 イタリア, 2件
組織認可番号国
Italian Association for Cancer ResearchMFAG 20075 イタリア
Italian Ministry of EducationDipartimenti di Eccellenza 2018-2022 イタリア
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2021
タイトル: Inference of molecular structure for characterization and improvement of clinical grade immunocytokines.
著者: Ongaro, T. / Guarino, S.R. / Scietti, L. / Palamini, M. / Wulhfard, S. / Neri, D. / Villa, A. / Forneris, F.
履歴
登録2020年9月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anti-(ED-B) scFV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1411
ポリマ－26,1411
非ポリマー00
水3,981221
1
A: Anti-(ED-B) scFV

A: Anti-(ED-B) scFV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2822
ポリマ－52,2822
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area3580 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.810, 91.138, 99.779
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-440-

HOH

21A-518-

HOH

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要素

#1: 抗体 Anti-(ED-B) scFV


分子量: 26140.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO-S
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: A2KBC1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 10 mg/ml in 100 mM HEPES/NaOH, 10% PEG 6000, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→42.5 Å / Num. obs: 17195 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rpim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 1.163 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1241 / CC1/2: 0.705 / Rpim(I) all: 0.827 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GS1

5gs1


解像度: 2→41.45 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2204 -5 %
Rwork0.198 --
obs-17178 99.32 %
原子変位パラメータBiso mean: 33.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→41.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1725 0 0 221 1946
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00381791
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76682437
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0484265
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0039315
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0211070
LS精密化 シェル解像度: 2→2.072 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3895 -5 %
Rwork0.3081 3333 -
obs--99.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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