[日本語] English
万見
- PDB-7agz: BsrV no-histagged -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7agz
タイトルBsrV no-histagged
要素Broad specificity amino-acid racemase
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Broad spectrum / Racemase / peptidoglycan binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine racemase activity / ornithine racemase activity / arginine racemase activity / amino-acid racemase / lysine racemase activity / serine racemase activity / D-alanine biosynthetic process / alanine racemase activity / pyridoxal phosphate binding / periplasmic space / cytosol
類似検索 - 分子機能
Racemase Bsr/Lyr / Alanine racemase, pyridoxal-phosphate attachment site / Alanine racemase pyridoxal-phosphate attachment site. / Alanine racemase / Alanine racemase, C-terminal / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / Alanine racemase/group IV decarboxylase, C-terminal / PLP-binding barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Broad specificity amino-acid racemase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Carrasco-Lopez, C. / Rojas-Altuve, A. / Espaillat, A. / Cava, F. / Hermoso, J.A.
資金援助 スペイン, スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBFU2017-90030-P スペイン
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
引用ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2021
タイトル: Binding of non-canonical peptidoglycan controls Vibrio cholerae broad spectrum racemase activity.
著者: Espaillat, A. / Carrasco-Lopez, C. / Bernardo-Garcia, N. / Rojas-Altuve, A. / Klett, J. / Morreale, A. / Hermoso, J.A. / Cava, F.
履歴
登録2020年9月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Broad specificity amino-acid racemase
B: Broad specificity amino-acid racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,7778
ポリマ－85,0282
非ポリマー7496
水12,665703
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8710 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area27520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.030, 82.090, 160.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Broad specificity amino-acid racemase / Broad spectrum racemase


分子量: 42514.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (コレラ菌)
株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: bsrV, VC_1312 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KSE5, amino-acid racemase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 703 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.38 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.5, 0.2 M Sodium Iodide, and 24% (p/v) of PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.516→51.2 Å / Num. obs: 111214 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 14.34 Å2 / CC1/2: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.516→1.57 Å / Rmerge(I) obs: 0.562 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique obs: 10958 / CC1/2: 0.819 / Rpim(I) all: 0.205

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
Aimlessデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4beu

4beu


解像度: 1.52→51.2 Å / SU ML: 0.1523 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.9162
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2003 7979 7.18 %
Rwork0.1847 103073 -
obs0.1858 111052 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.52→51.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5904 0 44 703 6651
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01556114
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.56278299
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0983949
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01391084
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.93312269
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.52-1.530.2862300.27223407X-RAY DIFFRACTION99.59
1.53-1.550.30272730.26143381X-RAY DIFFRACTION99.73
1.55-1.570.31342680.25873367X-RAY DIFFRACTION99.86
1.57-1.590.27062610.25033430X-RAY DIFFRACTION99.76
1.59-1.610.26632400.24273407X-RAY DIFFRACTION99.78
1.61-1.630.28942620.23923406X-RAY DIFFRACTION99.81
1.63-1.660.27792780.23253353X-RAY DIFFRACTION99.78
1.66-1.680.25962610.22943440X-RAY DIFFRACTION99.81
1.68-1.710.24012550.22283388X-RAY DIFFRACTION99.81
1.71-1.740.21812550.21613416X-RAY DIFFRACTION99.81
1.74-1.770.28092570.22023409X-RAY DIFFRACTION99.78
1.77-1.80.22062710.20453410X-RAY DIFFRACTION99.81
1.8-1.830.22142140.20463428X-RAY DIFFRACTION99.89
1.83-1.870.23862420.20183455X-RAY DIFFRACTION99.86
1.87-1.910.23592550.19553429X-RAY DIFFRACTION99.84
1.91-1.950.22392480.19733425X-RAY DIFFRACTION99.78
1.95-20.2072770.18183447X-RAY DIFFRACTION99.81
2-2.060.1962740.18093391X-RAY DIFFRACTION99.92
2.06-2.120.19622810.17483386X-RAY DIFFRACTION99.81
2.12-2.190.18182750.17323432X-RAY DIFFRACTION99.81
2.19-2.260.18813040.17123394X-RAY DIFFRACTION99.92
2.26-2.350.19432690.18113442X-RAY DIFFRACTION99.92
2.35-2.460.19562640.18483454X-RAY DIFFRACTION99.92
2.46-2.590.19222760.17733443X-RAY DIFFRACTION99.84
2.59-2.750.17322900.17693421X-RAY DIFFRACTION99.89
2.75-2.970.1872640.17773491X-RAY DIFFRACTION99.89
2.97-3.270.18052710.17683484X-RAY DIFFRACTION99.84
3.27-3.740.18372860.15863485X-RAY DIFFRACTION99.68
3.74-4.710.16252990.14723530X-RAY DIFFRACTION99.87
4.71-51.20.18362790.18443722X-RAY DIFFRACTION99.83
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.84579389145-0.380535183802-0.2713651942870.2622459591740.06216266910461.60011176414-0.01598567107380.097703854357-0.119215002706-0.0547938987326-0.0168697102175-0.02500018261450.1974046635310.179035212930.01329588860780.1690548419020.0297716089320.01492421262760.0948785719555-0.006154644718910.14684335321813.132368209232.3476127455-7.850530818
21.67460512181-0.132801870164-0.564913988420.3209434282360.192355626871.2527770863-0.0343788399739-0.1965672400820.05436235151850.09877832494750.01136061289010.01740490760690.06411106136320.05005387920870.02715414864610.129029817487-0.001217265797620.006969999987890.0911015187294-0.0214941135140.1016594769934.31180725739.806143075213.4188160325
30.993919238006-0.2939800817840.06919905644690.60135795274-0.383872327911.64486776323-0.03543583169110.02732179671340.103279014944-0.0309555205207-0.0107250593592-0.0618511646674-0.001722351583560.06760391534260.03654254279630.0870444647061-0.005825357142970.008162943826030.07757398382280.002818670446210.098589801762710.496784668846.8339829911-27.8028939143
41.304190350610.0516429089558-0.726520725781.94531436950.2716469552942.20789135871-0.0284284570684-0.04119896453340.06635412243790.001184333834560.0588919688074-0.0842321049113-0.02473081502520.110090322609-0.01054307735370.088849392321-0.007042337454550.01078732084410.132815044378-0.01027215757330.09105621109549.852778009242.3266457657-11.0985361776
51.536796703710.1230521368180.6975808804070.7507905313750.1846102746711.590312459620.09685809507-0.148565178914-0.08460271793540.137802189437-0.020859797793-0.02289464756820.180064947038-0.2009507950720.2518620556730.13608972844-0.02328220296720.007500876868160.0863248890547-0.01307809580920.109808912907-14.995806098931.9803938617-14.9831227509
60.8881628688980.0644786985087-0.5743362809210.5887967274720.09157436068580.95079974211-0.03581128363480.0488864058555-0.0658644020746-0.0002236229358690.02937164074740.006072320140530.102441895471-0.0260068866332-0.001891364069170.1194675740180.003846597893-0.005939543939770.101949526621-0.01391029776790.115475700219-4.0853081846828.6678989189-32.3222776173
70.3370238369660.00218647666078-0.08455188291940.2024296104170.1335810989431.061034153960.005972777419830.04523557138760.0664389271507-0.00618387834349-0.009141561944160.0236818083727-0.0467644410445-0.0820302618584-0.02410647369520.09133088278040.01105377055420.01152997913490.0630042155587-0.001172460997750.123876301658-9.7761299522745.3183391157-21.2136446305
80.786049472637-0.0825771461362-0.3834562976140.141365026510.08010489514520.6420111173860.004178160222080.05706053854640.04085293617350.00745884551512-0.02102955962750.0924221233172-0.0169122625138-0.08013435731140.003222666925970.1277520494210.003978726642550.01188618348940.16058050962-0.0117989333850.142860586461-13.048487190740.9253743304-13.1472529791
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 24 through 62 )AA24 - 621 - 40
22chain 'A' and (resid 63 through 278 )AA63 - 27841 - 258
33chain 'A' and (resid 279 through 378 )AA279 - 378259 - 359
44chain 'A' and (resid 379 through 409 )AA379 - 409360 - 390
55chain 'B' and (resid 24 through 62 )BD24 - 621 - 40
66chain 'B' and (resid 63 through 165 )BD63 - 16541 - 144
77chain 'B' and (resid 166 through 378 )BD166 - 378145 - 358
88chain 'B' and (resid 379 through 411 )BD379 - 411359 - 392

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る