PDB-7agm: Crystal structure of the N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, Ami1,...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7agm

タイトル

Crystal structure of the N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, Ami1, from Mycobacterium smegmatis

要素

N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / amidase / peptidoglycan

機能・相同性

Ami_3 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase, catalytic domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / peptidoglycan catabolic process / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase

機能・相同性情報

生物種

Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Blaise, M. / Alsarraf, M.A.B.

引用

ジャーナル: Cells / 年: 2020
タイトル: Functional Characterization of the N -Acetylmuramyl-l-Alanine Amidase, Ami1, from Mycobacterium abscessus .
著者: Kussau, T. / Van Wyk, N. / Johansen, M.D. / Alsarraf, H.M.A.B. / Neyret, A. / Hamela, C. / Sorensen, K.K. / Thygesen, M.B. / Beauvineau, C. / Kremer, L. / Blaise, M.

履歴

登録	2020年9月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7agm.cif.gz	191.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7agm.ent.gz	128.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7agm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7agm_validation.pdf.gz	426.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7agm_full_validation.pdf.gz	426.8 KB	表示
XML形式データ	7agm_validation.xml.gz	21.4 KB	表示
CIF形式データ	7agm_validation.cif.gz	32.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/7agm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/7agm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7aglSC 7agoC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ol8-1 6gr0-2 4tze-1 1dfv-2 3be4-d 3cbc-3 7kpp-2 5zgp-1 4zhg-6 2x5n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase

B: N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase

ヘテロ分子

47.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
23.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.850, 68.840, 63.720
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.866, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase 分子量: 23682.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_6281 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: A0R5R2, N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 452 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.49 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 17% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→63.6 Å / Num. obs: 79198 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 15.45 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_rim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 1.35→1.39 Å / Num. unique obs: 8163 / CC_1/2: 0.6 / R_rim(I) all: 1.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7AGL

7agl

解像度: 1.35→46.75 Å / SU ML: 0.1696 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.2613
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1806	3960	5 %
R_work	0.1559	75214	-
obs	0.1571	79174	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→46.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3153	0	2	452	3607

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0046	3293
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7687	4488
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0692	489
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0056	619
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.8477	1220

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.35-1.37	0.3446	139	0.2944	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.37-1.38	0.3055	142	0.2854	2688	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.38-1.4	0.3182	140	0.2729	2665	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.4-1.42	0.2746	141	0.2555	2675	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.42-1.44	0.3058	142	0.2455	2694	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.44-1.46	0.2827	140	0.2337	2664	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.46-1.49	0.2865	140	0.2082	2664	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.49-1.51	0.2347	141	0.1952	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.51-1.54	0.2215	141	0.1967	2673	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.54-1.56	0.2401	142	0.1846	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.56-1.59	0.2192	142	0.1661	2692	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.59-1.63	0.199	139	0.1623	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.66	0.2164	141	0.1615	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.66-1.7	0.186	142	0.1558	2693	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.7-1.74	0.1935	141	0.1584	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.74-1.79	0.1984	141	0.155	2677	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.79-1.84	0.1825	141	0.1415	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.84-1.9	0.1928	142	0.1414	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.97	0.1997	141	0.148	2691	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.97-2.05	0.1627	141	0.1463	2678	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.05-2.14	0.1784	142	0.1446	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.26	0.1903	141	0.1446	2677	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.26-2.4	0.1773	142	0.1475	2690	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.4-2.58	0.1777	143	0.1516	2720	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.58-2.84	0.1809	141	0.1553	2684	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.84-3.25	0.1572	143	0.1544	2720	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.25-4.1	0.1549	143	0.1359	2709	X-RAY DIFFRACTION	99.89
4.1-46.75	0.1324	146	0.1358	2768	X-RAY DIFFRACTION	99.97

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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