PDB-7aey: Salmonella typhimurium neuraminidase in complex with isocarba-DANA.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7aey

タイトル

Salmonella typhimurium neuraminidase in complex with isocarba-DANA.

要素

Sialidase

キーワード

HYDROLASE / Salmonella typhimurium / enzyme / complex / isocarba-DANA / neuraminidase / sialidase / carbocyclic DANA analogue / DANA

機能・相同性

機能・相同性情報

ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.919 Å

データ登録者

Salinger, M.T. / Kuhn, P. / Laver, W.G. / Pape, T. / Schneider, T.R. / Sheldrick, G.M. / Vasella, A.T. / Vimr, E.R. / Vorwerk, S. / Garman, E.F.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Salmonella typhimurium neuraminidase in complex with isocarba-DANA.
著者: Garman, E.F. / Salinger, M.T. / Laver, W.G. / Kuhn, P. / Pape, T. / Schneider, T.R. / Sheldrick, G.M. / Vasella, A.T. / Vimr, E.R. / Vorwerk, S.

履歴

登録	2020年9月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7aey.cif.gz	334.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7aey.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7aey.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7aey_validation.pdf.gz	796.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7aey_full_validation.pdf.gz	805.7 KB	表示
XML形式データ	7aey_validation.xml.gz	25.6 KB	表示
CIF形式データ	7aey_validation.cif.gz	41.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/7aey ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/7aey	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3silS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ahf-2 4onz-d 2zc1-d 6h0a-d 6to0-1 2sil-d 6cba-d 5dxy-d 2sim-d 1wu6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (3) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Sialidase

ヘテロ分子

42.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.089, 81.375, 90.857
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Sialidase / N-acylneuraminate glycohydrolase / Neuraminidase / NANase / STNA 分子量: 41791.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: isocarba-DANA: isocarba-2-deoxy-2,3-dehydro-N-acetyl-neuraminic acid 由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌) 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: nanH, STM0928 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29768, exo-alpha-sialidase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-R8T / (3~{S},4~{S},5~{R})-4-acetamido-3-oxidanyl-5-[(1~{S},2~{R})-1,2,3-tris(oxidanyl)propyl]cyclohexane-1-carboxylic acid / isocarba-DANA 分子量: 291.298 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₁NO₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 654 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.94 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Crystals grown by hanging drop vapour diffusion. A 1:1 mixture of protein solution and an 8:4 mixture of K2HPO4 to KH2PO4 was placed above a well of an 8:6 solution of K2HPO4 to KH2PO4. Then ...詳細: Crystals grown by hanging drop vapour diffusion. A 1:1 mixture of protein solution and an 8:4 mixture of K2HPO4 to KH2PO4 was placed above a well of an 8:6 solution of K2HPO4 to KH2PO4. Then serially cryoprotected in situ to 40% glycerol (v/v with mother liquor) in 10% increments over a period of a few minutes. A 2.5mM solution of isocarba-DANA was then soaked into the resultant crystals for 90 minutes at a temperature of 293K.

結晶

マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.94 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Crystals grown by hanging drop vapour diffusion. A 1:1 mixture of protein solution and an 8:4 mixture of K2HPO4 to KH2PO4 was placed above a well of an 8:6 solution of K2HPO4 to KH2PO4. Then ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.79 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年2月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.79 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.918→24.325 Å / Num. obs: 236859 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.5 % / R_rim(I) all: 0.078 / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 19.78
反射シェル	解像度: 0.92→0.94 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / Num. unique obs: 28378 / R_rim(I) all: 0.511 / R_sym value: 0.393 / % possible all: 82

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3SIL

3sil

解像度: 0.919→24.321 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.988 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.983 / WR_factor R_free: 0.113 / WR_factor R_work: 0.097 / SU B: 0.389 / SU ML: 0.01 / Average fsc free: 0.9632 / Average fsc work: 0.9661 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.014 / ESU R Free: 0.015 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1151	11838	5 %
R_work	0.0988	224924	-
all	0.1	-	-
obs	-	236762	97.675 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.866 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.045 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.243 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.288 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.919→24.321 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2940	0	43	654	3637

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.013	3565
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	3261
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.346	1.648	4878
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.659	1.591	7668
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.386	5	467
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.391	23.146	178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.306	15	654
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.387	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.14	0.2	482
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	4147
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	743
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.313	0.2	725
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	3218
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	1649
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	1758
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.258	0.2	562
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.064	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.294	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.239	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.371	0.2	128
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.146	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.138	0.668	1748
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.139	0.667	1746
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.063	1.007	2255
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.062	1.007	2256
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.569	0.836	1817
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.562	0.834	1814
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.226	1.186	2623
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.209	1.182	2618
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.63	10.395	4371
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.173	9.022	4113
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.706	3	6826

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.919-0.942	0.314	750	0.315	13916	X-RAY DIFFRACTION	82.0751
0.942-0.968	0.275	832	0.251	15887	X-RAY DIFFRACTION	96.7423
0.968-0.996	0.185	765	0.162	15741	X-RAY DIFFRACTION	98.0457
0.996-1.027	0.136	810	0.126	15350	X-RAY DIFFRACTION	98.6569
1.027-1.061	0.118	784	0.103	14931	X-RAY DIFFRACTION	98.9734
1.061-1.098	0.101	798	0.089	14522	X-RAY DIFFRACTION	99.3708
1.098-1.139	0.095	816	0.078	13931	X-RAY DIFFRACTION	99.5612
1.139-1.186	0.089	681	0.074	13591	X-RAY DIFFRACTION	99.6718
1.186-1.239	0.087	698	0.072	12929	X-RAY DIFFRACTION	99.2426
1.239-1.299	0.094	656	0.072	12314	X-RAY DIFFRACTION	98.6912
1.299-1.369	0.092	569	0.069	11660	X-RAY DIFFRACTION	97.8868
1.369-1.452	0.088	545	0.068	11093	X-RAY DIFFRACTION	98.0125
1.452-1.553	0.092	553	0.067	10598	X-RAY DIFFRACTION	100
1.553-1.677	0.084	521	0.069	9917	X-RAY DIFFRACTION	100
1.677-1.837	0.095	476	0.076	9103	X-RAY DIFFRACTION	100
1.837-2.054	0.092	419	0.082	8317	X-RAY DIFFRACTION	99.9771
2.054-2.371	0.102	398	0.089	7333	X-RAY DIFFRACTION	100
2.371-2.903	0.128	349	0.107	6228	X-RAY DIFFRACTION	99.9544
2.903-4.104	0.124	271	0.106	4832	X-RAY DIFFRACTION	98.8762
4.104-24.321	0.161	147	0.156	2731	X-RAY DIFFRACTION	96.3509

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