PDB-7ae7: Structure of Sedimentibacter hydroxybenzoicus vanillic acid decar...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ae7

タイトル

Structure of Sedimentibacter hydroxybenzoicus vanillic acid decarboxylase (ShVdcCD) in open form, with truncated ShVdcD (V59X)

要素

Phenolic acid decarboxylase
Protein ShdD

キーワード

LYASE / Decarboxylase / Hetero-complex / UbiD

機能・相同性

機能・相同性情報

4-hydroxybenzoate decarboxylase / protocatechuate decarboxylase / 4-hydroxybenzoate decarboxylase activity / protocatechuate decarboxylase activity / : / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase activity / ferulate metabolic process / cinnamic acid catabolic process / ubiquinone biosynthetic process / response to toxic substance ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Sedimentibacter hydroxybenzoicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.66 Å

データ登録者

Marshall, S.A. / Leys, D.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Domain mobility and allosteric activation of UbiD decarboxylases
著者: Marshall, S.A. / Payne, K.A.P. / Leys, D.

履歴

登録	2020年9月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ae7.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ae7.ent.gz	993 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ae7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ae7_validation.pdf.gz	390.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ae7_full_validation.pdf.gz	420.9 KB	表示
XML形式データ	7ae7_validation.xml.gz	106.8 KB	表示
CIF形式データ	7ae7_validation.cif.gz	148.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/7ae7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/7ae7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ae4C 7ae5C 5m1cS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7ae5-d 2idb-1 5m1c-1 5m1d-1 5m1e-1 4b3k-d 5m1b-1 6pci-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phenolic acid decarboxylase

B: Phenolic acid decarboxylase

C: Phenolic acid decarboxylase

D: Phenolic acid decarboxylase

E: Phenolic acid decarboxylase

F: Phenolic acid decarboxylase

a: Protein ShdD

b: Protein ShdD

c: Protein ShdD

d: Protein ShdD

e: Protein ShdD

f: Protein ShdD

ヘテロ分子

365 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.553, 200.945, 201.991
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Phenolic acid decarboxylase / PAD / 3 / 4-dihydroxybenzoate decarboxylase / 4-dihydroxybenzoate DC / 4-hydroxybenzoate ...PAD / 3 / 4-dihydroxybenzoate decarboxylase / 4-dihydroxybenzoate DC / 4-hydroxybenzoate decarboxylase / 4-hydroxybenzoate DC / Phenolic acid decarboxylase subunit C 分子量: 54020.457 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sedimentibacter hydroxybenzoicus (バクテリア) 遺伝子: shdC, ohb1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9S4M7, protocatechuate decarboxylase, 4-hydroxybenzoate decarboxylase
#2: タンパク質	Protein ShdD / Phenolic acid decarboxylase subunit D / PAD 分子量: 6714.751 Da / 分子数: 6 / Mutation: V59X / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sedimentibacter hydroxybenzoicus (バクテリア) 遺伝子: shdD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4R102
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / Phenolic acid decarboxylase subunit D / PAD / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 536 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.13 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: JCSG-Plus B8 (0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris, pH7, 10% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.66→71.43 Å / Num. obs: 119314 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 21.5 % / B_iso Wilson estimate: 37.28 Å² / CC_1/2: 0.988 / Net I/σ(I): 8.25
反射シェル	解像度: 2.66→2.755 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.79 / Num. unique obs: 11673 / CC_1/2: 0.618

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5M1C

5m1c

解像度: 2.66→71.42 Å / SU ML: 0.3163 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 21.6923
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2268	5824	4.89 %
R_work	0.1799	113353	-
obs	0.1822	119177	99.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.66→71.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23802	0	11	536	24349

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	24386
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6622	33350
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	3807
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0056	4365
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.014	3366

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.66-2.69	0.3837	169	0.2885	3199	X-RAY DIFFRACTION	85.35
2.69-2.72	0.3256	184	0.2676	3780	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.75	0.2774	158	0.2408	3797	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.78	0.293	197	0.2276	3726	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.82	0.2783	176	0.2263	3813	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-2.86	0.2846	208	0.2246	3691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-2.9	0.2954	192	0.2278	3797	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-2.94	0.2837	191	0.2225	3728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-2.99	0.2497	196	0.2147	3779	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.04	0.2899	217	0.2114	3727	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.04-3.09	0.2844	197	0.2072	3784	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.15	0.2512	223	0.1907	3719	X-RAY DIFFRACTION	100
3.15-3.21	0.2454	210	0.1936	3749	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.27	0.2612	169	0.2006	3816	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.35	0.2416	163	0.1975	3772	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-3.42	0.2521	192	0.1931	3800	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.51	0.2362	214	0.1908	3773	X-RAY DIFFRACTION	100
3.51-3.6	0.2476	200	0.1848	3769	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6-3.71	0.2364	201	0.1769	3777	X-RAY DIFFRACTION	100
3.71-3.83	0.2037	177	0.1624	3810	X-RAY DIFFRACTION	100
3.83-3.97	0.209	217	0.1512	3779	X-RAY DIFFRACTION	100
3.97-4.12	0.1905	172	0.1439	3822	X-RAY DIFFRACTION	100
4.12-4.31	0.186	173	0.1385	3818	X-RAY DIFFRACTION	100
4.31-4.54	0.1782	214	0.1366	3792	X-RAY DIFFRACTION	100
4.54-4.82	0.1649	196	0.1424	3845	X-RAY DIFFRACTION	100
4.82-5.2	0.1972	185	0.1492	3829	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2-5.72	0.2232	223	0.1681	3833	X-RAY DIFFRACTION	100
5.72-6.55	0.2102	202	0.1786	3855	X-RAY DIFFRACTION	100
6.55-8.25	0.2064	196	0.1705	3923	X-RAY DIFFRACTION	100
8.25-71.42	0.172	212	0.1746	4051	X-RAY DIFFRACTION	98.98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -31.0540171644 Å / Origin y: 24.2582848945 Å / Origin z: -43.0570647466 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.186477443939 Å²	0.0337810866907 Å²	-0.0172817823457 Å²	-	0.201123063655 Å²	-0.0194749182089 Å²	-	-	0.187270162388 Å²
L	0.355693165841 °²	0.0202083998698 °²	0.0278461156091 °²	-	0.285728861586 °²	0.0123204134738 °²	-	-	0.355616280718 °²
S	0.0332653567817 Å °	0.0505335915716 Å °	-0.0351183566803 Å °	-0.0811406074911 Å °	-0.041502907031 Å °	-0.0359588190867 Å °	0.0638571831181 Å °	0.0733863075381 Å °	0.00870679340179 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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