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- PDB-7ae5: Structure of Sedimentibacter hydroxybenzoicus vanillic acid decar... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ae5 | ||||||
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Title | Structure of Sedimentibacter hydroxybenzoicus vanillic acid decarboxylase (ShVdcCD) in open form | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | LYASE / Decarboxylase / Hetero-complex / UbiD | ||||||
Function / homology | ![]() 4-hydroxybenzoate decarboxylase / protocatechuate decarboxylase / 4-hydroxybenzoate decarboxylase activity / protocatechuate decarboxylase activity / : / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase activity / ferulate metabolic process / cinnamic acid catabolic process / ubiquinone biosynthetic process / response to toxic substance ...4-hydroxybenzoate decarboxylase / protocatechuate decarboxylase / 4-hydroxybenzoate decarboxylase activity / protocatechuate decarboxylase activity / : / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase activity / ferulate metabolic process / cinnamic acid catabolic process / ubiquinone biosynthetic process / response to toxic substance / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Marshall, S.A. / Leys, D. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Domain mobility and allosteric activation of UbiD decarboxylases Authors: Marshall, S.A. / Payne, K.A.P. / Leys, D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.4 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 1 MB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 400.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 433.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 113 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 157.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7ae4C ![]() 7ae7C ![]() 5m1cS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 54020.457 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: shdC, ohb1 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q9S4M7, protocatechuate decarboxylase, 4-hydroxybenzoate decarboxylase #2: Protein | Mass: 7800.174 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: shdD / Production host: ![]() ![]() #3: Chemical | ChemComp-RB / #4: Chemical | ChemComp-ZN / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.8 Å3/Da / Density % sol: 56.12 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: Molecular Dimensions BCS H2: 0.1 M Hepes, pH 7.5, 30% v/v PEG Smear low |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 77 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 25, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9159 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.19→70.15 Å / Num. obs: 197121 / % possible obs: 97.03 % / Redundancy: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 43.17 Å2 / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.05937 / Rrim(I) all: 0.08396 / Net I/σ(I): 6.59 |
Reflection shell | Resolution: 2.19→2.268 Å / Redundancy: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.563 / Mean I/σ(I) obs: 1.42 / Num. unique obs: 19440 / CC1/2: 0.445 / Rrim(I) all: 0.7962 / % possible all: 95.74 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5M1C Resolution: 2.19→70.14 Å / SU ML: 0.3453 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 29.607 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 56.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.19→70.14 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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