[日本語] English
万見
- PDB-7ae4: Structure of Sedimentibacter hydroxybenzoicus vanillic acid decar... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ae4
タイトルStructure of Sedimentibacter hydroxybenzoicus vanillic acid decarboxylase (ShVdcCD) in closed form
要素
  • Phenolic acid decarboxylase
  • Protein ShdD
キーワードLYASE / Decarboxylase / Hetero-complex / UbiD
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxybenzoate decarboxylase / protocatechuate decarboxylase / 4-hydroxybenzoate decarboxylase activity / protocatechuate decarboxylase activity / ferulate metabolic process / cinnamic acid catabolic process / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase activity / ubiquinone biosynthetic process / : / response to toxic substance ...4-hydroxybenzoate decarboxylase / protocatechuate decarboxylase / 4-hydroxybenzoate decarboxylase activity / protocatechuate decarboxylase activity / ferulate metabolic process / cinnamic acid catabolic process / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase activity / ubiquinone biosynthetic process / : / response to toxic substance / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phenolic acid decarboxylase subunit C / : / : / : / : / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase N-terminal domain / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase C-terminal domain / UbiD decarboxylyase family / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase Rift-related domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Protein ShdD / Phenolic acid decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Sedimentibacter hydroxybenzoicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.31 Å
データ登録者Marshall, S.A. / Leys, D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Domain mobility and allosteric activation of UbiD decarboxylases
著者: Marshall, S.A. / Payne, K.A.P. / Leys, D.
履歴
登録2020年9月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Phenolic acid decarboxylase
B: Phenolic acid decarboxylase
C: Phenolic acid decarboxylase
D: Phenolic acid decarboxylase
E: Phenolic acid decarboxylase
F: Phenolic acid decarboxylase
a: Protein ShdD
b: Protein ShdD
c: Protein ShdD
d: Protein ShdD
e: Protein ShdD
f: Protein ShdD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)373,28858
ポリマ－370,92412
非ポリマー2,36446
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area58930 Å2
ΔGint-635 kcal/mol
Surface area103320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)270.920, 320.550, 326.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Space group name HallF22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x,y+1/2,z+1/2
#6: x,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x,y+1/2,-z+1/2
#8: -x,-y+1/2,z+1/2
#9: x+1/2,y,z+1/2
#10: x+1/2,-y,-z+1/2
#11: -x+1/2,y,-z+1/2
#12: -x+1/2,-y,z+1/2
#13: x+1/2,y+1/2,z
#14: x+1/2,-y+1/2,-z
#15: -x+1/2,y+1/2,-z
#16: -x+1/2,-y+1/2,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 3 through 6 or (resid 7...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 3 through 22 or (resid 23...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 3 through 24 or (resid 25...
d_4ens_1(chain "D" and ((resid 3 and (name N or name...
d_5ens_1(chain "E" and ((resid 3 and (name N or name...
d_6ens_1(chain "F" and ((resid 3 and (name N or name...
d_1ens_2chain "a"
d_2ens_2chain "b"
d_3ens_2chain "c"
d_4ens_2chain "d"
d_5ens_2chain "e"
d_6ens_2chain "f"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1LYSASNA2 - 476
d_21ens_1LYSASNC2 - 476
d_31ens_1LYSASND2 - 476
d_41ens_1LYSASNF2 - 476
d_51ens_1LYSASNH1 - 475
d_61ens_1LYSASNL2 - 476
d_11ens_2METLYSN1 - 67
d_21ens_2METLYSO1 - 67
d_31ens_2METLYSP1 - 67
d_41ens_2METLYSQ1 - 67
d_51ens_2METLYSR1 - 67
d_61ens_2METLYSS1 - 67

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 12分子 ABCDEFabcdef

#1: タンパク質
Phenolic acid decarboxylase / PAD / 3 / 4-dihydroxybenzoate decarboxylase / 4-dihydroxybenzoate DC / 4-hydroxybenzoate ...PAD / 3 / 4-dihydroxybenzoate decarboxylase / 4-dihydroxybenzoate DC / 4-hydroxybenzoate decarboxylase / 4-hydroxybenzoate DC / Phenolic acid decarboxylase subunit C


分子量: 54020.457 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sedimentibacter hydroxybenzoicus (バクテリア)
遺伝子: shdC, ohb1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9S4M7, protocatechuate decarboxylase, 4-hydroxybenzoate decarboxylase
#2: タンパク質
Protein ShdD / Phenolic acid decarboxylase subunit D / PAD


分子量: 7800.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sedimentibacter hydroxybenzoicus (バクテリア)
遺伝子: shdD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4R102

-
非ポリマー , 7種, 46分子

#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.23 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.2M Sodium chloride 0.1M Sodium/potassium phosphate (pH6.2) 50% (v/v) PEG 200

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.284 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.284 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.31→64.05 Å / Num. obs: 104765 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 126.16 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1062 / Rpim(I) all: 0.04155 / Rrim(I) all: 0.1141 / Net I/σ(I): 13.95
反射 シェル解像度: 3.31→3.428 Å / Rmerge(I) obs: 1.554 / Num. unique obs: 10415 / CC1/2: 0.511 / Rpim(I) all: 0.5936 / Rrim(I) all: 1.665

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5M1C

5m1c


解像度: 3.31→64.05 Å / SU ML: 0.3684 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.4013
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1977 5121 4.89 %
Rwork0.1628 99626 -
obs0.1645 104747 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 130.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.31→64.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25588 0 109 0 25697
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003726292
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.638935806
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04993961
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054692
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.52633526
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.548485430806
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.540530102697
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.400147493268
ens_1d_5AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.413610087983
ens_1d_6AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.456949887134
ens_2d_2aX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.309074123149
ens_2d_3aX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.271765656856
ens_2d_4aX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.290954423887
ens_2d_5aX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.292638677802
ens_2d_6aX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.243020599131
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.31-3.350.35391520.31633317X-RAY DIFFRACTION99.94
3.35-3.390.33381490.29773304X-RAY DIFFRACTION100
3.39-3.430.30851780.28573313X-RAY DIFFRACTION100
3.43-3.470.27871680.2593290X-RAY DIFFRACTION99.94
3.47-3.520.30641690.25233285X-RAY DIFFRACTION99.97
3.52-3.570.29421810.2523275X-RAY DIFFRACTION100
3.57-3.620.28051890.24133312X-RAY DIFFRACTION99.97
3.62-3.670.29811800.23793270X-RAY DIFFRACTION100
3.67-3.730.22771670.21183331X-RAY DIFFRACTION100
3.73-3.790.26681840.20263265X-RAY DIFFRACTION100
3.79-3.850.22341800.19383286X-RAY DIFFRACTION100
3.85-3.920.21361850.17073303X-RAY DIFFRACTION99.97
3.92-40.20991790.15593295X-RAY DIFFRACTION99.94
4-4.080.20161660.15463320X-RAY DIFFRACTION100
4.08-4.170.19521740.15433321X-RAY DIFFRACTION100
4.17-4.270.17971810.14583257X-RAY DIFFRACTION100
4.27-4.370.18951770.13043312X-RAY DIFFRACTION100
4.37-4.490.15451520.12873326X-RAY DIFFRACTION100
4.49-4.620.15221680.12193317X-RAY DIFFRACTION99.97
4.62-4.770.16151640.12563314X-RAY DIFFRACTION100
4.77-4.940.15871520.12593333X-RAY DIFFRACTION100
4.94-5.140.16241550.12643346X-RAY DIFFRACTION100
5.14-5.380.16131620.1393349X-RAY DIFFRACTION100
5.38-5.660.18171980.15193304X-RAY DIFFRACTION100
5.66-6.010.20441610.15493355X-RAY DIFFRACTION99.97
6.01-6.480.21491590.15763343X-RAY DIFFRACTION99.97
6.48-7.130.19761590.16463365X-RAY DIFFRACTION100
7.13-8.160.18251900.15433355X-RAY DIFFRACTION100
8.16-10.270.1591810.1333363X-RAY DIFFRACTION99.75
10.27-64.050.20721610.18733500X-RAY DIFFRACTION99.56
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 29.9533358682 Å / Origin y: 117.460288889 Å / Origin z: 117.970586345 Å
111213212223313233
T0.893394034741 Å2-0.122409555826 Å20.298939035776 Å2-0.873978103045 Å2-0.0775501965232 Å2--0.858421505637 Å2
L0.460759000894 °2-0.0477831726213 °20.0635633902629 °2-0.818129031451 °2-0.16413659621 °2--0.581806506986 °2
S0.0692736390568 Å °-0.126422323337 Å °0.159631650939 Å °-0.277234639091 Å °0.0406825792122 Å °-0.131661108268 Å °-0.071018646262 Å °0.2116739316 Å °-0.107295043465 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る