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- PDB-7adu: Crystal structure of the Prototype Foamy Virus (PFV) intasome in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7adu
タイトルCrystal structure of the Prototype Foamy Virus (PFV) intasome in complex with magnesium and the INSTI XZ440 (compound 5j)
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*A)-3')
  • Integrase
キーワードVIRAL PROTEIN / Integrase / Intasome / Protein DNA complex / INSTI / Drug / HIV / Retrovirus / Integration
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease H / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / RNA-directed DNA polymerase activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / virion component / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity ...ribonuclease H / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / RNA-directed DNA polymerase activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / virion component / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / proteolysis / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Endonuclease III; domain 1 - #70 / Spumavirus aspartic protease A9 / Retroviral integrase, C-terminal SH3 domain / Spumavirus aspartic protease (A9) / Retroviral integrase C-terminal SH3 domain / Foamy virus protease (FV PR) domain profile. / : / Integrase zinc-binding domain / Integrase zinc binding domain / Reverse transcriptase/retrotransposon-derived protein, RNase H-like domain ...Endonuclease III; domain 1 - #70 / Spumavirus aspartic protease A9 / Retroviral integrase, C-terminal SH3 domain / Spumavirus aspartic protease (A9) / Retroviral integrase C-terminal SH3 domain / Foamy virus protease (FV PR) domain profile. / : / Integrase zinc-binding domain / Integrase zinc binding domain / Reverse transcriptase/retrotransposon-derived protein, RNase H-like domain / RNase H-like domain found in reverse transcriptase / Endonuclease III; domain 1 / SH3 type barrels. - #140 / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / SH3 type barrels. / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Roll / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-R7K / DNA / DNA (> 10) / Pro-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human spumaretrovirus (ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Pye, V.E. / Cherepanov, P.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
The Francis Crick InstituteFC10061 英国
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2021
タイトル: HIV-1 Integrase Inhibitors with Modifications That Affect Their Potencies against Drug Resistant Integrase Mutants.
著者: Smith, S.J. / Zhao, X.Z. / Passos, D.O. / Pye, V.E. / Cherepanov, P. / Lyumkis, D. / Burke Jr., T.R. / Hughes, S.H.
履歴
登録2020年9月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrase
B: Integrase
C: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,23926
ポリマ－99,9444
非ポリマー2,29622
水3,333185
1
A: Integrase
B: Integrase
C: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*A)-3')
ヘテロ分子

A: Integrase
B: Integrase
C: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,47952
ポリマ－199,8878
非ポリマー4,59244
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area33530 Å2
ΔGint-499 kcal/mol
Surface area56380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.469, 159.469, 123.499
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Integrase / Pr125Pol


分子量: 44456.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human spumaretrovirus (ウイルス) / 遺伝子: pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P14350, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, ribonuclease H, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ...参照: UniProt: P14350, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, ribonuclease H, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*A)-3')


分子量: 5834.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*A)-3')


分子量: 5195.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 7種, 207分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-R7K / ~{N}-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-5-(hydroxymethyl)-1,4-bis(oxidanyl)-2-oxidanylidene-1,8-naphthyridine-3-carboxamide


分子量: 377.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H13F2N3O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.69 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.35 M ammonium sulfate, 25% (v/v) glycerol, 4.8% (v/v) 1,6-hexanediol, 50 mM Mes-NaOH, 1mM EDTA, pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryocooled / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97957 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97957 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→97.64 Å / Num. obs: 48059 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 52.93 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.167 / Rpim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.62→2.66 Å / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 2.2 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 33332 / CC1/2: 0.722 / Rpim(I) all: 0.857

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3900精密化
PHENIXdev_3900精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BDZ

4bdz


解像度: 2.62→71.32 Å / SU ML: 0.3322 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.2919
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2315 2414 5.02 %
Rwork0.2021 45645 -
obs0.2036 48059 99.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.62→71.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4380 732 133 185 5430
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00235458
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.52157592
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0379841
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041826
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.10852077
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.62-2.670.4011440.3572557X-RAY DIFFRACTION96.36
2.67-2.730.30441470.34112618X-RAY DIFFRACTION98.71
2.73-2.790.38461340.31332644X-RAY DIFFRACTION98.79
2.79-2.860.34611510.29682605X-RAY DIFFRACTION99.21
2.86-2.940.33371420.28872664X-RAY DIFFRACTION99.19
2.94-3.030.30981200.26072658X-RAY DIFFRACTION99.5
3.03-3.130.30541360.26892682X-RAY DIFFRACTION99.47
3.13-3.240.28171330.24032664X-RAY DIFFRACTION99.64
3.24-3.370.27171370.19752680X-RAY DIFFRACTION99.61
3.37-3.520.24591530.19752648X-RAY DIFFRACTION99.57
3.52-3.710.22531370.18762697X-RAY DIFFRACTION99.79
3.71-3.940.21941460.18642683X-RAY DIFFRACTION99.4
3.94-4.240.17561550.16092680X-RAY DIFFRACTION99.51
4.24-4.670.16371550.14262710X-RAY DIFFRACTION99.31
4.67-5.340.18091540.1572736X-RAY DIFFRACTION99.72
5.35-6.730.20421260.18342787X-RAY DIFFRACTION100
6.73-71.320.21531440.19432932X-RAY DIFFRACTION99.77
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4384654473480.124654510982-0.07404773369940.491133130890.4730561880650.336537052936-0.0094183303608-0.0429182153654-0.0440778441318-0.0450404713005-0.2628006103890.1825095798520.00899976448454-0.31843902154-0.1211769823080.292479379557-0.0998963701903-0.07191918796550.410972014074-0.1153636786170.447045455674-70.19954544126.5046011573-57.570462712
20.4297156540620.03880310593020.396819409740.3489673265960.1709102508251.58403936923-0.0364120675573-0.162996497762-0.01723822571190.03353393846220.02057451932480.0001273386646130.239904467395-0.0334551102945-0.0003371776213180.28431605388-0.03084453534280.05374136880770.3012878004890.03373853113710.292526480752-35.175741260936.6124987347-8.6601981427
30.366594944845-0.222378550304-0.1856305468380.01058197335430.3355056227410.168401737278-0.350764307247-0.221671836012-0.0513978201489-0.3178323705150.1581078040670.134209109637-0.760465301634-0.303640500779-0.00207255461420.473843732276-0.01996115854920.04089146918480.533891479197-0.03549603747860.476109541742-46.755109649251.0720455624-1.95102010211
40.322601121572-0.124638415654-0.09332286294220.6874539589960.01587461029912.2494855341-0.141004919133-0.173263240465-0.1363216586290.1019851723930.1094063668030.1520861002580.961113255121-0.1496975408110.3292810394640.431537882301-0.2704874658860.08611120489140.3915087353960.04773489672150.394227771306-54.052055443225.5020427834-26.8458753871
50.577075093095-0.1102750243310.01094061062340.395533180465-0.1312584322960.768489081518-0.0635736307238-0.276344336594-0.06779045026960.111199537175-0.007414736055620.08279152574950.04169749635410.1773147625243.38365452075E-60.312334541463-0.001317062593850.01104885452410.5065902769210.02702543000920.332161396961-20.149862141939.369273099513.0309953342
60.1508438019090.3414098222560.0823015568051.330749982740.3704064760430.112831405968-0.285141777185-0.8959845918380.603792753453-0.162415640953-0.3146341017280.03266394149980.09137460297210.224387401575-0.2749002258610.3409194174750.01875478840080.1230291295421.02387359608-0.004024814098390.343651801256-13.938092890347.353950445716.4959922518
70.4195208586970.0911951890397-0.07192521467820.2292693028730.04019016251480.422921432485-0.0982525289185-0.610392203154-0.255469995410.4229405682650.1139550462630.2078070121380.244477171902-0.4113048442810.04282293277530.511060825768-0.03814993214220.1080597395410.6843030803170.07259182432090.384944359877-33.370240968132.392145400618.1270773026
80.03466883106960.002310895426290.0483310273478-0.0003673250559960.03648268728990.00676013570879-0.570795364398-0.02815642250070.231568082695-0.33510706988-0.7498344749460.2645806409730.621029491129-0.21710577762-0.0002110172739041.419584745190.07625290342120.01177481425091.08404022780.1098519298551.45999947648-29.291987178217.199121633128.4809084952
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain A and resid 9:98)AA9 - 981 - 90
22(chain A and resid 99:280)AA99 - 28091 - 272
33(chain A and resid 281:315)AA281 - 315273 - 307
44(chain A and resid 316:375)AA316 - 375308 - 367
55(chain B and resid 116:196)BB116 - 1961 - 81
66(chain B and resid 197:215)BB197 - 21582 - 100
77(chain B and resid 216:280)BB216 - 280101 - 165
88(chain B and resid 281:297)BB281 - 297166 - 182
99(chain C and resid 1:19)CC1 - 19
1010(chain D and resid 1:17)DD1 - 17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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