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- PDB-7adi: KirBac3.1 W46R: role of a highly conserved tryptophan at the memb... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7adi
タイトルKirBac3.1 W46R: role of a highly conserved tryptophan at the membrane-water interface of Kir channel
要素Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Metal transport / ion channel / inward rectifier / potassium channel
機能・相同性
機能・相同性情報


inward rectifier potassium channel activity / monoatomic ion channel complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / Potassium channel domain / Ion channel / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1
類似検索 - 構成要素
生物種Magnetospirillum magnetotacticum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Venien-Bryan, C. / Fagnen, C. / De Zorzi, R. / Bannwarth, L. / Oubella, I. / Haouz, A.
資金援助 フランス, フィンランド, 3件
組織認可番号国
Other private19928 フランス
Other governmentANR-EQUIPEX フランス
Other governmentMRT フィンランド
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021
タイトル: Integrative Study of the Structural and Dynamical Properties of a KirBac3.1 Mutant: Functional Implication of a Highly Conserved Tryptophan in the Transmembrane Domain.
著者: Fagnen, C. / Bannwarth, L. / Oubella, I. / Zuniga, D. / Haouz, A. / Forest, E. / Scala, R. / Bendahhou, S. / De Zorzi, R. / Perahia, D. / Venien-Bryan, C.
履歴
登録2020年9月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1
B: Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6496
ポリマ－67,5082
非ポリマー1424
水41423
1
A: Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1
B: Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1
ヘテロ分子

A: Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1
B: Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,29812
ポリマ－135,0154
非ポリマー2838
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area18710 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area50640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.770, 113.980, 89.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1001-

K

21A-1002-

K

31A-1003-

K

41A-1004-

MG

51B-413-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1


分子量: 33753.750 Da / 分子数: 2 / 変異: W46R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Magnetospirillum magnetotacticum (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: D9N164
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 15% (w/v) PEG- MME 5k, 15% (v/v) glycerol, 1M Lithium Chloride, and 100 mM MES pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.07114 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07114 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→48.34 Å / Num. obs: 189833 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.0558 / Net I/σ(I): 19.67
反射 シェル解像度: 2.83→3 Å / Rmerge(I) obs: 1.551 / Mean I/σ(I) obs: 1.31 / Num. unique obs: 29583 / CC1/2: 0.659 / Rsym value: 1.44 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC5.8.0266精密化
BUSTER精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XL6

1xl6


解像度: 2.8→48.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.825 / SU B: 13.663 / SU ML: 0.26 / SU R Cruickshank DPI: 0.441 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.441 / ESU R Free: 0.333 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2873 1372 5 %RANDOM
Rwork0.2218 ---
obs0.225 26051 99.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 216.78 Å2 / Biso mean: 97.464 Å2 / Biso min: 37.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.09 Å20 Å2
3---0.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→48.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4246 0 4 23 4273
Biso mean--83.28 79.24 -
残基数----541
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0134386
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0174087
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5941.635960
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2061.5659351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3455541
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.67920.171234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.38215687
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.931535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2588
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024975
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021074
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.871 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 96 -
Rwork0.341 1814 -
obs--96.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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