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- PDB-7ad6: Crystal structure of human complement C5 in complex with the K92 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ad6
タイトルCrystal structure of human complement C5 in complex with the K92 bovine knob domain peptide.
要素
  • Complement C5
  • K92 knob domain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complement C5 / C5 / ultralong / ultra-long / knob domain.
機能・相同性
機能・相同性情報


Terminal pathway of complement / membrane attack complex / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation, alternative pathway / chemokine activity / endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / complement activation, classical pathway / positive regulation of chemokine production ...Terminal pathway of complement / membrane attack complex / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation, alternative pathway / chemokine activity / endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / complement activation, classical pathway / positive regulation of chemokine production / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / chemotaxis / G alpha (i) signalling events / killing of cells of another organism / cell surface receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / signaling receptor binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Complement component 5, CUB domain / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. ...: / Complement component 5, CUB domain / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG4 / Netrin domain / NTR domain profile. / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG3 / : / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
CYSTEINE / Complement C5
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Macpherson, A. / van den Elsen, J.M.H. / Schulze, M.E. / Birtley, J.R.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: The allosteric modulation of Complement C5 by knob domain peptides.
著者: Macpherson, A. / Laabei, M. / Ahdash, Z. / Graewert, M.A. / Birtley, J.R. / Schulze, M.E. / Crennell, S. / Robinson, S.A. / Holmes, B. / Oleinikovas, V. / Nilsson, P.H. / Snowden, J. / Ellis, ...著者: Macpherson, A. / Laabei, M. / Ahdash, Z. / Graewert, M.A. / Birtley, J.R. / Schulze, M.E. / Crennell, S. / Robinson, S.A. / Holmes, B. / Oleinikovas, V. / Nilsson, P.H. / Snowden, J. / Ellis, V. / Mollnes, T.E. / Deane, C.M. / Svergun, D. / Lawson, A.D. / van den Elsen, J.M.
履歴
登録2020年9月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月7日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement C5
B: Complement C5
C: K92 knob domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)381,6319
ポリマ－380,6153
非ポリマー1,0166
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, 1:1 COMPLEX BETWEEN CHAINS A AND B AND THE PEPTIDE (chain C)., gel filtration, As part of a SEC MALLS experiment, the complex agreed with a A,B and C complex.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11590 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area74810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)204.265, 104.285, 154.880
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 124.899, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 4分子 ABC

#1: タンパク質 Complement C5 / C3 and PZP-like alpha-2-macroglobulin domain-containing protein 4


分子量: 188512.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01031
#2: タンパク質・ペプチド K92 knob domain


分子量: 3591.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 17分子

#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CYS / CYSTEINE / システイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H7NO2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.79 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M bicine/Trizma (pH 8.5), 10 % (w/v) PEG 8000, 20 % (v/v) ethylene glycol, 30 mM sodium fluoride, 30 mM sodium bromide and 30 mM sodium iodide.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→83.77 Å / Num. obs: 138366 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 78.27 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.01887 / Net I/σ(I): 28.79
反射 シェル解像度: 2.75→2.848 Å / Rmerge(I) obs: 0.2042 / Num. unique obs: 6877 / CC1/2: 0.924

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5精密化
PHENIX1.18_3845精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.18-3845-000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HCC

5hcc


解像度: 2.75→83.77 Å / SU ML: 0.4522 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.339
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2535 3429 4.94 %
Rwork0.2194 65967 -
obs0.2211 138366 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 100.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→83.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13018 0 65 12 13095
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001913360
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5418122
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04352068
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00362299
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.04354902
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.790.45771320.37222720X-RAY DIFFRACTION99.55
2.79-2.830.41321260.34492760X-RAY DIFFRACTION99.93
2.83-2.880.37211620.32582738X-RAY DIFFRACTION99.83
2.88-2.920.33961100.32282737X-RAY DIFFRACTION99.72
2.92-2.970.41521570.33242705X-RAY DIFFRACTION99.86
2.97-3.030.35581460.34872710X-RAY DIFFRACTION99.79
3.03-3.080.34371370.30962745X-RAY DIFFRACTION99.93
3.09-3.150.34731390.29632752X-RAY DIFFRACTION99.97
3.15-3.220.32911580.28952735X-RAY DIFFRACTION99.97
3.22-3.290.33831390.2722762X-RAY DIFFRACTION100
3.29-3.370.35221450.26562741X-RAY DIFFRACTION99.97
3.37-3.460.27871360.25062738X-RAY DIFFRACTION100
3.46-3.570.29421320.25462714X-RAY DIFFRACTION100
3.57-3.680.26331660.24692722X-RAY DIFFRACTION99.97
3.68-3.810.30861530.24272766X-RAY DIFFRACTION100
3.81-3.970.20961340.22582750X-RAY DIFFRACTION99.97
3.97-4.150.24581460.20522741X-RAY DIFFRACTION100
4.15-4.370.2361570.18952725X-RAY DIFFRACTION100
4.37-4.640.20311220.17482771X-RAY DIFFRACTION100
4.64-50.20911510.16252790X-RAY DIFFRACTION100
5-5.50.19711430.17392764X-RAY DIFFRACTION99.9
5.5-6.290.23731350.20392759X-RAY DIFFRACTION100
6.3-7.930.24421550.21792775X-RAY DIFFRACTION99.97
7.93-83.770.20151480.17772847X-RAY DIFFRACTION99.47
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4063710639290.01859895748540.3658076190930.478508336229-0.05671644246681.38911288128-0.0158582706284-0.252033489902-0.109173187071-0.1098481478660.150828791010.185927619485-0.126775646421-0.402699294335-0.1303436264820.603674481869-0.0350310423440.005712835160440.7005344561090.2133787132810.747376347987-32.3809119036-51.094149573235.663670767
22.312575358990.258738866486-0.291354748771.49762754864-0.481847991811.45214985116-0.1134234197460.08736515593350.0729102271282-0.1538140106150.1763007502550.00370120102267-0.3344845610520.0667210215683-0.06726679507180.673420985331-0.159950439156-0.05043623094360.4789676316360.03836784139110.415428652629-9.2687417099-33.648744340435.4921204919
30.762327973556-1.754463491221.279979173464.75196142349-3.96225823635.16917708903-0.232619506932-0.236284086794-0.3312119284970.4596770993540.1572323679550.229924987401-0.05894763755940.1106788816210.02226849440890.587427148260.1152619357790.170669808340.7088483821640.1936161143050.741769903382-19.9145709128-58.21145137771.0484913388
44.997313704650.870161435317-0.3605340597063.49800578931-1.757632065594.168125775410.3129128023850.558815406432-0.486102127238-0.553088190872-0.372643221753-0.129482346882-0.2166466357530.06160079155430.0875062500410.7274287060610.357095109284-0.01976412668930.644788209198-0.1048887230120.476520878224-29.6325647523-39.2810243196-32.2659326907
52.24084019422-0.886687372078-0.7116295520712.455105446530.3899851750835.35488516367-0.0375668459681-0.142476131451-0.190736121630.341596360229-0.0103900371795-0.001962519269250.1253594396670.07653253155970.06739320331360.593460910886-0.0729819502387-0.07389749890620.4879143511120.04556750478080.580402934646-27.8427991173-43.8952871294.40657404921
61.624334730060.100819292888-1.102625999750.91857943738-0.8997752735026.10090522720.1427848658460.292286422458-0.5968446593060.254318653018-0.03876816467640.511275272548-0.667254053227-1.02188643399-0.1152395610060.7554541968630.2023469763750.0248619432871.246942242690.05472045764020.996450427121-63.4386136592-40.24619252195.54982457242
73.35508316048-0.9355860762613.424417321573.60985534469-1.653916924295.665760322660.132978470072-0.136775787257-0.59116456393-0.633138053988-0.0407532787570.5559446221980.139316264009-1.52639423788-0.2704226471410.7044771236230.138980467734-0.2282309865651.22781355342-0.2747448545110.831540225556-50.9573190858-49.6019848892-31.3000068547
81.73557427319-0.2203318327830.4471658728830.232858221020.9082374082475.961584660060.1925839543240.243252314276-0.374444552636-0.07943589459390.1080097678790.3476794919621.02995021576-1.120278226-0.2671028221990.818022916628-0.150546769012-0.1220548304880.6862475349990.09014085077830.978038990919-38.750894554-61.70491128012.27297838116
94.2796128322-0.856439262891-2.38546658743.920533132560.215349089347.908383728250.118131260173-0.545229489726-7.78192653112E-50.0998084908527-0.226647216151-0.230350237287-1.36999337083-0.844553034640.02098031547210.795996826560.354400855307-0.2207868353031.14010755845-0.2751167277760.652877406734-46.0006081252-34.321196938-24.3081264846
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 684 through 1007 )AA684 - 10071 - 316
22chain 'A' and (resid 1008 through 1464 )AA1008 - 1464317 - 764
33chain 'A' and (resid 1465 through 1676 )AA1465 - 1676765 - 971
44chain 'B' and (resid 20 through 118 )BB20 - 1181 - 99
55chain 'B' and (resid 119 through 219 )BB119 - 219100 - 200
66chain 'B' and (resid 220 through 463 )BB220 - 463201 - 444
77chain 'B' and (resid 464 through 562 )BB464 - 562445 - 543
88chain 'B' and (resid 563 through 630 )BB563 - 630544 - 602
99chain 'B' and (resid 631 through 674 )BB631 - 674603 - 646
1010chain 'C' and (resid 2 through 10 )CC2 - 101 - 9
1111chain 'C' and (resid 11 through 19 )CC11 - 1910 - 18
1212chain 'C' and (resid 20 through 24 )CC20 - 2419 - 23
1313chain 'C' and (resid 25 through 29 )CC25 - 2924 - 28
1414chain 'C' and (resid 30 through 35 )CC30 - 3529 - 34
1515chain 'I' and (resid 1 through 1 )IK11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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