PDB-7acq: CRYSTAL STRUCTURE OF INACTIVE KRAS G12D (GDP) IN COMPLEX WITH THE...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7acq

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF INACTIVE KRAS G12D (GDP) IN COMPLEX WITH THE SOAKED DIMERIC INHIBITOR BI-5747

要素

GTPase KRas

キーワード

SIGNALING PROTEIN / VIENNA / PPI

機能・相同性

機能・相同性情報

forebrain astrocyte development / negative regulation of epithelial cell differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / type I pneumocyte differentiation / Rac protein signal transduction / skeletal muscle cell differentiation / positive regulation of Rac protein signal transduction / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants ...forebrain astrocyte development / negative regulation of epithelial cell differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / type I pneumocyte differentiation / Rac protein signal transduction / skeletal muscle cell differentiation / positive regulation of Rac protein signal transduction / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / RUNX3 regulates p14-ARF / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / Signalling to RAS / SHC-related events triggered by IGF1R / glial cell proliferation / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / SHC-mediated cascade:FGFR2 / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / SHC-mediated cascade:FGFR1 / Erythropoietin activates RAS / protein-membrane adaptor activity / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / positive regulation of glial cell proliferation / homeostasis of number of cells within a tissue / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / p38MAPK events / Tie2 Signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / Signaling by FGFR2 in disease / striated muscle cell differentiation / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / Signaling by FGFR1 in disease / GRB2 events in ERBB2 signaling / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling / SHC1 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Insulin receptor signalling cascade / small monomeric GTPase / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / G protein activity / VEGFR2 mediated cell proliferation / FCERI mediated MAPK activation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / RAF activation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / Constitutive Signaling by EGFRvIII / visual learning / MAP2K and MAPK activation / Signaling by ERBB2 ECD mutants / Signaling by ERBB2 KD Mutants / Signaling by SCF-KIT / cytoplasmic side of plasma membrane / Regulation of RAS by GAPs / Negative regulation of MAPK pathway / RAS processing / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / MAPK cascade / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / DAP12 signaling / Ca2+ pathway / gene expression / actin cytoskeleton organization / RAF/MAP kinase cascade / neuron apoptotic process / mitochondrial outer membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / Ras protein signal transduction / positive regulation of protein phosphorylation / Golgi membrane / focal adhesion
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Kessler, D.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF INACTIVE KRAS G12D (GDP) IN COMPLEX WITH THE SOAKED DIMERIC INHIBITOR BI00925747
著者: Kessler, D.

履歴

登録	2020年9月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7acq.ent.gz	179.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7acq_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7acq_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	7acq_validation.xml.gz	26.7 KB	表示
CIF形式データ	7acq_validation.cif.gz	38 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/7acq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/7acq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6quuS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6bv8-d 6bv9-d 3nvo-2 6sjh-d 1htw-d 6bv5-d 4gux-d 4g26-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (47)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (47)
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上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (6)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (7)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (6)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (2)
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ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (5)
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インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (3)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (2)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (2)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (2)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (2)
#14 - 2001年2月
インスリン (Insulin)
類似性 (1)
#52 - 2004年4月
成長ホルモン (Growth Hormone)
類似性 (1)
#236 - 2019年8月
サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: GTPase KRas

B: GTPase KRas

C: GTPase KRas

ヘテロ分子

60.9 kDa, 3 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.883, 66.316, 74.537
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.12, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-313- HOH
2	1	C-370- HOH

#1: タンパク質	GTPase KRas / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras 分子量: 19386.848 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01116, small monomeric GTPase
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-R6W / (3~{S})-5-oxidanyl-3-[2-[[6-[[3-[(1~{S})-6-oxidanyl-3-oxidanylidene-1,2-dihydroisoindol-1-yl]-1~{H}-indol-2-yl]methylamino]hexylamino]methyl]-1~{H}-indol-3-yl]-2,3-dihydroisoindol-1-one 分子量: 668.783 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₄₀N₆O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 485 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.38 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 200 mM CaCl2 100 mM MES pH6 PEG6000 20% W/v

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.857→74 Å / Num. obs: 43278 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.072 / R_pim(I) all: 0.052 / R_rim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 1.858→1.863 Å / Num. unique obs: 2192 / CC_1/2: 0.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
BUSTER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6QUU

6quu

解像度: 1.86→37.12 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2097	2192	5.1 %
R_work	0.1737	-	-
obs	0.1755	43017	91.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→37.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3864	0	187	485	4536

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4125
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.128	5592
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.527	2528
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.321	621
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	694

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.86-1.9004	0.3029	160	0.2507	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9004-1.9447	0.2497	107	0.2159	1862	X-RAY DIFFRACTION	67
1.9447-1.9933	0.2173	135	0.1973	2747	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9933-2.0472	0.2404	150	0.194	2537	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0472-2.1074	0.2445	40	0.2089	540	X-RAY DIFFRACTION	86
2.1074-2.1754	0.2255	128	0.1937	2785	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1754-2.2532	0.2522	140	0.1796	2708	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2532-2.3434	0.2127	158	0.1795	2686	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3434-2.45	0.2208	186	0.1727	2725	X-RAY DIFFRACTION	99
2.45-2.5791	0.2042	158	0.1738	2755	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5791-2.7407	0.227	134	0.1766	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7407-2.9522	0.2055	144	0.1773	2753	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9522-3.2491	0.2123	150	0.1725	2736	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2491-3.7189	0.1994	146	0.1585	2776	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7189-4.684	0.1656	129	0.1383	2826	X-RAY DIFFRACTION	100
4.684-10	0.1943	127	0.1841	2843	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2131	-0.1692	0.1265	0.4107	0.2869	2.5218	0.0407	0.0186	-0.2564	-0.0213	-0.0615	0.0084	0.2457	-0.1023	0.017	0.1454	-0.0108	-0.0154	0.1348	-0.0106	0.1889	27.5961	5.2703	49.0613
2	4.7056	1.1068	-0.2071	4.2503	-1.7868	0.8952	0.0427	-0.2669	-1.2424	0.1514	-0.3623	-0.8325	0.324	0.4574	0.12	0.2406	0.014	0.0103	0.2637	0.0129	0.4266	42.5906	-0.1481	49.7622
3	1.7153	-0.0203	-1.3673	0.3226	0.3493	2.9495	-0.1176	-0.3317	-0.1116	0.0663	-0.1064	-0.221	0.1802	0.5715	0.0389	0.116	0.0056	-0.0271	0.2183	0.0584	0.1916	40.913	8.3069	59.9164
4	2.0657	-0.1105	-0.6233	1.6554	-0.3244	2.7011	0.0906	-0.0904	0.0281	0.3608	-0.066	-0.1169	-0.3245	-0.0924	-0.0606	0.1246	-0.0042	-0.0577	0.1147	-0.0142	0.1741	35.2492	12.5558	60.9465
5	4.1043	0.5818	0.0698	1.8782	-0.2002	2.5916	0.1603	-0.4521	0.1635	0.3521	-0.1259	-0.0866	-0.2121	0.0613	0.0158	0.1915	-0.0292	-0.03	0.1985	-0.0142	0.1513	32.5052	16.899	62.064
6	6.6309	1.7743	-1.122	3.5833	-1.4963	3.7668	0.1179	0.1079	0.2249	0.0233	-0.1086	-0.1435	-0.2295	0.1079	0.02	0.1262	0.0048	-0.0217	0.1013	0.024	0.1437	32.1712	17.4245	47.8231
7	1.3633	0.6053	0.5018	1.6321	-0.0313	2.239	-0.0301	0.0418	0.0961	-0.027	0.0215	0.105	-0.0184	-0.185	0.0124	0.0986	-0.0023	0.0108	0.1247	-0.0036	0.1519	33.567	-1.0547	23.5169
8	0.2974	0.5242	-0.2084	4.8387	0.849	0.4537	-0.0921	-0.2301	0.5604	-0.5211	0.0778	0.8872	-0.4303	-0.6437	0.0412	0.3178	0.0416	-0.041	0.4073	0.0548	0.475	23.8708	-1.2098	18.2911
9	1.9894	-0.7243	0.1154	4.1327	-0.8563	2.6825	0.0502	-0.0829	-0.0191	0.058	-0.0562	0.0582	0.1575	-0.1594	-0.0115	0.1565	-0.0172	0.0109	0.1345	-0.008	0.1708	35.2642	-4.5612	31.041
10	4.6805	1.4918	2.409	5.2514	0.9432	2.185	-0.4053	0.0694	1.2771	-0.5619	-0.0255	0.7941	-0.9096	-0.4193	0.1752	0.3007	0.0391	-0.0412	0.2602	-0.0399	0.4211	34.9912	13.6615	24.9066
11	0.8712	0.4814	0.7523	1.5684	1.2213	3.453	-0.1332	0.1259	0.1127	-0.234	0.021	-0.1239	-0.4151	0.152	0.0609	0.1753	-0.0335	-0.0236	0.1195	0.0261	0.1679	41.3533	7.6228	14.247
12	1.6828	1.2421	1.16	3.5417	2.3745	3.5615	-0.0293	0.16	0.127	-0.0055	0.1101	-0.3333	-0.0803	0.3235	0.0013	0.1463	-0.0189	0.0055	0.1184	0.0467	0.2264	46.199	5.4941	21.1461
13	0.5877	1.201	-0.1605	2.7813	-0.2585	1.9326	-0.3491	0.3836	-0.4489	-0.5837	0.3987	-0.1579	0.793	0.1188	0.0365	0.4045	-0.0527	-0.0285	0.2716	0.0077	0.2242	37.4335	-5.5951	3.5488
14	4.0561	3.2583	2.5383	7.506	4.4679	8.1182	0.2593	0.5788	-0.0672	-0.4204	-0.0334	-0.7594	-0.1562	0.6097	-0.0508	0.233	0.012	0.0823	0.3255	0.0152	0.2458	50.6653	0.4354	9.3944
15	4.5057	2.424	0.3992	3.3774	0.1576	1.6735	-0.3396	0.3586	-0.2568	-0.5037	0.309	-0.1586	0.0687	0.1244	-0.0029	0.1835	-0.0177	0.0099	0.1831	-0.0113	0.1443	39.5101	-7.577	14.6073
16	5.6517	2.0594	1.5671	4.2626	0.0765	3.5537	0.1361	-0.0766	-0.0122	0.1382	-0.1058	-0.201	0.0722	0.1947	0.012	0.1082	0.0086	0.0063	0.1215	0.0057	0.1656	44.8597	-4.4509	26.4473
17	2.0699	-0.8813	-0.5412	3.2758	-0.2661	2.7256	0.0025	0.0763	0.0642	-0.196	-0.0482	-0.2299	-0.0133	0.0767	0.0616	0.1134	-0.0081	-0.0242	0.1279	0.004	0.1888	50.1105	41.5791	23.4981
18	4.5522	-3.0881	1.131	3.1927	-0.3159	0.4224	0.367	0.266	0.3666	-0.1917	-0.4221	-1.1468	-0.0016	0.7436	0.1017	0.3438	0.0044	0.0847	0.4413	0.0506	0.5489	54.8169	50.0512	18.2864
19	4.2262	-1.3182	-0.7538	3.0515	0.1378	2.7658	-0.0618	-0.0985	0.1057	0.1107	0.0356	-0.0561	-0.2811	-0.0404	-0.0002	0.136	0.016	-0.039	0.1483	-0.0165	0.2106	46.2194	41.8281	31.0078
20	6.3148	-1.609	0.6122	7.7796	-1.9715	1.8037	0.0979	0.1783	-0.2862	-0.1951	-0.1577	-1.6007	0.5148	0.753	0.1785	0.2084	0.036	-0.0527	0.2993	-0.0376	0.4977	61.4855	32.5351	25.4228
21	1.7288	-1.0575	0.9838	2.779	-1.2626	2.8492	0.2893	0.4783	-0.3053	-0.5911	-0.4505	-0.3192	0.2146	0.4302	0.0415	0.2771	0.1133	0.073	0.2406	-0.041	0.2175	53.8553	30.5487	14.1965
22	2.1962	-0.6941	0.0649	2.8762	-0.5386	1.9973	0.1933	0.4535	-0.2537	-0.6971	-0.0399	0.2036	0.1943	-0.1556	-0.0668	0.2723	0.0389	-0.0104	0.2267	-0.0543	0.2079	47.2665	33.279	13.1637
23	3.8388	-1.8152	0.9202	4.4283	-1.5608	3.48	-0.2317	0.7636	-0.6011	-1.0005	0.2234	0.485	0.2912	0.0036	-0.1743	0.6313	-0.0057	-0.1919	0.2783	-0.2697	0.3701	43.08	26.001	9.1783
24	2.226	-1.2183	0.3641	7.6612	-0.5292	1.2854	0.2261	0.2372	-0.0725	-1.0179	-0.2071	0.3437	0.0858	-0.0525	-0.0318	0.2789	0.0396	-0.0433	0.16	-0.0009	0.1736	41.5695	39.6857	14.4906
25	3.4078	-0.9701	-0.5717	9.0364	-2.0051	3.349	-0.0745	0.0173	-0.486	0.203	0.1614	0.1678	0.1	-0.2525	-0.0571	0.0979	-0.0095	-0.0207	0.1154	-0.0094	0.2052	41.5284	33.45	26.3355

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 57 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 58 through 74 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 75 through 103 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 104 through 126 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 127 through 151 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 152 through 167 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 25 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 26 through 37 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 38 through 57 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 58 through 74 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 75 through 103 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 104 through 116 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 117 through 126 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 127 through 137 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 138 through 151 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 152 through 167 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 1 through 25 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 26 through 37 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 38 through 57 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 58 through 74 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 75 through 103 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 104 through 126 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 127 through 137 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 138 through 151 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 152 through 167 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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