PDB-7acm: Crystal structure of E. coli HTH-type transcriptional regulator R...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7acm

タイトル

Crystal structure of E. coli HTH-type transcriptional regulator RcdA in complex with TMAO at 1.76 A resolution

要素

HTH-type transcriptional regulator RcdA

キーワード

GENE REGULATION / transcription factor / HTH motif / DNA-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.763 Å

データ登録者

Pietrzyk-Brzezinska, A.J. / Cociurovscaia, A.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2022
タイトル: Structures of the TetR-like transcription regulator RcdA alone and in complexes with ligands.
著者: Pietrzyk-Brzezinska, A.J. / Cociurovscaia, A.

履歴

登録	2020年9月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年9月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2021年12月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7acm.cif.gz	161.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7acm.ent.gz	126.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7acm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7acm_validation.pdf.gz	267.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7acm_full_validation.pdf.gz	267.8 KB	表示
XML形式データ	7acm_validation.xml.gz	8.2 KB	表示
CIF形式データ	7acm_validation.cif.gz	13.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/7acm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/7acm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7aclC 7acoC 5x5iS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7acl-d 7aco-d 5x5i-4 5x5i-2 5x5i-3 5x5i-1 3im1-d 4jw2-d 2dg8-1 4jkz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HTH-type transcriptional regulator RcdA

B: HTH-type transcriptional regulator RcdA

ヘテロ分子

40.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.762, 74.134, 51.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.190, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	HTH-type transcriptional regulator RcdA / Regulator of csgD 分子量: 20329.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rcdA, ybjK, b0846, JW5114 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P75811
#2: 化合物	ChemComp-TMO / trimethylamine oxide / トリメチルアミンN-オキシド分子量: 75.110 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₉NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M TMAO, 0.1 M HEPES pH 7.5, 10% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月30日

放射

モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.76→42.294 Å / Num. obs: 28947 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 6.557 % / B_iso Wilson estimate: 24.49 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.072 / R_rim(I) all: 0.078 / Χ²: 1.066 / Net I/σ(I): 14.73 / Num. measured all: 189816

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.76-1.87	6.432	0.608	2.42	28682	4760	4459	0.842	0.66	93.7
1.87-2	6.501	0.379	4.08	28734	4469	4420	0.932	0.412	98.9
2-2.16	6.58	0.202	7.78	27115	4161	4121	0.978	0.219	99
2.16-2.36	6.695	0.136	11.73	25427	3832	3798	0.99	0.148	99.1
2.36-2.64	6.509	0.098	16.2	22189	3471	3409	0.994	0.106	98.2
2.64-3.05	6.75	0.071	22.69	20520	3069	3040	0.997	0.077	99.1
3.05-3.73	6.514	0.052	31.01	16689	2616	2562	0.998	0.057	97.9
3.73-5.25	6.477	0.046	36.92	12909	2027	1993	0.998	0.05	98.3
5.25-42.294	6.6	0.042	38.26	7550	1151	1144	0.998	0.045	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5X5I

5x5i

解像度: 1.763→42.294 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 22.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2028	1448	5 %
R_work	0.1576	27499	-
obs	0.1599	28947	97.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 107.18 Å² / B_iso mean: 34.7001 Å² / B_iso min: 12.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.763→42.294 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2805	0	15	283	3103
B_iso mean	-	-	28.99	40.64	-
残基数	-	-	-	-	351

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2943
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.036	3996
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	444
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	514
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.322	1120

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.763-1.8255	0.2948	133	0.2359	2529	90
1.8255-1.8986	0.3068	146	0.223	2773	99
1.8986-1.985	0.2639	146	0.2056	2772	99
1.985-2.0897	0.2589	145	0.1848	2750	99
2.0897-2.2206	0.2124	146	0.1672	2780	99
2.2206-2.392	0.2201	146	0.1679	2760	99
2.392-2.6327	0.2088	144	0.1663	2748	98
2.6327-3.0136	0.2318	147	0.1683	2795	99
3.0136-3.7964	0.2053	146	0.1397	2760	98
3.7964-42.294	0.1379	149	0.1291	2832	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.8212	0.4923	3.037	2.2379	-1.1392	4.3106	0.0424	-0.212	0.1004	0.4855	0.0067	-0.3312	-0.0488	0.0734	-0.077	0.2749	0.0388	-0.0485	0.2426	-0.0439	0.182	22.679	19.0207	32.8413
2	2.6721	-0.4329	-0.0887	2.7053	0.9319	3.0875	-0.0475	-0.0736	-0.0421	-0.0398	0.0081	-0.0892	0.1622	0.1985	0.0227	0.1227	0.0307	0.0139	0.1242	0.0242	0.1485	13.7949	12.6173	8.8042
3	5.7832	-1.366	-1.1489	0.3483	0.311	2.1898	-0.089	-0.147	0.3936	0.2086	0.0345	0.8995	-0.2427	-0.2352	0.0564	0.3333	0.0408	0.053	0.2615	-0.0607	0.53	-1.8601	38.7719	29.4291
4	1.4549	0.0283	0.0308	2.1025	0.175	3.6601	0.0074	-0.0185	0.136	-0.211	-0.0784	0.0752	-0.4149	-0.092	0.0416	0.1748	0.0307	-0.0239	0.1366	-0.0006	0.17	5.0523	26.7786	6.3351

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 6:64)	A	6 - 64
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 65:178)	A	65 - 178
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 1:47)	B	1 - 47
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 48:178)	B	48 - 178

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)