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- PDB-7aco: Crystal structure of E. coli HTH-type transcriptional regulator R... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7aco | ||||||
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Title | Crystal structure of E. coli HTH-type transcriptional regulator RcdA in complex with Tris at 1.80 A resolution | ||||||
![]() | HTH-type transcriptional regulator RcdA | ||||||
![]() | GENE REGULATION / transcription factor / HTH motif / DNA-binding protein | ||||||
Function / homology | ![]() DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pietrzyk-Brzezinska, A.J. / Cociurovscaia, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structures of the TetR-like transcription regulator RcdA alone and in complexes with ligands. Authors: Pietrzyk-Brzezinska, A.J. / Cociurovscaia, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 163.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 128.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 292.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 291.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 8.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 14 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7aclC ![]() 7acmC ![]() 5x5iS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 20531.623 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The first two amino acid residues are the remainings of the tag, so they should be numbered (-1) and (0). Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.87 Å3/Da / Density % sol: 34.13 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 / Details: 0.2 M TMAO, 0.1 M Tris pH 8.5, 20% mmePEG 2000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: May 12, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.798→39.739 Å / Num. obs: 27595 / % possible obs: 97.7 % / Redundancy: 6.893 % / Biso Wilson estimate: 26.58 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 0.772 / Net I/σ(I): 12.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5X5I Resolution: 1.798→39.739 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / Phase error: 22.72 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 160.41 Å2 / Biso mean: 32.8646 Å2 / Biso min: 12.78 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.798→39.739 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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