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万見
- PDB-7abm: X-ray structure of phosphorylated Barrier-to-autointegration fact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7abm
タイトルX-ray structure of phosphorylated Barrier-to-autointegration factor (BAF)
要素Barrier-to-autointegration factor
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Barrier-to-Autointegration Factor chromosome compaction Phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein ADP-ribosylation / Nuclear Envelope Breakdown / mitotic nuclear membrane reassembly / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / negative regulation of type I interferon production / negative regulation of viral genome replication / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / 2-LTR circle formation ...negative regulation of protein ADP-ribosylation / Nuclear Envelope Breakdown / mitotic nuclear membrane reassembly / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / negative regulation of type I interferon production / negative regulation of viral genome replication / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / 2-LTR circle formation / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / chromosome organization / condensed chromosome / negative regulation of innate immune response / response to virus / DNA integration / chromatin organization / nuclear envelope / double-stranded DNA binding / response to oxidative stress / chromatin / protein homodimerization activity / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Barrier- to-autointegration factor, BAF / Barrier-to-autointegration factor, BAF superfamily / Barrier to autointegration factor / Barrier to autointegration factor
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Barrier-to-autointegration factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.004 Å
データ登録者Zinn-Justin, S. / Marcelot, A. / Le Du, M.H. / Ropars, V.
資金援助European Union, フランス, 2件
組織認可番号国
European Communitys Seventh Framework Programme653706European Union
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI) フランス
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Di-phosphorylated BAF shows altered structural dynamics and binding to DNA, but interacts with its nuclear envelope partners.
著者: Marcelot, A. / Petitalot, A. / Ropars, V. / Le Du, M.H. / Samson, C. / Dubois, S. / Hoffmann, G. / Miron, S. / Cuniasse, P. / Marquez, J.A. / Thai, R. / Theillet, F.X. / Zinn-Justin, S.
履歴
登録2020年9月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Barrier-to-autointegration factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9463
ポリマ－9,6801
非ポリマー2662
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area290 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area5330 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)70.320, 70.320, 40.625
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Barrier-to-autointegration factor / Breakpoint cluster region protein 1


分子量: 9679.849 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Phosphorylation of Serine at position 4 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BANF1, BAF, BCRG1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75531
#2: 化合物 ChemComp-CS / CESIUM ION / セシウムカチオン


分子量: 132.905 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: pBAF was crystallized by the hanging drop method against 0.2 M sodium fluoride, 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→36 Å / Num. obs: 2463 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.4 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 3→3.18 Å / Num. unique obs: 390 / CC1/2: 0.963 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3 (19-MAR-2020)精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ci4

1ci4


解像度: 3.004→35.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.821 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.668
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3261 171 9.51 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.2076 1799 73.2 %-
原子変位パラメータBiso max: 216.4 Å2 / Biso mean: 68.68 Å2 / Biso min: 22.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.2693 Å20 Å20 Å2
2---4.2693 Å20 Å2
3---8.5385 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.49 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.004→35.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数675 0 2 8 685
Biso mean--178.38 38.74 -
残基数----86
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d243SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes118HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it688HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion80SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact539SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d688HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg924HARMONIC20.97
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.72
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion24.39
LS精密化 シェル解像度: 3.16→3.3 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3951 32 14.22 %
Rwork0.2273 193 -
obs--38.23 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 26.9615 Å / Origin y: -7.0185 Å / Origin z: -1.6666 Å
111213212223313233
T-0.0008 Å20.0351 Å2-0.0743 Å2--0.2468 Å2-0.0956 Å2---0.2305 Å2
L5.9751 °2-1.8316 °2-2.3581 °2-12.687 °21.4938 °2--14.8564 °2
S-0.1588 Å °0.76 Å °-0.413 Å °-1.1314 Å °-0.3168 Å °0.5965 Å °-0.3331 Å °-0.5327 Å °0.4756 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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