[日本語] English
万見
- PDB-7aa5: Human TRPV4 structure in presence of 4a-PDD -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7aa5
タイトルHuman TRPV4 structure in presence of 4a-PDD
要素Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4,Green fluorescent protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ion channel. open-conformation / agonist / 4a-PDD
機能・相同性
機能・相同性情報


stretch-activated, monoatomic cation-selective, calcium channel activity / blood vessel endothelial cell delamination / regulation of response to osmotic stress / osmosensor activity / vasopressin secretion / positive regulation of striated muscle contraction / calcium ion import into cytosol / negative regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of microtubule depolymerization / positive regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production ...stretch-activated, monoatomic cation-selective, calcium channel activity / blood vessel endothelial cell delamination / regulation of response to osmotic stress / osmosensor activity / vasopressin secretion / positive regulation of striated muscle contraction / calcium ion import into cytosol / negative regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of microtubule depolymerization / positive regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / hyperosmotic salinity response / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / cartilage development involved in endochondral bone morphogenesis / cellular hypotonic salinity response / cellular hypotonic response / cortical microtubule organization / multicellular organismal-level water homeostasis / positive regulation of vascular permeability / osmosensory signaling pathway / cell-cell junction assembly / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / calcium ion import / cell volume homeostasis / cellular response to osmotic stress / regulation of aerobic respiration / TRP channels / cortical actin cytoskeleton / diet induced thermogenesis / positive regulation of macrophage chemotaxis / microtubule polymerization / calcium ion import across plasma membrane / response to mechanical stimulus / alpha-tubulin binding / beta-tubulin binding / monoatomic cation channel activity / cytoplasmic microtubule / SH2 domain binding / protein kinase C binding / actin filament organization / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / positive regulation of JNK cascade / filopodium / adherens junction / response to insulin / calcium ion transmembrane transport / positive regulation of interleukin-6 production / calcium channel activity / ruffle membrane / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of inflammatory response / actin filament binding / calcium ion transport / glucose homeostasis / lamellipodium / negative regulation of neuron projection development / cellular response to heat / actin binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / growth cone / actin cytoskeleton organization / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / microtubule binding / calmodulin binding / response to hypoxia / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cilium / apical plasma membrane / focal adhesion / lipid binding / protein kinase binding / cell surface / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Green fluorescent protein, GFP / Ankyrin repeat / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. ...Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Green fluorescent protein, GFP / Ankyrin repeat / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.18 Å
データ登録者Botte, M. / Ulrich, A.K.G. / Adaixo, R. / Gnutt, D. / Brockmann, A. / Bucher, D. / Chami, M. / Bocquet, M. / Ebbinghaus-Kintscher, U. / Puetter, V. ...Botte, M. / Ulrich, A.K.G. / Adaixo, R. / Gnutt, D. / Brockmann, A. / Bucher, D. / Chami, M. / Bocquet, M. / Ebbinghaus-Kintscher, U. / Puetter, V. / Becker, A. / Egner, U. / Stahlberg, H. / Hennig, M. / Holton, S.J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structural studies of the agonist complexed human TRPV4 ion-channel reveals novel structural rearrangements resulting in an open-conformation
著者: Botte, M. / Ulrich, A.K.G. / Adaixo, R. / Gnutt, D. / Brockmann, A. / Bucher, D. / Chami, M. / Bocquet, M. / Ebbinghaus-Kintscher, U. / Puetter, V. / Becker, A. / Egner, U. / Stahlberg, H. / ...著者: Botte, M. / Ulrich, A.K.G. / Adaixo, R. / Gnutt, D. / Brockmann, A. / Bucher, D. / Chami, M. / Bocquet, M. / Ebbinghaus-Kintscher, U. / Puetter, V. / Becker, A. / Egner, U. / Stahlberg, H. / Hennig, M. / Holton, S.J.
履歴
登録2020年9月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11690
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4,Green fluorescent protein
B: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4,Green fluorescent protein
C: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4,Green fluorescent protein
D: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4,Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)425,0075
ポリマ－424,9674
非ポリマー401
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area15950 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area118900 Å2
手法PISA

-
要素

#1: タンパク質
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4,Green fluorescent protein / TrpV4 / Osm-9-like TRP channel 4 / OTRPC4 / Transient receptor potential protein 12 / TRP12 / ...TrpV4 / Osm-9-like TRP channel 4 / OTRPC4 / Transient receptor potential protein 12 / TRP12 / Vanilloid receptor-like channel 2 / Vanilloid receptor-like protein 2 / VRL-2 / Vanilloid receptor-related osmotically-activated channel / VR-OAC


分子量: 106241.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: TRPV4, VRL2, VROAC, GFP
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: Q9HBA0, UniProt: P42212
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Human TRPV4 in complex with 4a-PDD / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
31Aequorea victoria (オワンクラゲ)6100
由来(組換発現)生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 283 K / 詳細: blot for 3 seconds before plunging

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 51215 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る