PDB-7a9j: Crystal structure of the R395G mutant form of Coronafacic Acid Li...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7a9j

タイトル

Crystal structure of the R395G mutant form of Coronafacic Acid Ligase from Pectobacterium brasiliense

要素

Cfl

キーワード

LIGASE

機能・相同性

機能・相同性情報

medium-chain fatty acid-CoA ligase activity / fatty acid metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Pectobacterium brasiliense (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.72 Å

データ登録者

Levy, C.W.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Discovery, characterization and engineering of ligases for amide synthesis.
著者: Winn, M. / Rowlinson, M. / Wang, F. / Bering, L. / Francis, D. / Levy, C. / Micklefield, J.

履歴

登録	2020年9月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年5月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7a9j.cif.gz	262.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7a9j.ent.gz	176.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7a9j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/7a9j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/7a9j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7a9iC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7a9i-d 4rz2-d 2ffj-d 5u2a-d 1w5m-d 2xsg-1 1dji-1 1djg-1 6wzq-d 4m1u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Cfl

ヘテロ分子

60.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.611, 115.167, 71.013
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-917- HOH

#1: タンパク質	Cfl / Ligase 分子量: 60306.312 Da / 分子数: 1 / 変異: R395G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pectobacterium brasiliense (バクテリア) 遺伝子: cfl, KCO_08370, KU74_07105 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M4GWN4
#2: 化合物	ChemComp-R4Z / 6-ethyl-1-oxidanylidene-indene-4-carboxylic acid 分子量: 202.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.25 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M ammonium sulfate, 0.05M magnesium sulphate heptahydrate, 0.1M Bicine pH 9, 20% v/v PEG smear medium Temp details: Cold room

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.72→71.01 Å / Num. obs: 68261 / % possible obs: 99.82 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 31.4 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.073 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 9.48
反射シェル	解像度: 1.72→1.781 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 1.16 / Mean I/σ(I) obs: 1.11 / Num. unique obs: 6717 / CC_1/2: 0.785 / CC star: 0.938 / R_pim(I) all: 0.5328 / % possible all: 99.35

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
DIALS		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse

解像度: 1.72→71.01 Å / SU ML: 0.1654 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.7547
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2077	3297	4.83 %
R_work	0.1724	64911	-
obs	0.1741	68208	99.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.72→71.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4003	0	25	323	4351

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0149	4155
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3031	5642
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0919	639
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0093	715
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.151	1533

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.72-1.74	0.3004	117	0.3018	2623	X-RAY DIFFRACTION	96.92
1.74-1.77	0.3108	142	0.2805	2647	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.77-1.8	0.2518	134	0.2523	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.54
1.8-1.83	0.2667	149	0.238	2682	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.83-1.86	0.2486	145	0.2219	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.65
1.86-1.89	0.2121	124	0.2108	2662	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.89-1.93	0.249	117	0.1967	2707	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.93-1.97	0.2173	127	0.1875	2675	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.97-2.01	0.1914	144	0.1786	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.01-2.06	0.2123	121	0.1716	2715	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.06-2.11	0.2017	136	0.1749	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.11-2.17	0.2056	130	0.1684	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.17-2.23	0.2106	117	0.1661	2720	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.23-2.3	0.1949	136	0.1694	2678	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.3-2.38	0.2204	143	0.168	2690	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.38-2.48	0.2145	143	0.1747	2698	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.48-2.59	0.2343	167	0.1789	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.73	0.2168	160	0.172	2715	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.73-2.9	0.2191	146	0.1798	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-3.12	0.239	131	0.1845	2732	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.12-3.44	0.2416	145	0.1733	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
3.44-3.94	0.181	132	0.1579	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
3.94-4.96	0.1555	147	0.1386	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
4.96-71.01	0.2139	144	0.18	2921	X-RAY DIFFRACTION	99.42

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.34261291509	0.377007525522	-0.385895043246	1.66957261886	-0.0568818721703	2.14374624405	0.0393487717315	-0.128893523817	-0.4259202034	0.205172363484	-0.0672361681561	0.0668095260962	0.451167883144	-0.16699686403	0.0206482777117	0.270798814721	-0.0411744991447	-0.0220538493715	0.20938574612	0.0276103257613	0.243088688105	67.8775554088	25.6257549235	60.9822111133
2	1.89387469249	0.498154919534	-0.482237175664	1.77708926109	-0.635339008633	2.37614693654	0.000321707769507	0.212797716212	0.0763580467132	-0.144795262334	0.102902056279	0.157112638797	-0.0697409721606	-0.15871573319	-0.110423764968	0.180669605974	-0.0398522724758	-0.0142565656421	0.228464413418	-0.00266114241185	0.206371045066	70.8046675517	44.1574229389	43.9334535974
3	3.79310605639	1.10132498107	2.42912112035	1.66755665819	0.381028286625	3.04835444991	-0.446387037859	0.0240007962643	0.861316157459	-0.0378806353302	0.157789675567	0.393777042582	-0.634433889782	0.114852367632	0.217779510201	0.478694181175	-0.0744448002166	-0.0366166930151	0.34019086977	-0.022231772314	0.472468351154	59.9835267774	47.9102608703	18.8266128196

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 22 through 197 )	22 - 197	23 - 194
2	2	chain 'A' and (resid 198 through 397 )	198 - 397	195 - 394
3	3	chain 'A' and (resid 398 through 537 )	398 - 516	395 - 509

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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