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万見
- PDB-7a9i: Crystal structure of Coronafacic Acid Ligase from Pectobacterium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a9i
タイトルCrystal structure of Coronafacic Acid Ligase from Pectobacterium brasiliense
要素Cfl
キーワードLIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


medium-chain fatty acid-CoA ligase activity / fatty acid metabolic process
類似検索 - 分子機能
ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / 6-ethyl-1-oxidanylidene-indene-4-carboxylic acid / Cfl
類似検索 - 構成要素
生物種Pectobacterium brasiliense (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Levy, C.W.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/K002341/1 英国
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Discovery, characterization and engineering of ligases for amide synthesis.
著者: Winn, M. / Rowlinson, M. / Wang, F. / Bering, L. / Francis, D. / Levy, C. / Micklefield, J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V.
履歴
登録2020年9月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cfl
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8945
ポリマ－60,4061
非ポリマー4874
水3,531196
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area660 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area22930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.828, 115.293, 70.942
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 Cfl / Ligase


分子量: 60406.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pectobacterium brasiliense (バクテリア)
遺伝子: cfl, KCO_08370, KU74_07105 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M4GWN4
#2: 化合物 ChemComp-R4Z / 6-ethyl-1-oxidanylidene-indene-4-carboxylic acid


分子量: 202.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H10O3
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.31 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2M ammonium sulfate, 0.1M sodium Hepes pH 7.5, 2% v/v Peg 400
Temp details: Cold room

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→64.51 Å / Num. obs: 37973 / % possible obs: 99.82 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 42.68 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 8.07
反射 シェル解像度: 2.1→2.175 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.252 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3717 / CC1/2: 0.742 / CC star: 0.923 / Rpim(I) all: 0.5237 / % possible all: 99.38

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
DIALSデータ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: inhouse

解像度: 2.1→64.51 Å / SU ML: 0.239 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.0074
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2293 1998 5.26 %
Rwork0.1947 35969 -
obs0.1966 37967 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→64.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3989 0 30 196 4215
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00854148
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07555633
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064637
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072713
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4866547
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.150.33311370.28292485X-RAY DIFFRACTION97.4
2.15-2.210.3391400.26832503X-RAY DIFFRACTION99.77
2.21-2.270.30581400.27592517X-RAY DIFFRACTION99.55
2.27-2.350.30421420.24562560X-RAY DIFFRACTION99.67
2.35-2.430.2921420.23022535X-RAY DIFFRACTION99.89
2.43-2.530.27071420.22122549X-RAY DIFFRACTION99.81
2.53-2.640.27041410.2092547X-RAY DIFFRACTION99.89
2.64-2.780.25811410.212555X-RAY DIFFRACTION99.78
2.78-2.960.25261420.22262566X-RAY DIFFRACTION99.96
2.96-3.190.24721430.21582565X-RAY DIFFRACTION99.93
3.19-3.510.24231440.19752588X-RAY DIFFRACTION100
3.51-4.010.1931440.17142599X-RAY DIFFRACTION100
4.01-5.060.18721460.15042640X-RAY DIFFRACTION99.96
5.06-64.510.20521540.18712760X-RAY DIFFRACTION99.97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.847363666520.3751357144190.4722923293531.650796865990.1123623789552.849672787320.0358188056562-0.200943776370.4604404177320.240726793653-0.0516561121889-0.0635909881308-0.4208882501320.1081171836930.01261622996610.315014991977-0.03959773577790.01704185301060.268563913053-0.01647026660550.30652949564310.021750983931.894284443925.6037392976
21.889078524980.7731256051550.5304487253171.319593980361.043679754973.00817184183-0.01803074744360.272289734636-0.167969721635-0.1778563246620.15544349992-0.1159190760250.1695158063170.149854366668-0.1250914067380.305345183019-0.05299862125930.00700982152820.3245680790270.01236322719860.3148884682676.8971785744113.62354701386.01516319764
32.364449310820.77855326084-2.236521908710.474183686469-0.4282836007282.35674411904-0.447827471381-0.135718008246-0.877565761006-0.2694783493020.169001868735-0.4766713824030.68453564575-0.04355911231560.2183231651780.539704012123-0.06899575586810.03820234452310.4102891118850.02857127192880.64885372565920.14981562288.67946932784-16.4260698972
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 22 through 197 )A22 - 19724 - 193
22chain 'A' and (resid 198 through 417 )A198 - 417194 - 410
33chain 'A' and (resid 418 through 537 )A - B418 - 580411

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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