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- PDB-7a9c: Human serum albumin (HSA) crystallized in the presence of yttrium... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a9c
タイトルHuman serum albumin (HSA) crystallized in the presence of yttrium (III) chloride
要素Albumin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / human serum albumin complexed with Y3+
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / cellular response to starvation / platelet alpha granule lumen / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / endoplasmic reticulum lumen / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin
類似検索 - ドメイン・相同性
YTTRIUM (III) ION / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Zocher, G. / Stehle, T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Cryst.Growth Des. / 年: 2020
タイトル: Protein Crystallization in the Presence of a Metastable Liquid-Liquid Phase Separation
著者: Maier, R. / Zocher, G. / Sauter, A. / Da Vela, S. / Matsarskaia, O. / Schweins, R. / Sztucki, M. / Zhang, F. / Stehle, T. / Schreiber, F.
履歴
登録2020年9月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,7213
ポリマ－66,5431
非ポリマー1782
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area350 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area29870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.270, 71.930, 180.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Albumin


分子量: 66543.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: MKWVTFISLLFLFSSAYSRGVFRRDAHKSEVAHRFKDLGEENFKALVLIAFAQYLQQCPF EDHVKLVNEVTEFAKTCVADESAENCDKSLHTLFGDKLCTVATLRETYGEMADCCAKQEP ERNECFLQHKDDNPNLPRLVRPEVDVMCTAFHDNEETFLKKYLYEIARRHPYFYAPELLF ...詳細: MKWVTFISLLFLFSSAYSRGVFRRDAHKSEVAHRFKDLGEENFKALVLIAFAQYLQQCPF EDHVKLVNEVTEFAKTCVADESAENCDKSLHTLFGDKLCTVATLRETYGEMADCCAKQEP ERNECFLQHKDDNPNLPRLVRPEVDVMCTAFHDNEETFLKKYLYEIARRHPYFYAPELLF FAKRYKAAFTECCQAADKAACLLPKLDELRDEGKASSAKQRLKCASLQKFGERAFKAWAV ARLSQRFPKAEFAEVSKLVTDLTKVHTECCHGDLLECADDRADLAKYICENQDSISSKLK ECCEKPLLEKSHCIAEVENDEMPADLPSLAADFVESKDVCKNYAEAKDVFLGMFLYEYAR RHPDYSVVLLLRLAKTYETTLEKCCAAADPHECYAKVFDEFKPLVEEPQNLIKQNCELFE QLGEYKFQNALLVRYTKKVPQVSTPTLVEVSRNLGKVGSKCCKHPEAKRMPCAEDYLSVV LNQLCVLHEKTPVSDRVTKCCTESLVNRRPCFSALEVDETYVPKEFNAETFTFHADICTL SEKERQIKKQTALVELVKHKPKATKEQLKAVMDDFAAFVEKCCKADDKETCFAEEGKKLV AASQAALGL
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: ALB, GIG20, GIG42, PRO0903, PRO1708, PRO2044, PRO2619, PRO2675, UNQ696/PRO1341
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02768
#2: 化合物 ChemComp-YT3 / YTTRIUM (III) ION


分子量: 88.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Y / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / 詳細: 2mM yttrium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.7 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年12月4日
放射モノクロメーター: DCCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→40 Å / Num. obs: 35814 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 16.2 % / Biso Wilson estimate: 75.7 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 2.75→2.82 Å / Num. unique obs: 2442 / CC1/2: 0.641 / % possible all: 93.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232 2018/13/08精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BXI

2bxi


解像度: 2.75→30.002 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 19.86 / SU ML: 0.379 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.423 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2946 1540 -
Rwork0.2385 17702 -
all0.243 --
obs-19242 99.319 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 79.473 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.112 Å2-0 Å2-0 Å2
2--5.641 Å2-0 Å2
3----4.529 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→30.002 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4535 0 2 0 4537
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0134641
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174249
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2031.656285
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0981.5779887
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.0695581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.70123.233232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.19815813
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2251523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0430.2604
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025174
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02935
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.21081
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1880.23797
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1550.22197
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0810.22353
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.2107
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.3880.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.4340.215
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1690.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1220.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.2230.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.52917.1342327
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.51717.1362325
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.28825.7342907
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.28225.7332907
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.54717.6872314
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.54617.6852315
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.53726.2013378
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.53626.23379
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it13.751161.60718655
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other13.752161.60718651
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.75-2.8210.4111010.3831164136192.94640.368
2.821-2.8970.3991090.3531254137599.12730.323
2.897-2.9810.3631040.313119613001000.281
2.981-3.0710.3921050.315120313081000.285
3.071-3.1710.302980.268113012281000.234
3.171-3.2810.3661000.267114412441000.231
3.281-3.4030.309920.279106511571000.25
3.403-3.540.372910.264104311341000.242
3.54-3.6950.296870.25299710841000.229
3.695-3.8730.339830.24195610391000.226
3.873-4.0790.274790.2419149931000.221
4.079-4.3210.263770.1928829591000.183
4.321-4.6130.288720.1968238951000.189
4.613-4.9720.243660.2027658311000.196
4.972-5.4320.271630.2337177801000.221
5.432-6.0480.327570.2766667231000.261
6.048-6.9370.324510.25658763999.84350.248
6.937-8.3850.254440.1935005441000.206
8.385-11.4210.174360.1544194551000.178
11.421-30.0020.304250.2632773021000.301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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