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- PDB-7a9b: Crystal structure of Shank1 PDZ domain with ARAP3-derived peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a9b
タイトルCrystal structure of Shank1 PDZ domain with ARAP3-derived peptide
要素SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1,Arf-GAP with Rho-GAP domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 3
キーワードPROTEIN BINDING / Shank1 / PDZ domain / protein-protein interaction / internal peptide binding motif / ARAP3 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


somatostatin receptor binding / determination of affect / synaptic receptor adaptor activity / synapse maturation / olfactory behavior / Neurexins and neuroligins / negative regulation of actin filament bundle assembly / structural constituent of postsynaptic density / righting reflex / protein localization to synapse ...somatostatin receptor binding / determination of affect / synaptic receptor adaptor activity / synapse maturation / olfactory behavior / Neurexins and neuroligins / negative regulation of actin filament bundle assembly / structural constituent of postsynaptic density / righting reflex / protein localization to synapse / vocalization behavior / habituation / regulation of AMPA receptor activity / ankyrin repeat binding / dendritic spine morphogenesis / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / adult behavior / positive regulation of dendritic spine development / associative learning / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / social behavior / CDC42 GTPase cycle / neuromuscular process controlling balance / excitatory synapse / RHOA GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / long-term memory / vesicle-mediated transport / ruffle / cytoskeleton organization / RAC1 GTPase cycle / G protein-coupled receptor binding / ionotropic glutamate receptor binding / Schaffer collateral - CA1 synapse / modulation of chemical synaptic transmission / SH3 domain binding / signaling receptor complex adaptor activity / lamellipodium / scaffold protein binding / protein-containing complex assembly / postsynaptic membrane / dendritic spine / postsynaptic density / cytoskeleton / neuron projection / glutamatergic synapse / synapse / dendrite / protein-containing complex binding / signal transduction / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
ARAP, RhoGAP domain / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / ARF GTPase-activating proteins domain profile. / Putative GTP-ase activating proteins for the small GTPase, ARF / ARFGAP/RecO-like zinc finger / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain ...ARAP, RhoGAP domain / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / ARF GTPase-activating proteins domain profile. / Putative GTP-ase activating proteins for the small GTPase, ARF / ARFGAP/RecO-like zinc finger / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain / PDZ domain 6 / PDZ domain / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Variant SH3 domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / Rho GTPase activation protein / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / PH domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / Ankyrin repeats (3 copies) / PDZ superfamily / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Arf-GAP with Rho-GAP domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 3 / SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Mariam McAuley, M. / Ali, M. / Ivarsson, Y. / Knapp, S. / Joerger, A.C. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助1件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission675341
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Shank1 PDZ domain with ARAP3-derived peptide
著者: Mariam McAuley, M. / Ali, M. / Ivarsson, Y. / Knapp, S. / Joerger, A.C. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2020年9月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1,Arf-GAP with Rho-GAP domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 3
B: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1,Arf-GAP with Rho-GAP domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1843
ポリマ－30,1222
非ポリマー621
水2,198122
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4000 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area12840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.799, 67.799, 248.967
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6

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要素

#1: タンパク質 SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1,Arf-GAP with Rho-GAP domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 3 / Shank1 / GKAP/SAPAP-interacting protein / SPANK-1 / Somatostatin receptor-interacting protein / ...Shank1 / GKAP/SAPAP-interacting protein / SPANK-1 / Somatostatin receptor-interacting protein / SSTRIP / Synamon / Centaurin-delta-3 / Cnt-d3


分子量: 15061.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: Shank1, ARAP3, CENTD3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WV48, UniProt: Q8WWN8
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 nL of protein solution (15 mg/ml mutant protein in 10 mM HEPES buffer, pH 8.0, 150 mM NaCl, 5% (v/v) glycerol and 0.5 mM TCEP) were mixed with 100 nL reservoir buffer (16% (w/v) ...詳細: 100 nL of protein solution (15 mg/ml mutant protein in 10 mM HEPES buffer, pH 8.0, 150 mM NaCl, 5% (v/v) glycerol and 0.5 mM TCEP) were mixed with 100 nL reservoir buffer (16% (w/v) polyethylene glycol 3350 and 0.2 M ammonium citrate), above a reservoir volume of 20 microL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→47.932 Å / Num. obs: 24047 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 31.7924470837 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 9.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1716 / CC1/2: 0.78 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Q3O

1q3o


解像度: 2→47.9319903751 Å / SU ML: 0.242939563759 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34056753806 / 位相誤差: 24.0847388415
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249057148164 1209 5.0492816572 %
Rwork0.200578430683 22735 -
obs0.203122312625 23944 99.887363898 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.1341826172 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→47.9319903751 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1858 0 4 122 1984
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006091838123121902
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7601419562482574
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0496298246419297
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00612171623386335
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.66656623761126
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.08010.2700982427221230.235874218382425X-RAY DIFFRACTION99.5701445877
2.0801-2.17480.2751540061561210.2253679397422491X-RAY DIFFRACTION99.8852772467
2.1748-2.28940.2478919039311220.2209640764422452X-RAY DIFFRACTION99.8835855646
2.2894-2.43290.271634639341370.2266255800072488X-RAY DIFFRACTION100
2.4329-2.62070.2685032190881230.2258171287442494X-RAY DIFFRACTION99.8854961832
2.6207-2.88440.2823989602331360.2226338453192496X-RAY DIFFRACTION100
2.8844-3.30170.2767368082381380.2111682264962540X-RAY DIFFRACTION99.962672639
3.3017-4.15940.2611915997141580.1694598522612567X-RAY DIFFRACTION100
4.1594-47.90.2021054762691510.1880444884252782X-RAY DIFFRACTION99.8638066054
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.006830819382.961709568474.95054368755.532069321052.648045794784.08780677702-0.01631011079930.123848769991-0.398174636030.0840013911058-0.758615463675-0.03385666885330.258554926292-0.6018930486660.6617635537180.589083563658-0.1851092807250.1276712319370.8563024889650.02310713994240.903403077535-15.6654543131-3.88434434456-18.7561123862
23.711201415314.55388065473-3.076491612385.60295410867-3.768473499872.58695139513-0.0893662860762-0.2548355502780.0335489537129-0.571541741204-0.1666280122190.142575887768-0.5097356818860.03612175483270.0994141942240.528637578636-0.156043359896-0.03606807223760.1933481975860.01206312522770.3762895177111.5747216501513.3397291104-21.7698352851
31.674874694541.06271357098-0.9880994117382.96477922107-0.9651545474111.39606527099-0.0704341820530.01454684944640.195184581437-0.2720555234380.214226836738-0.327667420036-0.6132302416170.6056109859230.1080986383360.622939802163-0.5645210755650.01829189439350.1310784498110.01106420843130.36983391151313.070088316721.4304097146-12.9048451988
48.19513309558-1.18262902349-3.071572096957.616278876561.043140766733.034642848880.262988554792-0.919985607171-2.897549627731.25589387105-0.36742626558-1.678356762791.514469342741.02020989884-0.03819087882940.583277155537-0.000108157711874-0.1075666520940.5446740197230.1445894466911.0340053795514.866417099-3.03367809793-9.48000049106
54.814911006140.4209866649150.3097655693133.35403647066-1.287578803044.006126184180.0923709244719-0.0475523746628-0.5535032848110.0695802130247-0.08483743881570.09797675036560.2077090931650.1619337047840.0203584622590.245656002719-0.070787005621-0.0008552912459520.176996811870.01734873497580.2914182343485.099789960955.17984217667-12.9689615018
62.593586472150.263380987808-0.3365664142968.09739570276-1.356073607121.697814973130.218078842035-0.0686052865870.4188229200570.4131899561390.1099555101730.314800633931-0.492475159137-0.0341483280240.01188248335240.91456259068-0.2458939084570.07420670787860.02020488124580.03473752585490.3314173396164.116706242725.2901957465-13.8548479276
73.26968589022-1.75103406439-2.008024853163.451481687390.9433223819272.569564428150.1699035961990.1252797826530.0446219019371-0.236912492871-0.1149799633320.0345989504817-0.4872447833370.0301408114895-0.02238250954110.377946719255-0.118768412489-0.03007603358270.2287250840090.0413829830340.3201086780874.5717002265412.8956353983-16.4987200815
83.07950469085-1.90834265672.636295821242.10179952068-2.955809853284.29836398629-0.06139063017370.487266427459-0.108660387741-0.396007327412-0.273986914369-0.63256398419-0.3900339817491.01099177120.3524107030480.309228760919-0.1274041545160.03422137990630.3233474102290.03325265267970.34516809991713.55285416936.1673645305-20.8148182755
94.134844102451.99060169317-2.279502388911.86576679785-2.126756613384.18218324285-0.207345418188-0.0176338074103-0.379253603778-0.103880777469-0.143559568441-0.751524240808-0.2548314196170.6907420876630.2408092195870.32819710008-0.389235899610.01569048681670.5052028822850.01692390847990.37375829075518.990066789311.6617241068-15.1305273464
105.278741542444.54577450988-1.385898113234.19753945726-1.610373902970.8873585529570.0328927771725-0.3945470626390.181568948576-0.161376588738-0.1501528337210.110871347189-0.8209266610150.211875347016-0.08538699121230.457159924344-0.2031154282290.02869014527480.236186439826-0.001465606069110.3315231722934.8764863072113.2891116009-19.3584333719
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 650 through 656 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 657 through 667 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 668 through 680 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 681 through 689 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 690 through 705 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 706 through 714 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 715 through 725 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 726 through 734 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 735 through 745 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 746 through 758 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 759 through 785 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 650 through 667 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 668 through 705 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 706 through 714 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 715 through 734 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 735 through 761 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 762 through 771 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 772 through 776 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 777 through 787 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る