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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7a99 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Phe57Trp mutant of the arginine-bound form of domain 1 from TmArgBP | ||||||
![]() | Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein,Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Arginine ligand / Arginine sensing / protein dissection | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Balasco, N. / Vitagliano, L. / Smaldone, G. / Ruggiero, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Development of a Protein Scaffold for Arginine Sensing Generated through the Dissection of the Arginine-Binding Protein from Thermotoga maritima . 著者: Smaldone, G. / Ruggiero, A. / Balasco, N. / Vitagliano, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 71.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 52.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 891.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 893.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6gpcS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15226.337 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 遺伝子: TM_0593 / 株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.93 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.79→56.19 Å / Num. obs: 25021 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4 % / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 27.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.79→1.87 Å / Num. unique obs: 3013 / Rpim(I) all: 0.317 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6GPC 解像度: 1.79→56.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 2.95 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 79.53 Å2 / Biso mean: 24.745 Å2 / Biso min: 12.1 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.79→56.19 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.79→1.834 Å / Rfactor Rfree error: 0
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