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- PDB-7a8w: Complex of rice blast (Magnaporthe oryzae) effector protein AVR-P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a8w
タイトルComplex of rice blast (Magnaporthe oryzae) effector protein AVR-PikC with an engineered HMA domain of Pikp-1 from rice (Oryza sativa)
要素
  • NBS-LRR class disease resistance protein
  • Uncharacterized protein
キーワードANTIFUNGAL PROTEIN / Fungal effector / HMA domain / NLR protein / MAX effector
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to other organism / ADP binding / ATP hydrolysis activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / AVR-Pik-like, HMA interaction domain / Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein Winged helix domain / Disease resistance protein, plants / NB-ARC / NB-ARC domain / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA ...: / AVR-Pik-like, HMA interaction domain / Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein Winged helix domain / Disease resistance protein, plants / NB-ARC / NB-ARC domain / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / : / Leucine-rich repeat region / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
NBS-LRR class disease resistance protein / AVR-Pik-like HMA interaction domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
Magnaporthe oryzae (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Maidment, J.H.R. / De la Concepcion, J.C. / Franceschetti, M. / Banfield, M.J.
資金援助 英国, 5件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M011216/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P012574 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M02198X 英国
European Research Council (ERC)743165 英国
John Innes FoundationRotation Programme 英国
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2021
タイトル: The allelic rice immune receptor Pikh confers extended resistance to strains of the blast fungus through a single polymorphism in the effector binding interface.
著者: De la Concepcion, J.C. / Maidment, J.H.R. / Longya, A. / Xiao, G. / Franceschetti, M. / Banfield, M.J.
履歴
登録2020年8月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: NBS-LRR class disease resistance protein
BBB: NBS-LRR class disease resistance protein
CCC: Uncharacterized protein
DDD: NBS-LRR class disease resistance protein
EEE: NBS-LRR class disease resistance protein
FFF: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1836
ポリマ－56,1836
非ポリマー00
水1,40578
1
AAA: NBS-LRR class disease resistance protein
BBB: NBS-LRR class disease resistance protein
CCC: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0923
ポリマ－28,0923
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
DDD: NBS-LRR class disease resistance protein
EEE: NBS-LRR class disease resistance protein
FFF: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0923
ポリマ－28,0923
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.784, 80.205, 105.683
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
NBS-LRR class disease resistance protein / NBS-LRR class disease resistance protein Pikh-1


分子量: 8622.131 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
遺伝子: Pi-km1, Pikh-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D5L9G5
#2: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 10847.306 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Magnaporthe oryzae (strain 70-15 / ATCC MYA-4617 / FGSC 8958) (菌類)
株: 70-15 / ATCC MYA-4617 / FGSC 8958 / 遺伝子: MGG_15972 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G4MXW3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.12 M Monosaccharides (0.2M D-Glucose; 0.2M D-Mannose; 0.2M D-Galactose; 0.2M L-Fucose; 0.2M D-Xylose; 0.2M N-Acetyl-D-Glucosamine); 0.1 M Buffer system 2 (Sodium HEPES; MOPS (acid)) pH 7.5; ...詳細: 0.12 M Monosaccharides (0.2M D-Glucose; 0.2M D-Mannose; 0.2M D-Galactose; 0.2M L-Fucose; 0.2M D-Xylose; 0.2M N-Acetyl-D-Glucosamine); 0.1 M Buffer system 2 (Sodium HEPES; MOPS (acid)) pH 7.5; 37.5% v/v Precipitant mix 4 (25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→46.17 Å / Num. obs: 31604 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.2 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 23.9
反射 シェル解像度: 2.15→2.22 Å / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.996 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2694 / CC1/2: 0.925 / Rpim(I) all: 0.278 / Rrim(I) all: 1.034 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSdata processing
Aimless0.6.1データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
REFMAC5.8.0266精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5A6W

5a6w


解像度: 2.15→44.165 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 7.997 / SU ML: 0.191 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.204 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2722 1510 4.786 %
Rwork0.2241 30038 -
all0.227 --
obs-31548 99.921 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 63.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.396 Å2-0 Å20 Å2
2--7.349 Å2-0 Å2
3----2.953 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→44.165 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3443 0 0 78 3521
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0133507
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173563
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4791.6294716
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1831.5998223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4365444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.04722.756156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.84715669
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7231521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2450
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023879
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02728
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.2612
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1790.23237
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1520.21651
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0780.21908
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.2122
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0520.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1720.212
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.210.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1920.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.6316.0481794
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.6236.0471793
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.2919.0382226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.2919.0392227
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.1176.5641713
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.1146.5631713
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.3049.6182488
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.2949.6172488
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it9.14669.8053669
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other9.14869.7883662

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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