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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7a8v | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Polysaccharide monooxygenase from P.verruculosum | ||||||
要素 | Lytic polysaccharide monooxygenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / MONOOXYGENASE / P.verruculosum | ||||||
機能・相同性 | Auxiliary Activity family 9 / Auxiliary Activity family 9 (formerly GH61) / monooxygenase activity / extracellular region / COPPER (II) ION / alpha-D-mannopyranose / Lytic polysaccharide monooxygenase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Talaromyces verruculosus (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.94961087137 Å | ||||||
データ登録者 | Nemashkalov, V. / Kravchenko, O. / Gabdulkhakov, A. / Tischenko, S. / Rozhkova, A. / Sinitsyn, A. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of Polysaccharide monooxygenase from P.verruculosum 著者: Nemashkalov, V. / Kravchenko, O. / Gabdulkhakov, A. / Tischenko, S. / Rozhkova, A. / Sinitsyn, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7a8v.cif.gz | 68.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7a8v.ent.gz | 47.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7a8v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7a8v_validation.pdf.gz | 4.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7a8v_full_validation.pdf.gz | 4.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7a8v_validation.xml.gz | 13.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7a8v_validation.cif.gz | 20.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/7a8v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/7a8v | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4eisS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 24367.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Talaromyces verruculosus (菌類) / 遺伝子: lpmo1 / 発現宿主: Penicillium canescens (菌類) / 参照: UniProt: A0A482A9N4 |
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-糖 , 2種, 8分子
#2: 糖 | #3: 糖 | ChemComp-MAN / |
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-非ポリマー , 3種, 261分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CU / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.24 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: cobalt chloride, MES, ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2020年4月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.94→33.04 Å / Num. obs: 29254 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.04 % / Biso Wilson estimate: 10.7624280739 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1038 / Net I/σ(I): 10.28 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.2844 / Num. unique obs: 3860 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4EIS 解像度: 1.94961087137→33.03625 Å / SU ML: 0.173506366293 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34760157227 / 位相誤差: 16.3330556472 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.3679876308 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.94961087137→33.03625 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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