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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7a8s | ||||||
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タイトル | de novo designed ba8-barrel sTIM11 with an alpha-helical extension | ||||||
![]() | sTIM11_h3 | ||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN / Protein design / TIM-barrel / sTIM11 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shanmugaratnam, S. / Wiese, J.G. / Hocker, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Extension of a de novo TIM barrel with a rationally designed secondary structure element. 著者: Wiese, J.G. / Shanmugaratnam, S. / Hocker, B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 159.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 106.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 447.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 448.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5bvlS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23526.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 遺伝子: sTIM11_h3 / プラスミド: pET21b(+) / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.92 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M Lithium sulfate, 0.1M Tris pH 8.5, 30% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月11日 / 詳細: vertically collimating mirror |
放射 | モノクロメーター: Bartels Monochromator with dual channel cut crystals (DCCM) in (+--+) geometry, and a toroidal mirror (M2) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00003 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.58→47.23 Å / Num. obs: 197971 / % possible obs: 96.91 % / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 25.44 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 12.75 |
反射 シェル | 解像度: 1.58→1.64 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 2.161 / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 8063 / CC1/2: 0.321 / CC star: 0.697 / Rpim(I) all: 1.178 / Rrim(I) all: 2.484 / % possible all: 78.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5BVL 解像度: 1.58→47.23 Å / SU ML: 0.3038 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.905 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.16 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.58→47.23 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -15.9774998632 Å / Origin y: 8.1106254945 Å / Origin z: 6.12174854739 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: (chain 'A' and resid 1 through 190) |