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- PDB-7a8s: de novo designed ba8-barrel sTIM11 with an alpha-helical extension -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a8s
タイトルde novo designed ba8-barrel sTIM11 with an alpha-helical extension
要素sTIM11_h3
キーワードDE NOVO PROTEIN / Protein design / TIM-barrel / sTIM11
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Shanmugaratnam, S. / Wiese, J.G. / Hocker, B.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2021
タイトル: Extension of a de novo TIM barrel with a rationally designed secondary structure element.
著者: Wiese, J.G. / Shanmugaratnam, S. / Hocker, B.
履歴
登録2020年8月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年4月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: sTIM11_h3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6864
ポリマ－23,5261
非ポリマー1603
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area320 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area9970 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)50.510, 50.510, 133.274
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-386-

HOH

21A-404-

HOH

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要素

#1: タンパク質 sTIM11_h3


分子量: 23526.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 遺伝子: sTIM11_h3 / プラスミド: pET21b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M Lithium sulfate, 0.1M Tris pH 8.5, 30% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月11日 / 詳細: vertically collimating mirror
放射モノクロメーター: Bartels Monochromator with dual channel cut crystals (DCCM) in (+--+) geometry, and a toroidal mirror (M2)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→47.23 Å / Num. obs: 197971 / % possible obs: 96.91 % / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 25.44 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 12.75
反射 シェル解像度: 1.58→1.64 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 2.161 / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 8063 / CC1/2: 0.321 / CC star: 0.697 / Rpim(I) all: 1.178 / Rrim(I) all: 2.484 / % possible all: 78.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS20180126データ削減
XSCALE20180126データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.16_3549精密化
Coot0.89モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BVL

5bvl


解像度: 1.58→47.23 Å / SU ML: 0.3038 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.905
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2399 1191 4.99 %Random selection
Rwork0.1995 22661 --
obs0.2015 23852 96.91 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→47.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1574 0 9 104 1687
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00741710
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09162322
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0479233
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065307
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.5906673
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.58-1.640.48351060.44932021X-RAY DIFFRACTION79.96
1.64-1.720.34711310.35932497X-RAY DIFFRACTION98.35
1.72-1.810.3591250.34082399X-RAY DIFFRACTION93.93
1.81-1.920.31441340.24922539X-RAY DIFFRACTION99.93
1.92-2.070.20911350.2012567X-RAY DIFFRACTION100
2.07-2.280.23261360.192585X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.610.21671370.18912605X-RAY DIFFRACTION99.78
2.61-3.280.26591380.1932630X-RAY DIFFRACTION99.68
3.28-47.230.20491490.16722818X-RAY DIFFRACTION99.9
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -15.9774998632 Å / Origin y: 8.1106254945 Å / Origin z: 6.12174854739 Å
111213212223313233
T0.171402486937 Å2-0.0220596373522 Å20.0103392016323 Å2-0.125223654185 Å2-0.0421540249996 Å2--0.166046760106 Å2
L3.86555929651 °2-0.0395390482216 °2-1.16221320837 °2-1.160911216 °2-0.219411972544 °2--2.20032912949 °2
S-0.0127440163343 Å °-0.223222294885 Å °-0.0417442909329 Å °0.0489277986062 Å °0.0296617819655 Å °-0.00709166593386 Å °-0.0670259298213 Å °0.0454382672731 Å °-0.0172563816397 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain 'A' and resid 1 through 190)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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