PDB-7a8r: Structure of RecQL from Bos taurus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7a8r

タイトル

Structure of RecQL from Bos taurus

要素

ATP-dependent DNA helicase

キーワード

RECOMBINATION / helicase / DNA repair / Holliday junction

機能・相同性

機能・相同性情報

: / four-way junction helicase activity / DNA 3'-5' helicase / 3'-5' DNA helicase activity / double-strand break repair via homologous recombination / chromosome / nucleic acid binding / hydrolase activity / ATP binding / metal ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.31 Å

データ登録者

Rety, S. / Chen, W.F. / Xi, X.G.

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Endogenous Bos taurus RECQL is predominantly monomeric and more active than oligomers.
著者: Liu, N.N. / Song, Z.Y. / Guo, H.L. / Yin, H. / Chen, W.F. / Dai, Y.X. / Xin, B.G. / Ai, X. / Ji, L. / Wang, Q.M. / Hou, X.M. / Dou, S.X. / Rety, S. / Xi, X.G.

履歴

登録	2020年8月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7a8r.cif.gz	522.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7a8r.ent.gz	359.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7a8r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7a8r_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7a8r_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	7a8r_validation.xml.gz	21.9 KB	表示
CIF形式データ	7a8r_validation.cif.gz	33.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/7a8r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/7a8r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4u7dS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7a8r-2 7a20-1 4oli-d 2b7d-d 6xoy-d 1c29-d 1c8v-d 6jhi-d 3ut6-d 2wsy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ATP-dependent DNA helicase

B: ATP-dependent DNA helicase

ヘテロ分子

122 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ATP-dependent DNA helicase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: SAXS
61.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ATP-dependent DNA helicase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
61.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.576, 117.224, 203.819
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	ATP-dependent DNA helicase 分子量: 60555.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: RECQL 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0JN36, DNA helicase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.13 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG 20K 11-16% Hepes 100mM

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.31→23.16 Å / Num. obs: 44709 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 49.3 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.083 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 15.2
反射シェル	解像度: 2.32→2.539 Å / R_merge(I) obs: 0.733 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2235 / CC_1/2: 0.443 / R_pim(I) all: 0.545 / R_rim(I) all: 0.866

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS	BUILT 20190315)	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4U7D

4u7d

解像度: 2.31→23.16 Å / SU ML: 0.2637 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.6981
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2528	2299	5.15 %
R_work	0.2014	42380	-
obs	0.204	44679	75.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.31→23.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8466	0	58	94	8618

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0042	8700
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8096	11740
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0471	1295
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0044	1479
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.7967	3298

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.31-2.36	0.3537	10	0.2856	216	X-RAY DIFFRACTION	6.25
2.36-2.41	0.2469	15	0.3055	330	X-RAY DIFFRACTION	9.35
2.41-2.47	0.2812	24	0.2883	570	X-RAY DIFFRACTION	16.58
2.47-2.54	0.2863	59	0.2927	1104	X-RAY DIFFRACTION	31.31
2.54-2.62	0.3169	112	0.2912	2021	X-RAY DIFFRACTION	58.41
2.62-2.7	0.3129	152	0.2909	2853	X-RAY DIFFRACTION	81.97
2.7-2.8	0.3293	166	0.2823	3335	X-RAY DIFFRACTION	94.39
2.8-2.91	0.3543	183	0.2739	3485	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.91-3.04	0.2972	194	0.2617	3461	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.04-3.2	0.2811	225	0.26	3474	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.4	0.2971	183	0.2289	3543	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4-3.66	0.2858	181	0.2023	3555	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.66-4.03	0.2574	205	0.184	3517	X-RAY DIFFRACTION	99.84
4.03-4.61	0.2156	179	0.1527	3585	X-RAY DIFFRACTION	99.95
4.61-5.79	0.2193	204	0.165	3577	X-RAY DIFFRACTION	99.71
5.79-23.16	0.184	207	0.1698	3754	X-RAY DIFFRACTION	99.5

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.80692481411	-0.0544847376306	-0.353765646902	3.47032398926	1.42750939779	5.22728038776	0.0813275122972	-0.0967422939905	0.100579024173	0.276671418627	-0.0939870074088	0.0495532949378	-0.498601879062	0.00340748545921	0.000836923266137	0.55873308233	-0.0260355783494	-0.0238411966207	0.312641870015	0.0311478671789	0.278828221066	23.4474015134	38.5580783613	90.8215445329
2	0.799643396402	0.122214714751	0.136428162736	1.91447632951	-0.287053732286	3.09268581526	0.0463180160998	-0.127539420768	0.108795234824	0.239272111024	0.0106971600428	0.219168601236	0.059263908449	-0.395751417345	-0.0842658154338	0.210265971877	-0.0490619938733	0.0743768238974	0.354094456645	-0.0560233939457	0.373515504348	8.30518060986	31.2964449892	58.4515054712
3	2.86813271959	-2.30458968359	0.51936010966	2.62148482519	-0.686475081093	0.877416751187	0.0495530399044	0.0576924357868	0.313096651847	-0.189622110851	-0.0800471500293	-0.470712467162	0.115404190673	0.0784542404399	0.0322333662877	0.271013308092	-0.0626480735311	0.0973705285785	0.387220402833	-0.0331679960141	0.524131243579	42.2014149379	11.2231014267	41.6417383363
4	1.53313904834	-0.497182727479	0.347756164608	2.98432792185	0.419422832572	2.85093153412	0.299435784648	0.251344158316	-0.000515280804308	-0.97783878604	-0.270164911448	-0.137233877425	0.299141053073	-0.033788927029	-0.0299562846424	0.778547635831	0.0800453729765	0.125745063254	0.382169863209	0.044721305055	0.373255834605	21.1512201115	17.166970765	12.4185575266

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 62 through 285 )	A	A	62 - 285	1 - 224
2	2	chain 'A' and (resid 286 through 592 )	A	A	286 - 592	225 - 531
3	3	chain 'B' and (resid 63 through 285 )	B	E	63 - 285	1 - 223
4	4	chain 'B' and (resid 286 through 592 )	B	E	286 - 592	224 - 530

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