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- PDB-7a7b: Bacillithiol Disulfide Reductase Bdr (YpdA) from Staphylococcus aureus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a7b
タイトルBacillithiol Disulfide Reductase Bdr (YpdA) from Staphylococcus aureus
要素YpdA family putative bacillithiol disulfide reductase Bdr
キーワードOXIDOREDUCTASE / disulfide reductase / FAD / flavoprotein / NADPH
機能・相同性Bacilliredoxin reductase Bdr / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / : / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / oxidoreductase activity / nucleotide binding / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Hammerstad, M. / Hersleth, H.-P.
資金援助 ノルウェー, 2件
組織認可番号国
Research Council of Norway231669 ノルウェー
Research Council of Norway301584 ノルウェー
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: The Crystal Structures of Bacillithiol Disulfide Reductase Bdr (YpdA) Provide Structural and Functional Insight into a New Type of FAD-Containing NADPH-Dependent Oxidoreductase.
著者: Hammerstad, M. / Gudim, I. / Hersleth, H.P.
履歴
登録2020年8月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: YpdA family putative bacillithiol disulfide reductase Bdr
B: YpdA family putative bacillithiol disulfide reductase Bdr
C: YpdA family putative bacillithiol disulfide reductase Bdr
D: YpdA family putative bacillithiol disulfide reductase Bdr
E: YpdA family putative bacillithiol disulfide reductase Bdr
F: YpdA family putative bacillithiol disulfide reductase Bdr
G: YpdA family putative bacillithiol disulfide reductase Bdr
H: YpdA family putative bacillithiol disulfide reductase Bdr
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)302,72619
ポリマ－294,2118
非ポリマー8,51511
水46826
1
A: YpdA family putative bacillithiol disulfide reductase Bdr
B: YpdA family putative bacillithiol disulfide reductase Bdr
C: YpdA family putative bacillithiol disulfide reductase Bdr
D: YpdA family putative bacillithiol disulfide reductase Bdr
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,73510
ポリマ－147,1064
非ポリマー4,6296
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16380 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area52810 Å2
手法PISA
2
E: YpdA family putative bacillithiol disulfide reductase Bdr
F: YpdA family putative bacillithiol disulfide reductase Bdr
ヘテロ分子

E: YpdA family putative bacillithiol disulfide reductase Bdr
F: YpdA family putative bacillithiol disulfide reductase Bdr
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,73510
ポリマ－147,1064
非ポリマー4,6296
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+1/31
Buried area16320 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area53210 Å2
手法PISA
3
G: YpdA family putative bacillithiol disulfide reductase Bdr
H: YpdA family putative bacillithiol disulfide reductase Bdr
ヘテロ分子

G: YpdA family putative bacillithiol disulfide reductase Bdr
H: YpdA family putative bacillithiol disulfide reductase Bdr
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,2488
ポリマ－147,1064
非ポリマー3,1424
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_435x-y-1,-y-2,-z1
Buried area14260 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area54550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)179.315, 179.315, 349.336
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
71

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETILEILE(chain 'A' and (resid 1 through 27 or resid 29...AA1 - 271 - 27
12THRTHRPHEPHE(chain 'A' and (resid 1 through 27 or resid 29...AA29 - 5029 - 50
13SERSERGLUGLU(chain 'A' and (resid 1 through 27 or resid 29...AA52 - 6752 - 67
14SERSERHISHIS(chain 'A' and (resid 1 through 27 or resid 29...AA69 - 8769 - 87
15LEULEUMETMET(chain 'A' and (resid 1 through 27 or resid 29...AA89 - 10389 - 103
16ASNASNGLNGLN(chain 'A' and (resid 1 through 27 or resid 29...AA105 - 323105 - 323
17FADFADFADFAD(chain 'A' and (resid 1 through 27 or resid 29...AI401
28METMETILEILE(chain 'B' and (resid 1 through 27 or resid 29...BB1 - 271 - 27
29THRTHRPHEPHE(chain 'B' and (resid 1 through 27 or resid 29...BB29 - 5029 - 50
210SERSERGLUGLU(chain 'B' and (resid 1 through 27 or resid 29...BB52 - 6752 - 67
211SERSERHISHIS(chain 'B' and (resid 1 through 27 or resid 29...BB69 - 8769 - 87
212LEULEUMETMET(chain 'B' and (resid 1 through 27 or resid 29...BB89 - 10389 - 103
213ASNASNGLNGLN(chain 'B' and (resid 1 through 27 or resid 29...BB105 - 323105 - 323
214FADFADFADFAD(chain 'B' and (resid 1 through 27 or resid 29...BJ401
315METMETILEILE(chain 'C' and (resid 1 through 27 or resid 29...CC1 - 271 - 27
316THRTHRPHEPHE(chain 'C' and (resid 1 through 27 or resid 29...CC29 - 5029 - 50
317SERSERGLUGLU(chain 'C' and (resid 1 through 27 or resid 29...CC52 - 6752 - 67
318SERSERHISHIS(chain 'C' and (resid 1 through 27 or resid 29...CC69 - 8769 - 87
319LEULEUMETMET(chain 'C' and (resid 1 through 27 or resid 29...CC89 - 10389 - 103
320ASNASNGLNGLN(chain 'C' and (resid 1 through 27 or resid 29...CC105 - 323105 - 323
321FADFADFADFAD(chain 'C' and (resid 1 through 27 or resid 29...CK401
422METMETILEILE(chain 'D' and (resid 1 through 27 or resid 29...DD1 - 271 - 27
423THRTHRPHEPHE(chain 'D' and (resid 1 through 27 or resid 29...DD29 - 5029 - 50
424SERSERGLUGLU(chain 'D' and (resid 1 through 27 or resid 29...DD52 - 6752 - 67
425SERSERHISHIS(chain 'D' and (resid 1 through 27 or resid 29...DD69 - 8769 - 87
426LEULEUMETMET(chain 'D' and (resid 1 through 27 or resid 29...DD89 - 10389 - 103
427ASNASNGLNGLN(chain 'D' and (resid 1 through 27 or resid 29...DD105 - 323105 - 323
428FADFADFADFAD(chain 'D' and (resid 1 through 27 or resid 29...DM401
529METMETILEILE(chain 'E' and (resid 1 through 27 or resid 29...EE1 - 271 - 27
530THRTHRPHEPHE(chain 'E' and (resid 1 through 27 or resid 29...EE29 - 5029 - 50
531SERSERGLUGLU(chain 'E' and (resid 1 through 27 or resid 29...EE52 - 6752 - 67
532SERSERHISHIS(chain 'E' and (resid 1 through 27 or resid 29...EE69 - 8769 - 87
533LEULEUMETMET(chain 'E' and (resid 1 through 27 or resid 29...EE89 - 10389 - 103
534ASNASNGLNGLN(chain 'E' and (resid 1 through 27 or resid 29...EE105 - 323105 - 323
535FADFADFADFAD(chain 'E' and (resid 1 through 27 or resid 29...EO401
636METMETILEILE(chain 'F' and (resid 1 through 27 or resid 29...FF1 - 271 - 27
637THRTHRPHEPHE(chain 'F' and (resid 1 through 27 or resid 29...FF29 - 5029 - 50
638SERSERGLUGLU(chain 'F' and (resid 1 through 27 or resid 29...FF52 - 6752 - 67
639SERSERHISHIS(chain 'F' and (resid 1 through 27 or resid 29...FF69 - 8769 - 87
640LEULEUMETMET(chain 'F' and (resid 1 through 27 or resid 29...FF89 - 10389 - 103
641ASNASNGLNGLN(chain 'F' and (resid 1 through 27 or resid 29...FF105 - 323105 - 323
642FADFADFADFAD(chain 'F' and (resid 1 through 27 or resid 29...FP401
743METMETILEILE(chain 'H' and (resid 1 through 27 or resid 29...HH1 - 271 - 27
744THRTHRPHEPHE(chain 'H' and (resid 1 through 27 or resid 29...HH29 - 5029 - 50
745SERSERGLUGLU(chain 'H' and (resid 1 through 27 or resid 29...HH52 - 6752 - 67
746SERSERHISHIS(chain 'H' and (resid 1 through 27 or resid 29...HH69 - 8769 - 87
747LEULEUMETMET(chain 'H' and (resid 1 through 27 or resid 29...HH89 - 10389 - 103
748ASNASNGLNGLN(chain 'H' and (resid 1 through 27 or resid 29...HH105 - 323105 - 323
749FADFADFADFAD(chain 'H' and (resid 1 through 27 or resid 29...HS401

-
要素

#1: タンパク質
YpdA family putative bacillithiol disulfide reductase Bdr


分子量: 36776.434 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain COL) (黄色ブドウ球菌)
株: COL / 遺伝子: SACOL1520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2WWS2
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.03 M magnesium chloride, 0.03 M calcium chloride, 0.1 M MOPS/HEPES-Na, pH = 7.5, 10% w/v PEG 4000, 20% v/v glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 1.49379 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.49379 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→49.63 Å / Num. obs: 73800 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 18 % / Biso Wilson estimate: 59.42 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.169 / Rrim(I) all: 0.165 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.9→2.96 Å / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique obs: 4449 / CC1/2: 0.951 / Rrim(I) all: 0.565

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
REFMAC5.8.0253精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7A76

7a76


解像度: 2.9→49.63 Å / SU ML: 0.4445 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.2821
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3077 3682 4.99 %
Rwork0.2433 70063 -
obs0.2465 73745 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19991 0 568 26 20585
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009421140
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.203128773
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06933166
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00773623
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.99677573
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.940.37491370.272634X-RAY DIFFRACTION99.11
2.94-2.980.4021180.24762641X-RAY DIFFRACTION99.39
2.98-3.020.33111260.23852668X-RAY DIFFRACTION99.36
3.02-3.070.29991470.23182601X-RAY DIFFRACTION99.21
3.07-3.110.32981340.24362671X-RAY DIFFRACTION99.5
3.11-3.160.33951400.24842645X-RAY DIFFRACTION99.57
3.17-3.220.34811300.25272653X-RAY DIFFRACTION99.39
3.22-3.280.35021550.26972609X-RAY DIFFRACTION99.42
3.28-3.340.36431350.25172690X-RAY DIFFRACTION99.61
3.34-3.410.30981420.2452649X-RAY DIFFRACTION99.64
3.41-3.480.3481400.2452647X-RAY DIFFRACTION99.61
3.48-3.560.29961370.25372680X-RAY DIFFRACTION99.65
3.56-3.650.31421470.24752676X-RAY DIFFRACTION99.72
3.65-3.750.31181270.24392671X-RAY DIFFRACTION99.75
3.75-3.860.32961440.24612662X-RAY DIFFRACTION99.82
3.86-3.990.27781450.24362701X-RAY DIFFRACTION99.65
3.99-4.130.29981460.23452671X-RAY DIFFRACTION99.82
4.13-4.290.26781540.21812679X-RAY DIFFRACTION99.93
4.3-4.490.2371330.22032731X-RAY DIFFRACTION99.97
4.49-4.730.27051480.22522706X-RAY DIFFRACTION100
4.73-5.020.29021280.2232726X-RAY DIFFRACTION99.96
5.02-5.410.3251370.23312736X-RAY DIFFRACTION100
5.41-5.950.30271550.25412759X-RAY DIFFRACTION100
5.95-6.810.31141710.25122742X-RAY DIFFRACTION100
6.81-8.580.29781390.24772833X-RAY DIFFRACTION99.9
8.58-49.630.31721670.26512982X-RAY DIFFRACTION99.65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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