+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7a76 | |||||||||
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Title | Bacillithiol Disulfide Reductase Bdr (YpdA) from Bacillus cereus | |||||||||
Components | THIOREDOXIN REDUCTASE | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / disulfide reductase / FAD / flavoprotein / NADPH | |||||||||
Function / homology | Bacilliredoxin reductase Bdr / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / thioredoxin-disulfide reductase / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Thioredoxin reductase Function and homology information | |||||||||
Biological species | Bacillus cereus (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.65 Å | |||||||||
Authors | Hammerstad, M. / Gudim, I. / Hersleth, H.-P. | |||||||||
Funding support | Norway, 2items
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Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2020 Title: The Crystal Structures of Bacillithiol Disulfide Reductase Bdr (YpdA) Provide Structural and Functional Insight into a New Type of FAD-Containing NADPH-Dependent Oxidoreductase. Authors: Hammerstad, M. / Gudim, I. / Hersleth, H.P. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7a76.cif.gz | 665.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7a76.ent.gz | 473.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7a76.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/7a76 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/7a76 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 36525.320 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus cereus (strain ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711) (bacteria) Strain: ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711 Gene: BC_1495 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q81FS4, thioredoxin-disulfide reductase #2: Chemical | ChemComp-FAD / #3: Chemical | ChemComp-NA / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.1 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris, pH = 7.0, 10% w/v PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.97242 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 12, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97242 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.65→73.4 Å / Num. obs: 175671 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 27.09 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rrim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 10 |
Reflection shell | Resolution: 1.65→1.68 Å / Redundancy: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.81 / Num. unique obs: 8583 / CC1/2: 0.728 / Rrim(I) all: 0.915 / % possible all: 96.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3.5 A SELENO-SAD BCYPDA MODEL Resolution: 1.65→45.23 Å / SU ML: 0.1819 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 22.9649 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 41.52 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.65→45.23 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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