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- PDB-7a6k: Crystal Structure of EGFR-T790M/V948R in Complex with TAK-788 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a6k
タイトルCrystal Structure of EGFR-T790M/V948R in Complex with TAK-788
要素Epidermal growth factor receptor
キーワードTRANSFERASE / EGFR / T790M/V948R / Exon20 / covalent
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein kinase C activity / multivesicular body, internal vesicle lumen / positive regulation of prolactin secretion / negative regulation of cardiocyte differentiation / response to hydroxyisoflavone / diterpenoid metabolic process / Shc-EGFR complex / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / ovulation cycle / EGFR interacts with phospholipase C-gamma ...positive regulation of protein kinase C activity / multivesicular body, internal vesicle lumen / positive regulation of prolactin secretion / negative regulation of cardiocyte differentiation / response to hydroxyisoflavone / diterpenoid metabolic process / Shc-EGFR complex / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / ovulation cycle / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / positive regulation of mucus secretion / epidermal growth factor binding / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / response to UV-A / tongue development / PLCG1 events in ERBB2 signaling / midgut development / ERBB2-EGFR signaling pathway / digestive tract morphogenesis / hydrogen peroxide metabolic process / morphogenesis of an epithelial fold / PTK6 promotes HIF1A stabilization / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / Signaling by EGFR / intracellular vesicle / response to cobalamin / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / eyelid development in camera-type eye / cerebral cortex cell migration / protein insertion into membrane / ERBB2 Regulates Cell Motility / protein tyrosine kinase activator activity / Signaling by ERBB4 / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / PI3K events in ERBB2 signaling / negative regulation of mitotic cell cycle / MAP kinase kinase kinase activity / hair follicle development / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / GAB1 signalosome / positive regulation of bone resorption / embryonic placenta development / positive regulation of phosphorylation / salivary gland morphogenesis / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of glial cell proliferation / positive regulation of vasoconstriction / Signaling by ERBB2 / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / GRB2 events in EGFR signaling / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / SHC1 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / GRB2 events in ERBB2 signaling / cellular response to epidermal growth factor stimulus / SHC1 events in ERBB2 signaling / cellular response to dexamethasone stimulus / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / ossification / positive regulation of DNA repair / neuron projection morphogenesis / positive regulation of superoxide anion generation / positive regulation of epithelial cell proliferation / epithelial cell proliferation / liver regeneration / basal plasma membrane / Signal transduction by L1 / positive regulation of DNA replication / positive regulation of protein localization to plasma membrane / astrocyte activation / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / cellular response to amino acid stimulus / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / cellular response to estradiol stimulus / lung development / EGFR downregulation / synaptic membrane / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / Constitutive Signaling by EGFRvIII / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / Signaling by ERBB2 ECD mutants
類似検索 - 分子機能
: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain ...: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-R28 / Epidermal growth factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Niggenaber, J. / Mueller, M.P. / Rauh, D.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and ResearchBMBF 01GS08104 ドイツ
German Federal Ministry for Education and ResearchBMBF 01ZX1303C ドイツ
European Regional Development FundEFRE-800400 ドイツ
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Insight into Targeting Exon20 Insertion Mutations of the Epidermal Growth Factor Receptor with Wild Type-Sparing Inhibitors.
著者: Lategahn, J. / Tumbrink, H.L. / Schultz-Fademrecht, C. / Heimsoeth, A. / Werr, L. / Niggenaber, J. / Keul, M. / Parmaksiz, F. / Baumann, M. / Menninger, S. / Zent, E. / Landel, I. / Weisner, ...著者: Lategahn, J. / Tumbrink, H.L. / Schultz-Fademrecht, C. / Heimsoeth, A. / Werr, L. / Niggenaber, J. / Keul, M. / Parmaksiz, F. / Baumann, M. / Menninger, S. / Zent, E. / Landel, I. / Weisner, J. / Jeyakumar, K. / Heyden, L. / Russ, N. / Muller, F. / Lorenz, C. / Bragelmann, J. / Spille, I. / Grabe, T. / Muller, M.P. / Heuckmann, J.M. / Klebl, B.M. / Nussbaumer, P. / Sos, M.L. / Rauh, D.
履歴
登録2020年8月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年5月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32022年10月5日Group: Structure summary / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms
改定 1.42024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epidermal growth factor receptor
B: Epidermal growth factor receptor
C: Epidermal growth factor receptor
D: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,87915
ポリマ－151,8564
非ポリマー3,02311
水2,468137
1
A: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5522
ポリマ－37,9641
非ポリマー5881
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6483
ポリマ－37,9641
非ポリマー6842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9366
ポリマ－37,9641
非ポリマー9725
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7444
ポリマ－37,9641
非ポリマー7803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.100, 82.420, 90.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.890, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Epidermal growth factor receptor / Proto-oncogene c-ErbB-1 / Receptor tyrosine-protein kinase erbB-1


分子量: 37963.910 Da / 分子数: 4 / 変異: T790M, V948R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGFR, ERBB, ERBB1, HER1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P00533, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物
ChemComp-R28 / propan-2-yl 2-[[4-[2-(dimethylamino)ethyl-methyl-amino]-2-methoxy-5-(propanoylamino)phenyl]amino]-4-(1-methylindol-3-yl)pyrimidine-5-carboxylate / Mobocertinib, bound form


分子量: 587.712 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H41N7O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 阻害剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25.0 % PEG3350, 100 mM MgSO4, 4 % ethylen glycole, 6.8 mg/mL EGFR-T790M/V948R (in 100 mM NaCl, 25 mM Tris-HCl, 10 % glycerol, 1 mM TCEP, pH 8.0) 1 ul reservoir + 1 ul protein solution)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9998 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月5日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→47.49 Å / Num. obs: 74127 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.81 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 6.94 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 10013 / CC1/2: 0.751 / Rrim(I) all: 0.961 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6S8A

6s8a


解像度: 2→47.49 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.71
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2202 3706 5 %
Rwork0.1919 --
obs0.1933 74112 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 126.45 Å2 / Biso mean: 51.6092 Å2 / Biso min: 24.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→47.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8071 0 207 137 8415
Biso mean--48.1 46.65 -
残基数----1043
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.030.31351420.307426842826100
2.03-2.050.32291390.291526572796100
2.05-2.080.29221440.283127332877100
2.08-2.110.30771410.264726792820100
2.11-2.150.26211430.247427142857100
2.15-2.180.27031410.229626752816100
2.18-2.220.22481440.22627282872100
2.22-2.260.23731400.223226772817100
2.26-2.30.23441420.216126872829100
2.3-2.350.24861430.217427122855100
2.35-2.40.25641400.217426662806100
2.4-2.460.23531420.217426962838100
2.46-2.520.27561440.228227362880100
2.52-2.590.26981440.223127322876100
2.59-2.660.25271410.221926852826100
2.66-2.750.2521420.221226902832100
2.75-2.850.26341430.218627242867100
2.85-2.960.24961410.221126812822100
2.96-3.10.24311440.22327332877100
3.1-3.260.23061420.216626972839100
3.26-3.460.25631430.194627232866100
3.46-3.730.1991430.172527072850100
3.73-4.110.21181440.15527272871100
4.11-4.70.16281440.143527402884100
4.7-5.920.18421430.164627322875100
5.92-47.490.19161470.1762791293899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6458-0.46290.40440.7126-1.28933.4639-0.04820.07290.0773-0.6301-0.09170.35360.0716-0.0897-0.02160.4389-0.10050.02790.65620.02650.3808-2.15734.004715.3584
22.29170.2434.09514.3131-0.66227.7629-0.33461.1851-0.0301-0.4452-0.0606-0.6903-0.15441.32090.34250.4396-0.03930.11580.65280.09130.41796.444411.578419.0356
30.522-0.2415-0.33681.23370.66311.2706-0.18451.0173-0.1603-0.51-0.12660.17310.15410.01720.05640.4814-0.03020.03880.650.00770.43580.52355.447515.7451
41.97030.78531.05361.68580.07044.8185-0.07590.2269-0.0225-0.0973-0.0797-0.08920.02150.10490.11120.16830.010.00490.22380.01330.26532.79656.928933.2264
53.731-1.05060.2224.31891.24852.5489-0.14080.11690.14340.1430.0319-0.38470.00970.32580.09860.2916-0.04-0.03950.32180.08230.385117.87186.35844.1653
64.63381.2632-0.91922.4123-0.25953.169-0.1649-0.42490.42611.1567-0.22210.7152-0.1819-0.07120.28730.4457-0.0049-0.04970.3754-0.02050.44442.576112.595253.2404
73.28252.090.24794.75770.52434.9389-0.55930.92340.8227-0.90890.44080.4088-0.27160.41320.00230.4847-0.152-0.15160.58320.08650.440834.0039-5.358661.6123
81.92971.847-1.22432.8573-0.20734.8917-0.530.98230.732-0.57840.1920.1875-0.51090.2456-0.06780.5735-0.227-0.01740.54720.03030.334736.3873-5.37860.844
92.43261.426-0.0542.34610.08534.6527-0.15220.07330.179-0.17170.04140.1895-0.18370.09720.01730.19020.0253-0.01960.19350.00410.295833.1844-6.066377.4931
101.77051.3047-0.24124.59340.93384.5490.12020.41020.3268-0.4072-0.13920.1223-0.1475-0.22090.0560.26280.02290.05920.27590.01730.377630.5806-5.373980.1784
114.4141-0.84620.35755.3563-0.89742.7387-0.0310.1582-0.0239-0.0699-0.03020.3634-0.1201-0.3779-0.00770.31360.01230.04260.3691-0.05290.340216.3307-6.176587.2064
125.0194-1.13760.38166.3156-1.64922.90520.0199-0.67180.03360.7055-0.06120.0962-0.2007-0.02740.12620.3689-0.04590.04790.3959-0.05190.237426.6276-7.32898.1765
131.87380.04210.4285.22270.22082.1539-0.14750.11230.2089-0.31840.1861-0.0453-0.32490.158-0.03420.2407-0.05250.00460.2743-0.00250.262816.1709-30.304456.8209
146.36691.32-0.76322.49660.38693.4401-0.13080.1143-0.286-0.1730.1918-0.29180.02980.3317-0.05610.30480.0267-0.01190.2816-0.04470.380128.0866-49.965557.9337
153.08172.00451.57594.71180.31722.1805-0.08980.0744-0.46360.12470.2540.03210.3628-0.048-0.00030.49130.1430.07910.3942-0.0260.5962-22.6037-22.104577.0107
162.2372.2943-2.63077.6837-1.95953.745-0.3149-0.4467-0.81050.31530.38931.13790.772-0.36810.11980.65280.10070.16390.37610.06630.6406-27.3802-21.991476.6069
171.39420.93590.86831.1871-0.25372.01020.5079-0.6822-0.20580.97490.1451-0.54781.0340.7917-0.02380.86570.1957-0.08250.70050.00060.491-21.8396-14.745491.757
183.42940.5492-0.3457.2626-0.27422.8852-0.14760.0972-0.0065-0.0030.22960.01580.16350.1794-0.05610.21320.0349-0.02280.3391-0.02120.2404-22.2587-4.232175.4952
194.46680.8205-2.36995.0891.58876.80620.0701-0.6775-0.40220.54150.2234-0.44590.56810.7271-0.02560.41760.0446-0.01990.40550.00710.2673-19.9131-2.655778.8573
202.4786-2.04661.2121.6598-0.88253.2527-0.6287-1.72490.05890.94820.40630.24130.94921.02830.15090.61030.3082-0.07311.0848-0.17960.6273-5.29670.434685.0107
216.697-0.652-1.31822.7520.89772.9632-0.1292-0.34221.11780.09270.2692-0.4888-0.17330.5791-0.12350.27370.0017-0.03410.4304-0.07940.5288-11.301511.459875.4308
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 700 through 717 )A700 - 717
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 718 through 731 )A718 - 731
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 732 through 758 )A732 - 758
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 759 through 853 )A759 - 853
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 854 through 960 )A854 - 960
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 961 through 984 )A961 - 984
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 700 through 731 )B700 - 731
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 732 through 757 )B732 - 757
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 758 through 830 )B758 - 830
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 831 through 853 )B831 - 853
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 854 through 940 )B854 - 940
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 941 through 982 )B941 - 982
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 700 through 853 )C700 - 853
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 854 through 984 )C854 - 984
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 702 through 731 )D702 - 731
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 732 through 756 )D732 - 756
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 757 through 768 )D757 - 768
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 769 through 830 )D769 - 830
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 831 through 853 )D831 - 853
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 854 through 892 )D854 - 892
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 893 through 984 )D893 - 984

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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