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万見
- PDB-7a6g: Structural characterization of L-proline amide hydrolase from Pse... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a6g
タイトルStructural characterization of L-proline amide hydrolase from Pseudomonas syringae
要素Putative Proline iminopeptidase
キーワードHYDROLASE / ALPHA/BETA HYDROLASE FOLD
機能・相同性Proline-specific peptidase / Peptidase S33 / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / peptidase activity / Alpha/Beta hydrolase fold / PHOSPHATE ION / Putative Proline iminopeptidase
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Martinez-Rodriguez, S. / Gavira, J.A.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBIO2016-74875-P スペイン
引用ジャーナル: Crystals / 年: 2022
タイトル: A New L-Proline Amide Hydrolase with Potential Application within the Amidase Process
著者: Martinez-Rodriguez, S. / Contreras-Montoya, R. / Torres, J.M. / de Cienfuegos, L.A. / Gavira, J.A.
履歴
登録2020年8月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative Proline iminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8452
ポリマ－36,7501
非ポリマー951
水4,468248
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area260 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.428, 65.033, 85.016
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Putative Proline iminopeptidase


分子量: 36750.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ALPHA/BETA HYDROLASE FOLD, HYDROLASE
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
遺伝子: ALO36_01328 / プラスミド: pET22b+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0Q0CYJ4
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: HR1#28: 0.2 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 30% w/v Polyethylene glycol 8,000
Temp details: 293

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月11日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→42.731 Å / Num. obs: 20614 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Rpim(I) all: 0.083 / Rrim(I) all: 0.191 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.95-25.10.99614380.6360.4761.10799.9
8.94-42.734.20.0872610.9920.0440.09898.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WMR

3wmr


解像度: 1.95→42.731 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2225 1089 5.3 %
Rwork0.1562 19474 -
obs0.1597 20563 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 74.51 Å2 / Biso mean: 21.671 Å2 / Biso min: 6.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→42.731 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2383 0 5 248 2636
Biso mean--30.16 32.35 -
残基数----303
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.9501-2.03880.261490.20612385
2.0388-2.14630.28671400.20262396
2.1463-2.28080.24621290.17492388
2.2808-2.45690.23211330.16092407
2.4569-2.70410.24211320.15942404
2.7041-3.09520.22921600.15792432
3.0952-3.89930.20121230.13392460
3.8993-42.7310.18011230.14082602
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.04620.00630.06240.1114-0.07940.15590.11-0.1059-0.11290.1427-0.04230.12850.0727-0.02340.01330.12450.0267-0.00090.1257-0.01220.1476-33.3209-13.683610.901
20.5452-0.0783-0.22740.3131-0.15520.2134-0.00520.02510.0790.03740.04730.0347-0.06440.0220.00020.09370.0016-00.0823-0.00490.088-27.0908-2.13668.0628
30.0762-0.0688-0.00350.15830.00090.1430.06310.01710.0961-0.2352-0.1456-0.1137-0.12430.0051-0.00330.17750.04480.00950.11090.01480.105-25.287810.5368-16.2947
40.122-0.1709-0.12490.6503-0.27910.59420.02040.06070.0236-0.0685-0.0069-0.0482-0.03820.007300.098-0.00220.00640.0936-0.00630.1087-21.59132.3978-2.948
50.13170.11120.03330.09460.03590.05140.02880.07440.0147-0.0131-0.0322-0.07850.04580.06040.00040.08190.02340.00220.1117-0.0080.0926-16.6144-12.6317-1.1143
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 34 )A3 - 34
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 35 through 141 )A35 - 141
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 142 through 189 )A142 - 189
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 190 through 275 )A190 - 275
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 276 through 305 )A276 - 305

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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