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- PDB-7a62: Structure of human indoleamine-2,3-dioxygenase 1 (hIDO1) with a c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a62
タイトルStructure of human indoleamine-2,3-dioxygenase 1 (hIDO1) with a complete JK loop
要素Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / dioxygenase / tryptophan catabolism / heme-binding / enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


indoleamine 2,3-dioxygenase / positive regulation of chronic inflammatory response / smooth muscle contractile fiber / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / kynurenic acid biosynthetic process / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / L-tryptophan catabolic process to kynurenine / quinolinate biosynthetic process / stereocilium bundle ... indoleamine 2,3-dioxygenase / positive regulation of chronic inflammatory response / smooth muscle contractile fiber / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / kynurenic acid biosynthetic process / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / L-tryptophan catabolic process to kynurenine / quinolinate biosynthetic process / stereocilium bundle / 'de novo' NAD+ biosynthetic process from L-tryptophan / positive regulation of type 2 immune response / L-tryptophan catabolic process / negative regulation of T cell apoptotic process / Tryptophan catabolism / positive regulation of T cell apoptotic process / swimming behavior / negative regulation of interleukin-10 production / multicellular organismal response to stress / T cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-12 production / female pregnancy / response to lipopolysaccharide / electron transfer activity / inflammatory response / heme binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Indoleamine 2,3-dioxygenase / Indoleamine 2,3-dioxygenase / Indoleamine 2,3-dioxygenase signature 1. / Indoleamine 2,3-dioxygenase signature 2. / Tryptophan/Indoleamine 2,3-dioxygenase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43796448682 Å
データ登録者Mirgaux, M. / Wouters, J.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Not funded ベルギー
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Influence of the presence of the heme cofactor on the JK-loop structure in indoleamine 2,3-dioxygenase 1.
著者: Mirgaux, M. / Leherte, L. / Wouters, J.
履歴
登録2020年8月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2020年12月30日ID: 6TUE
改定 1.12021年3月10日Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_database_PDB_obs_spr
改定 1.22021年3月17日Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_database_PDB_obs_spr / Item: _pdbx_database_PDB_obs_spr.id
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
B: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
C: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
D: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,38517
ポリマ－181,2044
非ポリマー3,18213
水12,520695
1
A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0093
ポリマ－45,3011
非ポリマー7092
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1024
ポリマ－45,3011
非ポリマー8013
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1375
ポリマ－45,3011
非ポリマー8364
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1375
ポリマ－45,3011
非ポリマー8364
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.960, 117.950, 216.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-791-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERILEILE(chain A and (resseq 12:14 or (resid 15 and (name...AA12 - 4214 - 44
12HISHISPROPRO(chain A and (resseq 12:14 or (resid 15 and (name...AA45 - 10447 - 106
13ASNASNTYRTYR(chain A and (resseq 12:14 or (resid 15 and (name...AA106 - 145108 - 147
14ASNASNLEULEU(chain A and (resseq 12:14 or (resid 15 and (name...AA147 - 197149 - 199
15ALAALALEULEU(chain A and (resseq 12:14 or (resid 15 and (name...AA199 - 207201 - 209
16ALAALAPROPRO(chain A and (resseq 12:14 or (resid 15 and (name...AA210 - 223212 - 225
17ALAALAARGARG(chain A and (resseq 12:14 or (resid 15 and (name...AA225 - 296227 - 298
18TYRTYRARGARG(chain A and (resseq 12:14 or (resid 15 and (name...AA298 - 317300 - 319
19PHEPHEGLNGLN(chain A and (resseq 12:14 or (resid 15 and (name...AA319 - 361321 - 363
110GLYGLYLEULEU(chain A and (resseq 12:14 or (resid 15 and (name...AA380 - 400382 - 402
211SERSERILEILE(chain B and (resseq 12:14 or (resid 15 and (name...BB12 - 4214 - 44
212HISHISPROPRO(chain B and (resseq 12:14 or (resid 15 and (name...BB45 - 10447 - 106
213ASNASNTYRTYR(chain B and (resseq 12:14 or (resid 15 and (name...BB106 - 145108 - 147
214ASNASNLEULEU(chain B and (resseq 12:14 or (resid 15 and (name...BB147 - 197149 - 199
215ALAALALEULEU(chain B and (resseq 12:14 or (resid 15 and (name...BB199 - 207201 - 209
216ALAALAPROPRO(chain B and (resseq 12:14 or (resid 15 and (name...BB210 - 223212 - 225
217ALAALAARGARG(chain B and (resseq 12:14 or (resid 15 and (name...BB225 - 296227 - 298
218TYRTYRARGARG(chain B and (resseq 12:14 or (resid 15 and (name...BB298 - 317300 - 319
219PHEPHEGLNGLN(chain B and (resseq 12:14 or (resid 15 and (name...BB319 - 361321 - 363
220GLYGLYLEULEU(chain B and (resseq 12:14 or (resid 15 and (name...BB380 - 400382 - 402
321SERSERILEILE(chain C and (resseq 12:14 or (resid 15 and (name...CC12 - 4214 - 44
322HISHISPROPRO(chain C and (resseq 12:14 or (resid 15 and (name...CC45 - 10447 - 106
323ASNASNTYRTYR(chain C and (resseq 12:14 or (resid 15 and (name...CC106 - 145108 - 147
324ASNASNLEULEU(chain C and (resseq 12:14 or (resid 15 and (name...CC147 - 197149 - 199
325ALAALALEULEU(chain C and (resseq 12:14 or (resid 15 and (name...CC199 - 207201 - 209
326ALAALAPROPRO(chain C and (resseq 12:14 or (resid 15 and (name...CC210 - 223212 - 225
327ALAALAARGARG(chain C and (resseq 12:14 or (resid 15 and (name...CC225 - 296227 - 298
328TYRTYRARGARG(chain C and (resseq 12:14 or (resid 15 and (name...CC298 - 317300 - 319
329PHEPHEGLNGLN(chain C and (resseq 12:14 or (resid 15 and (name...CC319 - 361321 - 363
330GLYGLYLEULEU(chain C and (resseq 12:14 or (resid 15 and (name...CC380 - 400382 - 402
431SERSERILEILE(chain D and (resseq 12:14 or (resid 15 and (name...DD12 - 4214 - 44
432HISHISPROPRO(chain D and (resseq 12:14 or (resid 15 and (name...DD45 - 10447 - 106
433ASNASNTYRTYR(chain D and (resseq 12:14 or (resid 15 and (name...DD106 - 145108 - 147
434ASNASNLEULEU(chain D and (resseq 12:14 or (resid 15 and (name...DD147 - 197149 - 199
435ALAALALEULEU(chain D and (resseq 12:14 or (resid 15 and (name...DD199 - 207201 - 209
436ALAALAPROPRO(chain D and (resseq 12:14 or (resid 15 and (name...DD210 - 223212 - 225
437ALAALAARGARG(chain D and (resseq 12:14 or (resid 15 and (name...DD225 - 296227 - 298
438TYRTYRARGARG(chain D and (resseq 12:14 or (resid 15 and (name...DD298 - 317300 - 319
439PHEPHEGLNGLN(chain D and (resseq 12:14 or (resid 15 and (name...DD319 - 361321 - 363
440GLYGLYLEULEU(chain D and (resseq 12:14 or (resid 15 and (name...DD380 - 400382 - 402

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要素

#1: タンパク質
Indoleamine 2,3-dioxygenase 1 / IDO-1 / Indoleamine-pyrrole 2 / 3-dioxygenase


分子量: 45300.898 Da / 分子数: 4 / 変異: K116A, K117A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Gol and HEM are ligands. / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDO1, IDO, INDO / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P14902, indoleamine 2,3-dioxygenase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 695 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.6 % / 解説: red, rectangular, plate
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.25
詳細: 14% IN PEG 3350, 0.1 M IN PHOSPHATE BUFFER AT A PH OF 6.25 PROTEIN : IN HEPES 5 MM AND NACL 200MM CRYOPROTECTION IN 20% OF GLYCEROL AND 20 MM OF SODIUM DITHIONITE, PH 7.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月16日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.438→49.18 Å / Num. obs: 77982 / % possible obs: 84 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 38.98 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1677 / Rrim(I) all: 0.1742 / Net I/σ(I): 8.81
反射 シェル解像度: 2.438→2.525 Å / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 1.828 / Mean I/σ(I) obs: 0.84 / Num. unique obs: 4879 / CC1/2: 0.753 / CC star: 0.927 / Rrim(I) all: 1.907 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
PHASER位相決定
MxCuBEデータ収集
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 6.0E+43 / 解像度: 2.43796448682→49.1760318032 Å / SU ML: 0.323919810868 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.00224499941129 / 位相誤差: 32.9741722185
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257286553269 3301 5.02251841032 %
Rwork0.211611041463 62423 -
obs0.214105983061 65724 84.115953158 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.8337568823 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43796448682→49.1760318032 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12178 0 0 695 12873
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013615428275712475
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0477783230816935
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06022841132321831
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007137261669492159
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8207952277406
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.438-2.47280.4513557160161080.3975154651651825X-RAY DIFFRACTION60.1244167963
2.4728-2.50970.4342162995941010.3601417563312007X-RAY DIFFRACTION65.6493304267
2.5097-2.54890.4180781331521160.3333069862252002X-RAY DIFFRACTION66.2496090084
2.5489-2.59070.3303922162951130.3312760572862092X-RAY DIFFRACTION68.6060983199
2.5907-2.63540.4144595793741090.3077333895282183X-RAY DIFFRACTION71.3796325132
2.6354-2.68330.2943957055291250.2734977231592226X-RAY DIFFRACTION72.7413366337
2.6833-2.73490.3555825785711190.2657307290932290X-RAY DIFFRACTION75.046728972
2.7349-2.79070.3292206449841220.2662480368792387X-RAY DIFFRACTION78.0161691542
2.7907-2.85140.3409792258721220.2758493882282407X-RAY DIFFRACTION78.4186046512
2.8514-2.91770.3205882202881330.2727548480012451X-RAY DIFFRACTION80.6743677802
2.9177-2.99070.2752994696741400.2661221498882572X-RAY DIFFRACTION83.6004932182
2.9907-3.07150.3415087183971360.2554302750652601X-RAY DIFFRACTION85.132192846
3.0715-3.16190.3183337664531350.2528050259932674X-RAY DIFFRACTION86.5372766482
3.1619-3.26390.2960875408541420.2414608536682709X-RAY DIFFRACTION88.0753784368
3.2639-3.38050.2895824710581500.2447681178482786X-RAY DIFFRACTION90.0613496933
3.3805-3.51590.3085397191741490.2266085550942855X-RAY DIFFRACTION92.6302806044
3.5159-3.67580.2256218355931540.2057638228672925X-RAY DIFFRACTION94.5348480196
3.6758-3.86960.2308405966821590.1809751566622974X-RAY DIFFRACTION95.9865196078
3.8696-4.11190.2070000807981570.1669167065992968X-RAY DIFFRACTION96.2723351818
4.1119-4.42920.2153899034411610.1600935854063027X-RAY DIFFRACTION97.3732437385
4.4292-4.87450.1916834730191580.1578533726753057X-RAY DIFFRACTION97.8095527837
4.8745-5.57910.2266773594161630.1769059678833081X-RAY DIFFRACTION97.6226301535
5.5791-7.02570.2594494707051630.1840623925073080X-RAY DIFFRACTION96.2885985748
7.0257-49.177603180320.1754930157851660.1697738136363244X-RAY DIFFRACTION96.8474865095

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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