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- PDB-7a5y: Crystal structure of tetrameric human H215A-SAMHD1 (residues 109-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a5y
タイトルCrystal structure of tetrameric human H215A-SAMHD1 (residues 109-626) with Rp-dGTP-alphaS (T8T) and Mg
要素Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
キーワードHYDROLASE / triphosphohydrolase / metallo-enzyme / binuclear / HD
機能・相同性
機能・相同性情報


Nucleotide catabolism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 三リン酸モノエステル加水分解酵素 / deoxynucleoside triphosphate hydrolase activity / dGTP binding / dATP catabolic process / dGTPase activity / deoxyribonucleotide catabolic process / tetraspanin-enriched microdomain / dGTP catabolic process / DNA strand resection involved in replication fork processing ...Nucleotide catabolism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 三リン酸モノエステル加水分解酵素 / deoxynucleoside triphosphate hydrolase activity / dGTP binding / dATP catabolic process / dGTPase activity / deoxyribonucleotide catabolic process / tetraspanin-enriched microdomain / dGTP catabolic process / DNA strand resection involved in replication fork processing / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of innate immune response / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / RNA nuclease activity / double-strand break repair via homologous recombination / Interferon alpha/beta signaling / single-stranded DNA binding / site of double-strand break / protein homotetramerization / defense response to virus / nucleic acid binding / immune response / innate immune response / DNA damage response / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / HD domain profile. / HD domain / HD domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / Sterile alpha motif. / HD/PDEase domain / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 2'-deoxyguanosine-5'-O-(1-thiotriphosphate) / Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Morris, E.R. / Kunzelmann, S. / Caswell, S.J. / Purkiss, A. / Taylor, I.A.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
Wellcome Trust108014/Z/15/Z 英国
Wellcome TrustFC001178 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)FC001178 英国
Cancer Research UKFC001178 英国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Probing the Catalytic Mechanism and Inhibition of SAMHD1 Using the Differential Properties of R p - and S p -dNTP alpha S Diastereomers.
著者: Morris, E.R. / Kunzelmann, S. / Caswell, S.J. / Purkiss, A.G. / Kelly, G. / Taylor, I.A.
履歴
登録2020年8月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月9日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_refine_tls_group
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
B: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
C: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
D: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
E: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
F: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
G: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
H: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)494,72264
ポリマ－481,1348
非ポリマー13,58856
水6,179343
1
A: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
B: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
C: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
D: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, SEC-MALLS and AUC experiments demonstrate the HD domain crystallised here assembles into a homotetramer in the presence of Rp-dGTP-alpha-thiol and Mg2+.
  • 247 kDa, 4 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,36132
ポリマ－240,5674
非ポリマー6,79428
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19420 Å2
ΔGint-176 kcal/mol
Surface area64870 Å2
手法PISA
2
E: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
F: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
G: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
H: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,36132
ポリマ－240,5674
非ポリマー6,79428
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19610 Å2
ΔGint-178 kcal/mol
Surface area64680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.193, 181.263, 286.331
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16A
26G
17A
27H
18B
28C
19B
29D
110B
210E
111B
211F
112B
212G
113B
213H
114C
214D
115C
215E
116C
216F
117C
217G
118C
218H
119D
219E
120D
220F
121D
221G
122D
222H
123E
223F
124E
224G
125E
225H
126F
226G
127F
227H
128G
228H

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRPROPROAA114 - 5818 - 475
21THRTHRPROPROBB114 - 5818 - 475
12ASPASPPROPROAA113 - 5817 - 475
22ASPASPPROPROCC113 - 5817 - 475
13THRTHRTHRTHRAA114 - 5798 - 473
23THRTHRTHRTHRDD114 - 5798 - 473
14THRTHRPROPROAA114 - 5818 - 475
24THRTHRPROPROEE114 - 5818 - 475
15ASPASPPROPROAA113 - 5817 - 475
25ASPASPPROPROFF113 - 5817 - 475
16ASPASPPROPROAA113 - 5817 - 475
26ASPASPPROPROGG113 - 5817 - 475
17THRTHRPROPROAA114 - 5818 - 475
27THRTHRPROPROHH114 - 5818 - 475
18THRTHRGLNGLNBB114 - 5828 - 476
28THRTHRGLNGLNCC114 - 5828 - 476
19THRTHRPHEPHEBB114 - 5788 - 472
29THRTHRPHEPHEDD114 - 5788 - 472
110THRTHRGLNGLNBB114 - 5828 - 476
210THRTHRGLNGLNEE114 - 5828 - 476
111THRTHRPROPROBB114 - 5818 - 475
211THRTHRPROPROFF114 - 5818 - 475
112THRTHRGLNGLNBB114 - 5828 - 476
212THRTHRGLNGLNGG114 - 5828 - 476
113THRTHRPROPROBB114 - 5818 - 475
213THRTHRPROPROHH114 - 5818 - 475
114THRTHRTHRTHRCC114 - 5798 - 473
214THRTHRTHRTHRDD114 - 5798 - 473
115THRTHRGLNGLNCC114 - 5828 - 476
215THRTHRGLNGLNEE114 - 5828 - 476
116ASPASPPROPROCC113 - 5817 - 475
216ASPASPPROPROFF113 - 5817 - 475
117ASPASPPROPROCC113 - 5817 - 475
217ASPASPPROPROGG113 - 5817 - 475
118THRTHRPROPROCC114 - 5818 - 475
218THRTHRPROPROHH114 - 5818 - 475
119THRTHRTHRTHRDD114 - 5798 - 473
219THRTHRTHRTHREE114 - 5798 - 473
120THRTHRTHRTHRDD114 - 5798 - 473
220THRTHRTHRTHRFF114 - 5798 - 473
121THRTHRPHEPHEDD114 - 5788 - 472
221THRTHRPHEPHEGG114 - 5788 - 472
122THRTHRTHRTHRDD114 - 5798 - 473
222THRTHRTHRTHRHH114 - 5798 - 473
123THRTHRPROPROEE114 - 5818 - 475
223THRTHRPROPROFF114 - 5818 - 475
124THRTHRPROPROEE114 - 5818 - 475
224THRTHRPROPROGG114 - 5818 - 475
125THRTHRPROPROEE114 - 5818 - 475
225THRTHRPROPROHH114 - 5818 - 475
126ASPASPLYSLYSFF113 - 5807 - 474
226ASPASPLYSLYSGG113 - 5807 - 474
127THRTHRPROPROFF114 - 5818 - 475
227THRTHRPROPROHH114 - 5818 - 475
128THRTHRPROPROGG114 - 5818 - 475
228THRTHRPROPROHH114 - 5818 - 475

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
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19
20
21
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27
28

-
要素

#1: タンパク質
Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1 / dNTPase / Dendritic cell-derived IFNG-induced protein / DCIP / Monocyte protein 5 / MOP-5 / SAM ...dNTPase / Dendritic cell-derived IFNG-induced protein / DCIP / Monocyte protein 5 / MOP-5 / SAM domain and HD domain-containing protein 1 / hSAMHD1


分子量: 60141.738 Da / 分子数: 8 / 変異: H215A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SAMHD1, MOP5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2
参照: UniProt: Q9Y3Z3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 三リン酸モノエステル加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物...
ChemComp-T8T / 2'-deoxyguanosine-5'-O-(1-thiotriphosphate)


分子量: 523.247 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M Bistris methane-HCl pH 6, 15% (w/v) PEG 3350, 0.15 M Li2SO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→153.15 Å / Num. obs: 145900 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 30.7 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.265 / Rpim(I) all: 0.11 / Rrim(I) all: 0.287 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.29-2.456.51.5361.672950.5460.6461.66857.6
6.92-153.26.40.08316.172940.9950.0350.09199.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.9 Å153.15 Å
Translation6.9 Å153.15 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6TX0

6tx0


解像度: 2.29→153.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 21.265 / SU ML: 0.229 / SU R Cruickshank DPI: 0.7188 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.719 / ESU R Free: 0.286
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2403 7326 5 %RANDOM
Rwork0.2101 ---
obs0.2117 138594 77.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 115.65 Å2 / Biso mean: 37.524 Å2 / Biso min: 5.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.4 Å20 Å2-0 Å2
2--0.67 Å2-0 Å2
3---0.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.29→153.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29346 0 776 343 30465
Biso mean--24.19 22.66 -
残基数----3650
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.01930831
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0227741
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9151.95341878
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0832.98864291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.97353624
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.68123.8511493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.878155149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.17715199
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.24486
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02133850
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.026366
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A302840.05
12B302840.05
21A304280.05
22C304280.05
31A304240.05
32D304240.05
41A305260.05
42E305260.05
51A303140.05
52F303140.05
61A303300.05
62G303300.05
71A302260.05
72H302260.05
81B301100.05
82C301100.05
91B301180.05
92D301180.05
101B302380.05
102E302380.05
111B302760.05
112F302760.05
121B301560.05
122G301560.05
131B303240.05
132H303240.05
141C302060.05
142D302060.05
151C306620.05
152E306620.05
161C303520.05
162F303520.05
171C306540.05
172G306540.05
181C302160.05
182H302160.05
191D302880.05
192E302880.05
201D301960.05
202F301960.05
211D301220.05
212G301220.05
221D302320.04
222H302320.04
231E303180.05
232F303180.05
241E305420.04
242G305420.04
251E302340.04
252H302340.04
261F302500.05
262G302500.05
271F303360.05
272H303360.05
281G302400.04
282H302400.04
LS精密化 シェル解像度: 2.29→2.35 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 80 -
Rwork0.31 1653 -
obs--12.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.17330.11710.04630.8205-0.06861.43710.00910.001-0.1597-0.02330.0114-0.18870.19980.2313-0.02050.13480.03260.00030.0379-0.00740.0593-16.073-5.592-114.064
21.4493-0.5282-0.28651.63390.22841.29310.02650.0031-0.10980.1292-0.04260.3671-0.0022-0.23690.01610.0988-0.01410.0250.047-0.00260.0837-46.5432.123-99.539
31.10280.05280.04210.89210.15411.3248-0.02890.0810.1458-0.1071-0.03570.2374-0.1927-0.14430.06460.15610.0187-0.0430.023-0.00140.08-41.51635.116-123.428
41.2801-0.10660.19710.90920.0121.39020.00590.04990.10240.0972-0.0378-0.1591-0.12870.27960.03190.1336-0.0383-0.03120.05860.01480.0353-11.36135.01-106.345
51.3393-0.264-0.12760.76860.09411.49390.02480.0566-0.13590.02740.00210.14360.215-0.2853-0.0270.1464-0.0504-0.01030.05730.00670.0349-22.61-4.447-33.522
61.4830.4558-0.22251.2281-0.27141.52260.03020.0093-0.0493-0.1297-0.034-0.31240.09190.31230.00380.10980.02670.03340.0667-0.00280.08538.0562.406-48.577
71.2468-0.11810.0340.8964-0.17241.0068-0.0057-0.12320.20780.1266-0.0125-0.2529-0.16150.14710.01810.1693-0.023-0.05360.0412-0.03290.13082.99336.603-26.393
81.28420.23480.12881.32330.14351.32160.0356-0.01710.0814-0.1017-0.06190.1787-0.0821-0.2870.02630.09870.0294-0.02260.066-0.00570.039-27.17335.325-43.398
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A113 - 581
2X-RAY DIFFRACTION1A701 - 704
3X-RAY DIFFRACTION1B701 - 702
4X-RAY DIFFRACTION1C701
5X-RAY DIFFRACTION2B114 - 582
6X-RAY DIFFRACTION2A705 - 706
7X-RAY DIFFRACTION2B703 - 706
8X-RAY DIFFRACTION2D701
9X-RAY DIFFRACTION3C113 - 582
10X-RAY DIFFRACTION3A707 - 708
11X-RAY DIFFRACTION3C702 - 705
12X-RAY DIFFRACTION3D702
13X-RAY DIFFRACTION4D114 - 579
14X-RAY DIFFRACTION4B707 - 708
15X-RAY DIFFRACTION4C706
16X-RAY DIFFRACTION4D703 - 706
17X-RAY DIFFRACTION5E114 - 582
18X-RAY DIFFRACTION5E701 - 705
19X-RAY DIFFRACTION5F701 - 702
20X-RAY DIFFRACTION6F113 - 581
21X-RAY DIFFRACTION6E706
22X-RAY DIFFRACTION6F703 - 707
23X-RAY DIFFRACTION6H701
24X-RAY DIFFRACTION7G113 - 588
25X-RAY DIFFRACTION7E707 - 708
26X-RAY DIFFRACTION7G701 - 704
27X-RAY DIFFRACTION7H702
28X-RAY DIFFRACTION8H114 - 581
29X-RAY DIFFRACTION8F708 - 709
30X-RAY DIFFRACTION8G705
31X-RAY DIFFRACTION8H703 - 706

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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