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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7a5l | ||||||
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タイトル | tructure of DYRK1A in complex with compound 24 | ||||||
要素 | Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / PHOSPHOPROTEIN / KINASE / SBDD / FBLD / SMALL MOLECULE INHIBITOR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histone H3T45 kinase activity / positive regulation of protein deacetylation / peptidyl-serine autophosphorylation / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / dual-specificity kinase / [RNA-polymerase]-subunit kinase / negative regulation of microtubule polymerization / tau-protein kinase activity / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / amyloid-beta formation ...histone H3T45 kinase activity / positive regulation of protein deacetylation / peptidyl-serine autophosphorylation / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / dual-specificity kinase / [RNA-polymerase]-subunit kinase / negative regulation of microtubule polymerization / tau-protein kinase activity / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / amyloid-beta formation / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / G0 and Early G1 / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / cytoskeletal protein binding / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / tubulin binding / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / positive regulation of RNA splicing / peptidyl-threonine phosphorylation / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / tau protein binding / peptidyl-tyrosine phosphorylation / circadian rhythm / nervous system development / actin binding / peptidyl-serine phosphorylation / protein tyrosine kinase activity / protein autophosphorylation / transcription coactivator activity / cytoskeleton / protein kinase activity / nuclear speck / ribonucleoprotein complex / protein phosphorylation / axon / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / dendrite / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Dokurno, P. / Surgenor, A.E. / Hubbard, R.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021 タイトル: Fragment-Derived Selective Inhibitors of Dual-Specificity Kinases DYRK1A and DYRK1B. 著者: Lee Walmsley, D. / Murray, J.B. / Dokurno, P. / Massey, A.J. / Benwell, K. / Fiumana, A. / Foloppe, N. / Ray, S. / Smith, J. / Surgenor, A.E. / Edmonds, T. / Demarles, D. / Burbridge, M. / ...著者: Lee Walmsley, D. / Murray, J.B. / Dokurno, P. / Massey, A.J. / Benwell, K. / Fiumana, A. / Foloppe, N. / Ray, S. / Smith, J. / Surgenor, A.E. / Edmonds, T. / Demarles, D. / Burbridge, M. / Cruzalegui, F. / Kotschy, A. / Hubbard, R.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7a5l.cif.gz | 90.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7a5l.ent.gz | 64.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7a5l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7a5l_validation.pdf.gz | 391.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7a5l_full_validation.pdf.gz | 394.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7a5l_validation.xml.gz | 16.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7a5l_validation.cif.gz | 24.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/7a5l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/7a5l | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7a4oC 7a4rC 7a4sC 7a4wC 7a4zC 7a51C 7a52C 7a53C 7a55C 7a5bC 7a5dC 7a5nC 2vx3S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41647.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYRK1A, DYRK, MNB, MNBH / 細胞株 (発現宿主): pLysS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13627, dual-specificity kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-QZW / |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.5 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES buffer at pH 6.5, 12% Peg3350, 0.2M MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.08→29.1 Å / Num. obs: 25943 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 16.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.08→2.13 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.679 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 0 / % possible all: 97.6 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2vx3 解像度: 2.1→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 4.31 / SU ML: 0.112 / SU R Cruickshank DPI: 0.1745 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 114.86 Å2 / Biso mean: 32.348 Å2 / Biso min: 16.07 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.1→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.213 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
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