PDB-7a5c: Crystal structure of spin labelled VcSiaP R125A bound to an artif...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7a5c

タイトル

Crystal structure of spin labelled VcSiaP R125A bound to an artificial peptide ligand.

要素

Sialic acid-binding periplasmic protein SiaP

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / TRAP / substrate binding protein / transporter

機能・相同性

TRAP transporter solute receptor, DctP family / TRAP transporter solute receptor DctP / TRAP transporter solute receptor DctP superfamily / Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space / Sialic acid-binding periplasmic protein SiaP

機能・相同性情報

生物種

Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Peter, M.F. / Glaenzer, J. / Hagelueken, G.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Triggering Closure of a Sialic Acid TRAP Transporter Substrate Binding Protein through Binding of Natural or Artificial Substrates.
著者: Peter, M.F. / Gebhardt, C. / Glaenzer, J. / Schneberger, N. / de Boer, M. / Thomas, G.H. / Cordes, T. / Hagelueken, G.

履歴

登録	2020年8月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年1月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/7a5c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/7a5c	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7a5qC 4magS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	20202 1ts2-d 3f9q-1 1ts3-d 2tss-d 3pfr-2 6iss-d 2iry-d 3p0w-2 5n8c-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sialic acid-binding periplasmic protein SiaP

B: Sialic acid-binding periplasmic protein SiaP

ヘテロ分子

72.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.700, 118.700, 113.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃
Space group name Hall	P6c
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/2 #3: y,-x+y,z+1/2 #4: -y,x-y,z #5: -x+y,-x,z #6: -x,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Sialic acid-binding periplasmic protein SiaP 分子量: 35954.852 Da / 分子数: 2 / 変異: R125A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (コレラ菌) 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: siaP, VC_1779 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KR64
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.77 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris (pH 8.5) and 1.26 M ammonium sulfate

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.3 / 波長: 0.89429 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.89429 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→59.35 Å / Num. obs: 46188 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.7 % / B_iso Wilson estimate: 41.38 Å² / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 10.7 % / R_merge(I) obs: 1.479 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 3974 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
iMOSFLM		data processing
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MAG

4mag

解像度: 2.2→52.62 Å / SU ML: 0.3085 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.3174
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2341	2335	5.06 %
R_work	0.1878	43796	-
obs	0.1901	46131	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→52.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5034	0	12	227	5273

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0067	5193
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9828	7049
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	765
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0057	918
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.8672	715

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.24	0.3328	129	0.3159	2555	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.29	0.3475	137	0.2843	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.35	0.3252	135	0.2807	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.41	0.3157	133	0.2733	2562	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.47	0.2924	135	0.2778	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.54	0.3255	146	0.2556	2522	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.63	0.2972	143	0.241	2560	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.72	0.2613	142	0.2421	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.83	0.2986	138	0.2375	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.96	0.3075	129	0.2326	2560	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.11	0.2774	176	0.2229	2531	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.31	0.2588	137	0.2005	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
3.31-3.56	0.2966	119	0.1899	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
3.56-3.92	0.1942	135	0.161	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
3.92-4.49	0.1988	145	0.132	2558	X-RAY DIFFRACTION	100
4.49-5.65	0.1982	118	0.1436	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
5.66-52.62	0.1524	138	0.1546	2610	X-RAY DIFFRACTION	98.96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8976490157	0.0388102963306	-3.35639129202	4.03577722542	-2.65825507056	4.60002539933	-0.374115618323	0.650034987108	0.0982520469528	-0.948494141597	0.118200599391	0.0760273731332	0.0528351554142	-0.776050431074	0.0514799117172	0.765407395419	0.111875886161	-0.0716790424725	0.613407643805	-0.0468223988718	0.474850474565	-60.9452578156	14.7625984091	-41.2778517085
2	3.79836454733	3.41492217351	2.07929133503	7.82563672074	2.61494144262	4.44606827199	0.238572731318	0.507318239958	-0.517669192449	-0.641671051459	-0.0212524554309	0.00385366342769	0.731928616492	0.773099961047	-0.19937048972	0.606901078346	0.121251296858	-0.0976116728441	0.331942042316	-0.0506024537716	0.396178047062	-65.6749974693	3.78748464514	-26.5692669317
3	1.64314258259	-0.705785312934	0.574505162139	3.0425240591	-2.17167342719	3.82873940024	0.152842236335	-0.041150801662	-0.273403365042	-0.0031696238494	0.286463019374	0.526148796411	0.212345960653	-0.383136943264	-0.37171869014	0.39361210158	-0.0284625757392	-0.0645884694523	0.251370022811	0.0710407838587	0.494653682501	-78.6651519034	9.62056465874	-19.4757726638
4	0.684865421153	0.540511056473	0.71587805592	2.70885028825	-0.975595212166	1.94864821135	0.00764093184974	-0.954681414328	0.202910696612	0.809741122715	-0.0982470043063	0.609516396515	-1.45328932134	-0.126731599625	1.15006427266	2.20866464383	0.0867154075287	0.0405326315265	0.0806872926859	-0.414721992083	0.252767757493	-70.2614092231	20.7155469143	6.32380270642
5	1.58315406222	-0.339499149327	0.338357675289	2.07132003804	-1.78796577794	6.69765325429	0.0801779689148	-0.0689641765941	0.165029519034	0.485462332173	0.152009809829	0.201586838923	-0.905920688484	0.345007533413	-0.168093518822	0.633692778855	-0.0567161342916	0.00095349792868	0.204526665041	-0.0181115515245	0.447894448302	-69.0730114426	11.3190236755	-7.52103619886
6	8.99903761827	0.423566702202	3.61070160507	8.64499706241	1.49806897707	6.92686286807	-0.294136557964	-1.1097744089	0.362447488329	0.992711727247	0.715102150304	1.61101354405	-1.0847510936	-2.00656186982	-0.433045506495	0.78734658454	0.287711381539	0.293287909485	0.93301031016	0.347260471572	0.834866709163	-91.8979183732	13.1574788952	-3.93569844597
7	8.90174109513	-2.35785422161	-4.01947212916	7.12372038509	5.15020770363	6.00852749942	-0.495764483661	-0.0710262773358	0.358506528387	1.19315239837	0.150775959342	-0.0664348532457	-0.00481979488773	0.687443078344	0.342211063508	0.654538137597	-0.153106688848	-0.0757790376663	0.529758066217	0.0718826730161	0.429828395574	-57.8589183542	14.6294319866	-14.8762890576
8	3.17699126639	-2.22022385656	1.61561821726	7.88455135398	-3.9186490321	4.98116578395	0.312078229166	-0.360612069944	-0.546809511897	0.608943439324	-0.0349850756065	0.275324784118	0.686063176109	-0.582783760034	-0.258443887105	0.580103020024	-0.108108976392	-0.0710420438236	0.326525298869	0.0356043341206	0.361710834914	-52.9948295253	3.88851262618	-29.5219073191
9	1.41784838758	0.59005818154	0.765081247071	2.91258734063	2.25771110587	3.73073234015	0.137097666201	0.0692281347034	-0.280265258731	-0.0200903411923	0.309816002483	-0.525206420066	0.214445437795	0.433659365924	-0.375070285404	0.406683679787	0.0262203046021	-0.0441604975704	0.255488667081	-0.0646299217634	0.485598441728	-40.0343969411	9.74890348432	-36.4896247683
10	1.86505832828	0.249484178024	0.689344145537	2.32150466321	1.57024481747	7.13770782585	0.0533991854857	0.146906261967	0.15316026243	-0.674417980403	0.250513818481	-0.313203132931	-1.17191449346	-0.0035731787144	-0.21480238394	0.773226167065	-0.000161072054647	0.06394939539	0.178599298448	-0.00178880305492	0.489746376734	-46.6134083058	12.6570375804	-50.6220280305

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid -16 through 1 )	A	A	-16 - 1	1 - 18
2	2	chain 'A' and (resid 2 through 30 )	A	A	2 - 30	19 - 49
3	3	chain 'A' and (resid 31 through 129 )	A	A	31 - 129	50 - 149
4	4	chain 'A' and (resid 130 through 149 )	A	A	130 - 149	150 - 169
5	5	chain 'A' and (resid 150 through 277 )	A	A	150 - 277	170 - 297
6	6	chain 'A' and (resid 278 through 299 )	A	A	278 - 299	298 - 319
7	7	chain 'B' and (resid -16 through 1 )	B	C	-16 - 1	1 - 18
8	8	chain 'B' and (resid 2 through 30 )	B	C	2 - 30	19 - 50
9	9	chain 'B' and (resid 31 through 129 )	B	C	31 - 129	51 - 149
10	10	chain 'B' and (resid 130 through 299 )	B	C	130 - 299	150 - 319

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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